现代生命科学真知探索卷 变天-20年内人类大浩劫
－审判达尔文第一章法律背景－
1981年美国路易斯安那州（louisiana）立法院通过一项法律，规定公立学校在教授“科学进化论”（evolution-science）时必须以公允的态度讲授所谓“科学创造论”（creation-science）。这项法律是向现代科学界的主流、正统的科学理论作正面的挑战。一般科学家认为,所有现存的生物都是由一个自然的、逐渐改变的过程进化来的—从无生命的物质进化到简单的微生物，最后进化到人类。进化论在公立学校和大众传媒，如报章杂志、电台电视等，已经不再认为是一种科学的理论，而经常以“进化乃事实”（factofevolution）出现。当然美国还有不少反对这种看法的人，包括一些受过高深科学教育、获得高等学位的人士，他们认为进化论并非事实。他们坚持所有的生物都由一位具高超智慧的创造者，遵照一定的目的造成的。
这些冲突需要好好的解释，因为问题所涉及的很多名词常常有混淆不清的毛病。其实“创造”（creation）这观念本身并不一定与进化论冲突，如果“进化”一词的含意限于生物经过某些过程逐步改变，最后成为今天不同的种类，这样的看法很多创造论者也可以接受。因为创造者可能使用一种逐渐创造的过程造出新的品种。“进化”与”创造”唯一冲突的情况是坚持解释进化为“完全自然的演进”（fullynaturalisticevolution）。意思是说生物进化是没有任何意义的过程，也没有任何智慧者的推动（纯粹唯物的观点）。
反过来说，“创造”的观念与“进化”也不一定会冲突，除非将创造看为所有的生物都“突然同时出现的创造”（suddencreation）而不是逐步进展的过程。举例来说，“科学创造论”一词在路易斯安那州的法律上被认为是一些极端保守的基要派（fundamentalists）基督徒根据极端字面解释（extremelyliteralinterpretation）《圣经》所产生的理论。科学创造论不但认为生命是被造的（wascreated），而且坚持创造的过程在一万年前的六天之内全部完成。所有的生物自从被造之后基本上没有改变，如果有任何“进化”的话也只是极微小的变化而已。自从“科学创造论”引起了大众传媒的注意之后，引起了极大的争论，使很多人误会以为凡支持“创造”人的都主张“地球年轻论”（youngearth），并且相信所有的化石是挪亚时代的大洪水一次造成的，我写这本书的目的就是希望澄清这些误会。
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路易斯安那州及其他州所制定的这些法律，乃是一群基督徒中极端的基要主义份子多年努力的结果。他们反对达尔文主义，要重申《圣经》里述说神创造的科学价值。在这场“圣经与科学”的大战中，最著名的一仗是1920年代的“猴于案”（monkeytrial）又称斯科普斯案（scopescase）。大多数美国人对这个故事的认识是从以传奇性的手法所描绘的舞台剧和电影“风的遗产”（inheritthewind）来的。剧情描写一群狂热的宗教份子侵入学校的课室迫害一位驯良可爱的科学老师，和一位辩护律师的英雄事迹。这位律师给人推崇为理性的代表，不断地与迷信斗争。
其实，这件事跟很多传说、野史一样，在正史上的记载要比戏剧的描绘更复杂。原来当时田纳西州（tennessee）的立法院通过了一项法例，禁止学校讲授进化论。州长形式上也签署承认这条法律，但同时声明政府不会执行此法。反对这项法例的人，包括一些只想提高田纳西州代顿市（dayton）知名度的人，制造了一件试验性的诉讼事件。一位名斯科普斯的代课老师自愿担起被告的角色。而斯科普斯当年在学校是否真的教了进化论，至今还未能证实。
因为双方的律师都是当时的风云人物，新闻界就大肆渲染这件案子，简直成了一台马戏。领头起诉的律师原来是曾经三次获选为民主党总统候选人的布赖恩（williamjenningsbryan），他在威尔逊（woodrowwilson）总统任期内担任过外交部长。布赖恩本人笃信圣经，但又较为开通不拘泥创世记字面的解释，他认为创世记中的“日”字不是指廿四小时的一天，而是历史上一段很长的时期。另外，每“日”又未必代表相等的时间。他所以反对达尔文主义，主要的原因是认为达尔文的理论会引起社会道德的衰败，例如鼓励当年德国残忍无情军国主义的竞争和资本主义富豪剥削平民的恶果。
为斯科普斯辩护的律师团的领袖是著名的刑事法专家克拉伦斯·达罗（clarencedarrow），他是支持不可知论的（agnostic）演说家。达罗巧妙地操纵了布赖恩，将他引上证人台，让他以圣经权威的身份作证，然后在盘问时大大地羞辱了布赖恩。但当达罗达到了他真正的目的后，他竟很爽快地承认他的委托人，被告斯科普斯的确是违反了州法，并且邀请陪审团定他的罪。所以，这宗案表面看来进化论败诉了，被轻判罚款100元。后来上诉到田纳西州的最高法院，那100元的罚款也因“法律上技术的细节”（technicality）被取消。不过不准教授进化论的法律肯定仍合乎美国联邦宪法。在法律界的立场看来，这宗诉讼并没有明显的结论。但是这事件经过极尽讥讽能事的记者门肯（h．c.mencken）的渲染，再加上以后美国舞台和电影界所描绘的“猴子案”，使一般人都认为进化论大胜了一仗。
不过，当时科学界并未因此引以为荣。1920年代进化论的发言人,美国自然历史博物馆馆长奥斯太(henryfairfieldosbom)，并没有上法庭作供，因为他鼓吹的进化论乃依靠已经声名狼藉、被证明为假冒的“贝尔当人”(piltdownman)的化石。原来奥斯本曾兴高采列地“证实”古生物学家库克(haroldcooke)所“发现”人类始祖的一只牙齿的化石。正巧库克和布赖恩都是尼布拉斯加州人，奥斯本从这一颗牙齿居然声称有“尼布拉斯加人”(nebraskaman），科学命名为西方古猿（hesperopithecusharoldcookii），并又以反基要派主义的姿态在报纸电台上大肆宣传：直到后来这只牙齿被证实为一种野猪（ary）的遗物才罢手。如果当年奥斯本受精明如达罗的律师盘问，又有像门肯那样的记者无情的讥讽，他的形象也会被搞得像布赖恩一样的愚拙可笑。
1920年代所制定反进化论的法律一直没有执行。出版学校课本的人为了避免争执，一向也少提进化的问题。到了1968年，美国最高法院宣布这项地方法律不合联邦宪法而被取消。但是当时基要派却改变了战略和目标。那时一些特创论研究所（creationresearchinstitutes）已经成立，并且出版了专书攻击进化论惯用的科学证据，力辩地质学和化石的记录与圣经的记载并没有冲突。这些文献并没有受科学界主流人士或大众传媒的重视。不过科学特创论者渐渐有了信心,认为在科学的战场上可以重振旗鼓、卷土重来。
他们开始看出国家宪法（constitutionallaw）的精神比较松宽，可以利用来支持他们的立场，保证他们有权在学校教室中有相等的机会与进化论作平等的辩论。他们的目标从制止教授进化论而改变为要求公平的机会发表他们的论点。因为任何一项科学的理论都可能有两种不同的看法，为什么公立学校的学生只能听一面之词？科学创造论者强调，他们现在的要求只是在学校讨论科学的论证，并非要求教授圣经的教训。
当然科学界主流的人士不会同意在进化这问题上可以有两种不同的看法。他们看科学创造论为假冒的科学。达尔文主义者认为在上生物课时谈科学创造论，就好像要求用相等时间，传授人类婴儿的来源是由鹳鸟（stork）从天上直接送到人家里一样无稽。然而科学家所同意的看法并没有铭刻在国家的宪法里，所以除非法庭有明文规定，文法机关仍然能够依照不同的假设（assumptions）自行订立不同的法例。
路易斯安那州（廿年代）的法例从来没有生效，因为联邦法官很快判为不合宪法。理由是协助“建立宗教”。1987年美国联邦最高法院以七对二多数票通过议案，坚持以上的决定。代表多数法官意见的威廉·布伦南（williambrennan）说，路易斯安那州的法律不合国家宪法，因为它的目的“明显是要宣传、推广宗教的看法，就是说一位超自然的神创造人类”。持异议的法官安东尼·斯凯利亚（antoninscalia）却说：“完全不是这样的一回事”。他认为“路易斯安那州的人民，包括那些基督教的基要派人士应该有权利站在非宗教的立场，向学校提出他们反对进化论的科学证据，正如当年斯科普斯有权提出有利进化论的证据一样。”
其实我认为布伦南和斯凯利亚两位法官都各有道理。美国宪法（主张政教分离）的确是禁止在公立学校的教室宣传宗教。所以，要说超自然的神创造人类当然等于推崇宗教的立场。但在另一方面，路易斯安那州立法者所考虑的是另一个大前题，就是要防止反对进化论者所坚持的、合法的、科学的理论被进化论者压制。或许有人认为反进化论的科学理由并不存在，但是关键在美国最高法院没有权力否定地方法院对科学争议的裁判，特别是在判决前完全没有给机会让州政府考证该项法律执行之后会有什么不良的效果。还有，科学创造论者力辩，教授进化论本身就有宗教性的目的，要污毁神创造人类的信念。综合权衡各方面的理由，斯凯利亚法官认为：美国宪法应准许地方立法院授权反对用填鸭式的方法,给讲授进化论教条的人一个公平的机会答辩。
站在一个法律学家的立场，我注意到一个问题。原来“科学”和“宗教”这些名词在最高法院的辩论中也用得很含糊。无论法官或教育家都不愿清楚下定义，但却使用这些名词作推论和判决。如果我们说完全靠自然过程发展的进化论是“科学”，而超自然的创造是“宗教”；实际上等于说前者是真理，后者是幻想。如果科学的教条可以当作真理讲授，那末不准讲授的一定不是真理了！这样，扣上不同的帽子，不必公开讨论，就可以抹杀一切反对纯自然的、无神进化论的抗议。
代表全国最有声望的科学家、极具影响力的国家科学院（nationalacademyofsciences）所发表的所谓“法庭之友”（friendofthecourt）的论调，证实我不能信任他们的原因。国家科学院辩称科学创造论不能算为科学，因为：
它没有具备科学理论最基本的特点，就是必须使用纯自然的过程来解释一切的现象。故“科学创造论”主张：宇宙、地球、生物及人类都是用超自然的方法创造而来，并非人类理性可以了解，故不科学。
因为基本理论的定义限制创造论者，不能进行科学实验，证明超自然创造的真确性。科学院指责他们一切的努力，主要的目的在于污毁进化的理论。
他们认为“创造科学”明显是一种计谋，旨在削弱进化论的说服力。还有，使用上述两面性的分析和反面的辩论违背了科学治学的方法。
科学院除了用这样的方法给“科学”下定义，拦阻主张超自然创造的人为自己辩护，更不准他们反驳科学界当权派的主张。科学院的做法也许是争取胜利之道，但却不能使人心悦诚服。很多人认为神的确可能与人的来源有关。或许科学家打着“进化论的旗子”所提的主张中也有假冒的证据呢？
我不是一位科学家，处理创造与进化的争论是从一位法律教授的立场着手。我的长处之一是清楚明辨双方在辩论中使用文辞的技巧。引起我注意的第一个问题就是进化论学者所规定的辩论的法则。他们使人不可能质疑进化论的说法是否真实。举例来说，科学院订下的规则不准提出反证。这样一来，科学家至今尚未找到复杂生物来源的大问题就被一笔勾销了。这种手法可保证现有的进化论，无论有多少错漏也不会被推翻，直到有更好的答案来取代它。以上的情形就如不讲理的法庭，规定被告人必须自己去找出真正的罪犯才能为自己辩护，否则罪名就归被告头上，即使被告根本与案件无关也要担罪。
引起我注意的第二点是那些极力主张科学与宗教要分开的人，也就是那些喜爱利用他们的科学作宗教性的宣言的人。达尔文主义的论文中充满了反对神的结论，例如说这宇宙没有设计者，也没有任何意义。我们人类只不过是一个盲目自然过程巧合的产品，大自然更不会关怀人类。更糟的是提出这种论调的人并不承认他的立场只是个人的意见；相反地，竟然当作合乎逻辑推理的进化科学公诸于世。
还有一个使我觉得进化科学很像一种宗教的理由是达尔文主义者企图征服全世界那种的狂热。他们极力主张不从事科学的人也有道德上的义务，要信他们说的是真理。道金斯（richarddawkins）是牛津大学的动物学家，公认为进化科学的权威之一，竟不隐藏很大胆地承认达尔文主义合有宗教性的一面。他1966年所写《盲目的钟表匠》（theblindwatchmaker）一书表面上谈生物学，但实质上是不嫌其烦地为无神论辩护。道金斯自己说：“达尔文可以使人成为一个在理智上自慰的无神论者。”
道金斯每逢想到那些大逆不道、不肯相信进化论的人，就怒气冲天，几乎不能控制自己。“我可以绝对肯定地说，如果你遇到自称不信进化的人，那人必定是无知、愚蠢、或者是个疯子。（也可能是个邪恶的人，不过我不愿多想它。）”还有，道金斯继续解释，他最恨创造论者的地方是他们不能容忍别人。
由此看来，我们必须相信进化论，否则都要进疯人院了。可是，我们必须相信的内容是什么呢？“进化”一词的含意可以包括相信一个毫无疑问的事实，如细菌可以“演变”，对某些抗生素产生抵抗力。或者扩大到形而上的主张，认为宇宙和人类部是完全由毫无意义的、机械的力量“进化”而来。“进化”这词具有极大的弹性，很容易使我们误以为在狭小范围内有可信之处，就等于在最广义上的宣言也同样可信。
上面我所提的重点正是1981年科林·帕特森（colinpatterson）在美国自然博物馆演讲中提出的一个非常特别的问题。帕特森是英国自然博物馆的资深古生物学家。该博物馆出版的进化论简介就是他的手笔。在那次演讲中，帕特森将创造论（并非科学创造论）与进化论作了详细的比较。他认为两者在科学上都是空洞的观念，主要是靠信心才能接受。演讲内容提及很多细节的问题。但其中有两点对本章特别重要。帕特森首先向在座的专家问了一个问题，这问题反映了他个人怀疑很多进化论所认为肯定的知识。他说：
你们能告诉我进化论里面存那一条、任何一条……是你确实知道、完全无误的真理呢？我曾问过自然博物馆地质部的人员，我所得到唯一的答案是完全的静默。我又问芝加哥大学进化形态学讲座的听众，内中有一群很著名的进化论学者。等了很久还是一片沉寂。
最后有一个人说；“我确知的只有一件——就是在高中课程内不应该教进化论。”
帕特森指出，进化论和创造论都好像是包含了很多知识的理论，可惜名不符实，都是伪知识（pseudo-knowledge）。两者对比中，有一项最引人注目。在达尔文之前的时代，反对创造论主要理由是没有人能解释神怎样创造万物。创造论者只能说创造是一件显然的“事实”，却要承认对创造的方法无知。帕特森说，但现今达尔文的自然选择受到攻击，科学家也开始怀疑广义进化论的可靠性。在这种情况之下，进化论的高调愈来愈像当年的创造论。他们只能指出进化是“事实”，而不能解释清楚进化的过程到底怎样。
当时帕特森是故意挑逗引人反省，我并不是说他怀疑的态度代表一般科学界的看法。相反地，有人将帕特森当天演讲非正式的记录公开了，使他受到达尔文主义者猛烈的攻击。后来帕特森被迫全盘否认一切的疑问。不论帕特森当年的演讲是否有意让公众谈判进化论，但他的确提出了一个要点。比如我们指着一件神秘的事情，叫它作“进化论”。进化只是一顶“帽子”。问题不在科学界是否同意这帽子叫什么。而在科学家到底是否确知，像他们这样复杂的生物（人）到底是怎样来的。
有一位著名的社会理论学家，名叫欧文·克里斯托尔（irvingkristol）。他的特长是辨认意识形态的混淆。他使用这专门的学问分析达尔文主义，并在《纽约时报》上发表了一篇文章。克里斯托尔指出达尔文的理论只不过是项假设（hypothesis）而不是事实。因为达尔文学说解释复杂的生物由细微的遗传变异和“适者生存”演变而来的观念，只能应用在生物种（species）范围之内的改变。（译者按，就如现在世界上有几百种狗，都是由一种狗选配出来的，而这些狗之间仍有生殖能力，故仍属同一生物种。）达尔文靠逐渐改变的进化论不能证实一类生物可以进化成另一类的生物（所以只能作为假设）。克里斯托尔又指出科学界对生命来源的问题就有许多矛盾的解说。而且，不少的科学家已经怀疑“进化论”一词到底有多大的意义。克里斯托尔在另一方面也承认科学创造论是一种信仰，并非科学知识。不应在学校里面传授。不过他又认为维护科学创造论的人也有一些道理。所以结论说：
我有足够的理由认为，如果在教授进化论的时候，小心声明它只不过是综合各家不同学说、建立在不同假设上的理论，而非不可质疑、完全可靠的事实的话，很多不必要的争论就可以避免了。以目前的情况来说，基要派人土相当正确地指责一般学校讲授的进化论，都暗藏着不必要的、反宗教的利刃。
我以为哈佛大学著名的斯蒂芬·古尔德（stephenjaygould）应该同意克里斯托尔的看法。因为1980年古尔德在一篇科学论文中预测一种新广进化论即将出现，代替新达尔文派的合成论（neo-darwiniansynthesis）。古尔德承认1960年代他还当研究生的时候，曾受达尔文主义合成论的迷惑。但近年来，因为愈来愈多的证据使他不得不断言，合成论“虽然在学校正统的教科书上仍然存在，但以一套广义的综合理论的立场来说，已经死了”。克里斯托尔反对传授的正是这些老课本中的已死的道理。
但没想到古尔德对克里斯托尔的回应叫我这门外汉一时更摸不著头脑！古尔德竟然否认教科书中对进化论的偏见比对其他科学更严重，又否认进化科学反对宗教。他并且坚持“达尔文的自然选择论等……在狭义范围内仍旧是进化论的重点”。他着意指出克里斯托尔忽略了“已被认定的事实与讨论学说时应有的争辩两者间重要的分别”。古尔德又说，生物学家在教进化理论时已经当它为各家不同学说（conglomerateidea），包含矛盾假设所综合的理论。不过，进化也是自然界的“事实”，就如地球环绕太阳公转一样的事实。
从旁观者的立场看进化论的文献和其中自相矛盾的地方，不但使我感到十分有趣，我渐渐看惯了这些逃避批评的伎俩。当外行人询问，进化论是否真如专家们所说的那么真实可靠呢？我们得到的是严厉的警告，不准问这样的问题！而专家们彼此争论的问题，如准确的时间表和进化的机制到底怎样改进等问题却被称为小节而已，这些争论只是同业之间应有的积极的讨论，并非表示进化论有危机。无论如何，“进化乃事实”绝对不容任何人怀疑。
再次考虑帕特森所指出的问题，进化的事实如没有理论的支持，只不过是个泡影而已。如果不能解释生物到底怎样可以从一种转变成另一种，只空口说：“人类是从鱼类进化来的”，并没有什么了不起。这种难以置信“鱼的故事”（fishstory），必须要有科学家研究出来，到底怎样可以不借用神迹，将鱼变为人，然后这学说才有价值，才能令人信服。
达尔文指出，应该尝试指出，从自然界微小的变异渐渐累积，让时间、机遇和不同的生存率联合工作，就可以造成巨大的改变。这是达尔文所创立代替神迹的科学理论。但是如果达尔文这套渐进式的故事证明是假的，那么“进化论”只是一顶空“帽子”，用它来描写人与鱼的关系的话，只能说明人与鱼都具有一些相同的特征，例如脊椎动物之间共有的特征而已。
所以，专家们在进化的机制（mechanism）方面所持的分歧对我们这些门外汉来说是最重要的问题，因为我们想确知科学家所知道的到底是否如他们宣称知道的那么多。当无数的达尔文主义者坚持，进化论显示我们的生存是毫无意义的，只不过是唯物机制的运作。那么我们必须询问进化的过程到底是怎样发生的，并非要得到一个合理的解释不可。这些科学家所说的“进化”是指一个机械的（唯物的）过程。那么当进化这个“事实”的过程被推翻以后，所剩余下来的“事实”还有什么意义呢？这真是难懂了。
在以下的几章里，我要检验所有的证据，看看是否真有机制能够解释，进化论应该可以解释，大幅度的改变。例如单细胞的细菌怎样可以改变成复杂的动植物，鱼类怎样进化到哺乳动物，和人猿怎样可以进化成人。如果新达尔文主义不能胜任，如果没有更好的理论，而只有古尔德和克里斯托尔两位都赞同的所谓“综合各家不同假设上建立的理论”。那么，我们可以断言科学家其实也不知道大幅度的广进化是怎么来的。然后我们必须考虑“进化乃事实”与达尔文的理论是否应该分开。我们要继续查询新的分子生物学的证据，现今生命来源的研究，和科学研究的常规（rulesofscientificinquiry）。
在开始进一步讨论之前，我要声明我的资历和目的。我不是一位科学家，乃是一位研究学术的律师（教授），专长于分析辩论中所用的逻辑并且认辨辩论背后的假设。这样的背景在处理进化论的问题上可能比你想像的更贴切。因为人信不信进化论和达尔文主义主要是看他的基本假设是什么，然后他使用什么逻辑去推论。
讨论进化论时科学家未必占上风，因为进化论是一个极广泛的题目，跨越很多不同的科学领域，并且涉及哲学。现代职业性的科学家都必须深入钻研较窄的课题，在他专长以外他也只不过是个平凡人（layman）。
要我找有关的科学资料并不困难，达尔文和赫胥黎（thomash．huxley）为普及大众写了不少书。现代新达尔文合成论大师如多布赞斯基（theodosiusdobzhansky）、乔治·辛普森（geegaylordsimpson）和朱里安·赫胥黎（julianhuxley）等，也有大量大众化的著作。现今显赫的科学家中如古尔德、道金斯、道格拉斯·菲秋马（douglasfutuyma）等，还有很多专家的普及文章，我都收集在每章书后所附的研究摘记中。
大多数专业的文章在最著名的《自然》（nature）周刊和《科学》（science）杂志中刊登。这两份刊物是英、美科学界的喉舌。较大众化一点的有英国出版的《新科学家》（newscientist）和《科学的美国人》（scientificamerican），其中也有很多资料。此外，哲学家和历史学者也写了不少很有见地的书。总之，现有的文献非常丰富，而领先的科学界巨子一直都以为，一般读者可以明白主要的证据（essentialevidence）。可惜证据是哑巴，不能自动解释什么；它的含义只有靠推理阐明，用推理决定某证据是否成立、某证据是否可以接受。我特意要察验的，就是这些推理的规范（rulesofreasoning）。
还有一件需要交代清楚的是我个人的宗教观，因为读者一定会问，而且最基本的法则告诉我们，凡人都有偏见（bias），我也不例外。各人的出发点必须公开，并且接受检验。我在哲学上是个有神论者，也是一位基督徒。我相信神的存在，如果神要的话，衪可以从“无”造成“有”；但同时神也可以使用一个自然的进化过程。我并非要为科学创造论辩护，事实上我这本书并无意讨论圣经的记载与科学之间的冲突。
我的目的是考验科学本身的证据，并且谨慎明辨证据本身的意义和宗教或哲学方面的偏见。偏见会歪曲我们对证据的解释。我认为科学创造论者的偏差是因为他们首先投入了（precommitment）圣经原教至主义（biblicalfundamentalism）。我不愿为他们的立场多说。我要明察的问题是达尔文思想是否基于公正客观的科学证据；达尔文主义；是否另一种变相的原教旨主义（fundamentalism）。
我们真知道有什么自然的过程（naturalprocess）可以使原始的微生物进化成其他的生物和人吗？生物又可以从无生命的物质进化而来吗？国家科学院告诉我们，科学最基本的特质是必须依靠自然无神的解释，那么科学家是否已经确实证明创造者（神）完全没有参与创造这个世界和其中一切的生物？在科学范畴之外有没有真理？难道非科学(non-science)就等于无稽、无意义（nonsense）吗？科学界集团如此坚决地支持自然进化论，外面的人胆敢怀疑他们官方建立的信条（doctrine）可能错谬吗？让我们一起来仔细看看吧！
－审判达尔文第二章自然选择论－
达尔文的事迹和他的学说多次多方被人传讲是理所当然的事。他与研究地质学的律师查理·赖尔（charleslyell）之间有不寻常的友谊；他在猎狗号船上漫长的旅途中，碰上脾气暴躁的船长菲兹莱fitzroy）；他在南美洲加拉帕戈斯群岛（galapagosislands）上作了重要的观察；他经年累月不断地编写《物种起源》（theoriginofspecies）稿件之际，突然因为塞尔·华莱士（russwallace）即将发表相似的理论，而在匆忙之间付印；接着轰动一时，引起极大的风潮；最后高奏凯旋等等。这一切都是最精采、最戏剧化的题材，当然值得再三复述。不过，我要写的不是历史故事，而是现今关于进化的争论中所应用的逻辑。因此，我的兴趣不在达尔文本人，乃在达尔文主义。达尔文当年所提出的学说与现今流行的新达尔文主义之间的差别，对我来说也不重要。虽然新达尔文主义者得到现代科学，特别是遗传学知识的助益，比达尔文当年更占优势。我的宗旨是要曝露现今进化论真正的想法、进化论所描绘的自然界对我们影响之重大，并要说明如今在进化论方面争辩的真正要点。
达尔文的名著《物种起源》有三项重要的主张。首先，“生物种并非永久不变”。他的意思是说，在地球漫长的历史中，的确有新的生物种出现，而且这些生物是由一种自然的方法，他称为“后代渐变”（descentwithmodification）。第二项主张认为，利用这进化过程的学说可以推广解释地球上所有不同生物（或几乎所有生物）的来源。因为所有的生物都是从极少数、甚至由一种微生物类的祖先而来。第三项主张是达尔文主义最突出的一点，他认为这庞大的进化过程是由一种自然界的选择或者叫“适者生存”（survivalofthefittest）的动力所引导。而这动力在生物界的功效神奇、威力之大，是以前人类认为只有创造者亲手引导才能完成的。本章论述的就是这第三项主张。
其实问题的症结不在自然界是否有选择优良品种这回事。自然选择当然存在，自然界不断选择生物群体（population）中适应力最强的遗传因子。举例来说，人类的婴儿如有遗传的缺憾，非有昂贵的医药护理不可能成长。生物中不能生殖的也不可能遗留后代，这些是无可置疑的现象。但达尔文主义者坚持自然界选择的能力远超过上述的例子，天择不但能使生物在遗传方面保持优势，他们声言这种自然力量居然有无比的建造功能，在亿万年间竟然可以将一个细菌类的细胞建造成花、木、鸟、兽，甚至人类的奇观。我们从何知道这样的进化真是正确无误呢？
达尔文的进化论提倡两项要素。第一项是达尔文所谓的“变异”（variation），如今的科学家称为“突变”（mutation）。
突变是遗传上盲目的改变。在生物中如果突变者产生可观察的改变的话，其后果几乎都是有害的。但是有什么突变可以产生对生存和繁殖的条件有微小的改进呢？根据进化论的解释，一般生物都要生下大量的子代，而其中能够成长的只占极少数。子代之中繁殖力较强的，当然可以生产更多的下一代。繁殖力较弱的只能生下较少的子代。这样不同的繁殖力就能渐渐将有利的因子分配集中到生存的个体之中。这些较进步的生物又成为下一步进化的基础。如果有足够的时间，又有足够好的突变的话，这样一小步一小步地渐渐累积不同的改变就能制造出极度复杂的器官（ans）和适应环境的行为（adaptivebehavior）。因此也不需要任何已经存在的智慧者来协助了。
上述的学说真的可能实现吗？达尔文不能指出有力的例证支持自然选择过程真正可信，因此他必须借用一些牵强的例子。引用菲秋马（douglasfutuyma）的话来说明：
当达尔文写《物种起源》一书时，他不能提供任何自然选择进化的好例子。因为当时还没有人去寻找观察，所以他只有借用一些人工选择的例子，如人工改进牲畜及稼穑，不断选种培育毛最长的羊，生蛋多的鸡等等……育种的人成就可观，可以改变动物和植物各种特征，甚至使现有的品种与最初的野生品种（wildancestors）之间产生很大的区别。
这些区别之大可以达到一个程度，超过了某些生物种与相似种之间的差异。
这样使用人工选种为例证其实是引入歧途的一种骗局。改良动、植物的人必须运用他的智慧和专门的知识去选择育种，并且要保护它们不受自然界的灾害。达尔文学说的精义是说明自然界毫无目的（purposeless）偶然发生的过程可以代替智慧的设计（intelligentdesign）。而他居然使用人工智慧设计者的成就来解释这要点，证明那些愿意接受达尔文学说的听众实在毫无批判的眼光。
人工选种与自然选择基本上不但没有相似之处，实际上是完全不同的两回事。育种的人可以在羊或鸡或鸽子中造成很多自然界没有的变种。他们这样做也存着自然界所没有的目的，包括要满足自己的好奇心，看看到底生物种研究可以有多少变化，其极限何在。如果育种之目的只希望动物在野外自然环境下生存的话，极端的变异是不可能发生的。因为所有的家畜回到大自然后，复杂的变种很快就消失了，生还者都回复到原本的野种（wildtype）。由此可见天择过程其实是一种保守性的力量，只能防止极端变异的产生，而人工育种却在鼓励变异。
人工育种真正的结论显示最高明的育种家也不能超越自然界的极限。生物种的变异有固定的不能跨越的鸿沟，在所有人工培养的动物中并没有产生任何新种。所谓新种，一般公认的定义是指一个新的生物群体与原来的群体产生了生殖的分野，不能再交配生出有继续生殖能力的后代。以狗为例，所有的狗都属同一个生物种，因为在生理上来说各种狗都可以杂交生育。虽然有些因体型大小悬殊，不方便交配而不能生育的例外。法国著名动物学家比埃尔·格拉斯（pierregrasse）的结论认为，人工育种的例子是反对达尔文学说的有力证据：
虽然经过千年选种的压力，任何不合育种目标的个体都被消灭了，但是始终都没有新种出现。化验比较各种狗的血清、血红素、血蛋白、和受精的可能性都显示，所有不同品种的狗，其实仍然属于同一个生物种。这项结论是客观测试的结果，不是主观分类学上的意见。事实上，人工选种的结果只不过使狗的基因组（genome）的不同组合显示出来，不能算作创新的进化过程。
换句话说，狗不能够变成象那么大的真正原因，并不是因为人没有足够的时间去努力选择培养，而是因为狗的基因有它的极限，狗增大到一定的程度就不能再大。同理，狗也不可能变成象。
达尔文主义者不同意上述的判决，他们也有一些理由。他们很自豪地指出，在实验里面用果蝇做的一些实验，虽然至今果蝇仍是果蝇，但是他们也产生了很多变化。植物杂交的结果产生了新的品种，包括真正符合新种定义的植物。它们彼此之间可以产生后代，而且不能与原来的品种配合。达尔文主义者不能在动物之中产生新种，辩称没有足够的时间。人类培育狗类共有数千年的历史，但是自然界却有数百万年，甚至数亿年的时间自由地运作，在某些特殊情况之下，相当有力的旁证显示，自然界似乎也曾产生了新的物种，在夏威夷出现的几百种果蝇和加拉帕戈斯群岛上著名的达尔文雀鸟（darwin'sfinches）都是比较熟悉的例子。
时间有限当然是衡量人工育种必须考虑的问题，但同时因为人工育种应用了人类的智慧，并设立了选择的目标，所以也很可能抵消了大自然拥有漫长岁月的优势。格拉斯对著名的果蝇实验又作了以下的评论：“果蝇（drosophilamelanogaster）是遗传学家最喜爱的宠物，它的地理分布、在乡村及城市的基因型（genotype），都为大家彻底认识。但这果蝇从亘古至如今竟然毫无改变”。大自然有足够的时间，却没有耍科学家想耍的把戏。
如果没有其他的限制，缺乏时间仍是相当合理、值得考虑的因素。但事实上，生物种的变异是受基因库（genepool，所有基因合称）的制约。所以自然选择的对象相当有限。基因经过若干世代的排列组合之后，不能再产生新的变异了。当然理论上突变可以补充新的基因，可惜事实上突变在自然界出现的频率和贡献到底有多少也不清楚。
自然选择是否真的能制造新的生物种（spciation）呢？我认为这也不是最重要的一点。生物种只是一个可以生育的群体，将来即使能将一种果蝇分化开成为二个或更多的生殖群体，也不能真正成为支持细菌可以进化为果蝇的证据。如果将来有一天人类真的能够培育出与其它的狗不能生育的新生物种，他们的成就只不过是达尔文主义重大宣言中必须证实的一小步而已。
话说回来，识破了人工育种例证的漏洞也不等于已证明了达尔文主义本身的错谬。我们必须再找更直接的证据，看看自然选择是否真的有创造的功能。不过在我们讨论支持达尔文主义的人的任何提议之前，我们要先问证据是否必要！说来奇怪，在达尔文主义者的文章中居然有大量的声明，宣言进化论的真确性只要用逻辑就可以说明。
自然选择是同义反复无谓之重复语
很多支持新达尔文主义的学者在他们的著作中常常提到进化论只不过是同义无谓之重复语或称赘述（tautology），意思是说用两句不同的话重复述说同一件事而已。进化论预料，最能适应环境的生物将会生产最多的后代。但是何谓适应呢？进化论定义，遗下最多后代的生物最能适应。这一点是我必须详细讨论、记载的要点，因为很多进化论者误以为这赘述的意念（观点）是创造论者和其他不懂科学的挑战者恶意引进文献之中。以下是几个由麦柏（normanmacbeth）所搜集的例子：
霍尔丹（j.b.s.haldane）1935年说：“……适者生存一词是一种赘述，正如许多数学的定理，用两种不同方法叙述真理，并无害处。”
恩斯特·迈尔（ernstmayr）1963年说:“……那些留下最多后代的个体，照定义就是最能适应的生物。”
乔治·辛普森（geegaylordsimpson）1964年说：“只有将适者定义为生育众多的品种，才可以说自然选择促进新种。事实上遗传学家的确是这样下定义，其它人或许感觉费解。对一位遗传学家来说，适应与否跟健康、气力、美貌或任何其他条件部无关，唯一的要素就是生育效率高。”
辛普森以上的解释说明为什么自然选择的学说一定要用重复赘述的形式才能表达。我举一个更清楚的例子，如果一只野马跑得特别快，很明显会占优势，但是根据达尔文的学说，这种优势必须能传给更多的后代才有真正的意义。相反的，如果马跑得太快，常常跌倒，或者一只雌马跑得太快，雄马迫不上，而失去繁殖的机会，那它的优点岂不成为缺点了吗？
这样看来，任何一种特征都可以是优点或缺点，因为必须考虑它的环境如何才能确定。若有飞翔的能力，不是显然的优势吗？达尔文学说却假设自然选择驱使非洲马德拉岛（madeira）上的甲虫失去飞翔的能力：岛上的风特别猛烈，会飞的昆虫反而容易披风吹到大海里去。另外，人类有较大的脑，但也需要一个大脑壳来保护它，因此使母亲在生产的时候受到更大的痛苦，甚至连性命也会遭遇更大的危险。
我们常以为脑子越大必定越占优势，因为人类文明独霸全球，但是要思考这样的优势怎样进化而来，就显出有利条件也有弊了。如今尚存的猿类之中，脑子最大的并不能逃避减种之虞，奇怪吗？
以上的例子让我们知道，我们常以为具有某些特征的生物必占优势，但事实上，不看生殖的后果是不可能猜想某些因素列底是利或弊，故此辛普森坚持说：“优点本身并没有什么意义，唯有看繁殖是否成功才能确定，所以我们只能说，生产后代最多的生物必定具有生产最多的因素了。”
以研究科学哲学著名的卡尔·波普尔（karlpopper）曾说，达尔文学说并非真正的科学理论，因为自然选择是一种全能的巧辩，可以解释一切事物，所以就等于没有解释任何事物。朴伯后来因为达尔文主义者愤怒的抗议而撤离了这个立场。不过他确实是相当有理。为自己申辩时，他引用了费舍（fisher）、霍尔丹、辛普森等很多作品为例总结说：“当今最权威的进化论者为他们学说的解释不周，故等于说生产最多后代的生物产生最多的后代（这样的赘述）”。他引用专家的著作中包括沃丁顿（c.h.waddington）的解释。他的名言值得后人保存参考：
达尔文最大的贡献当然是他的学说：进化的过程可以用自然选择及偶然变异来解释。起初，自然选择被认为只是一种学说，将要用实验和观察来证明。但是细察之下，原来它是一种赘述，是必然性的宣言，只因前人没有发现两者之间的关系而已。进化论说，在一个群体之中，最能适应的个体(用遗下最多子孙为定义)，必定留下最多的子孙。这样的赘述绝对没有减少达尔文伟大的成就；只有当学说清楚地公式化列出以后，生物学家才认识到这个原理具有的解释能力何等厉害。
以上不是信口开河的话，而是深思熟虑的判语，是1959年在芝加哥大学举行的庆祝《物种起源》一书出版一百年纪念大会上发表的一篇主要文章里面的话。显然在座所有著名的权威、专家之中没有一位告诉沃丁顿重复的赘述并不能解释任何事物。当我想要明白鱼类到底怎样可以变成人类时，单单告诉我生育后代最多的生物必定留下最多的后代，并不能说明问题。
其实，为什么达尔文主义的领袖会将自然选择论变成赘述并不难理解，因为现今流行的新达尔文主义是从群体遗传学（populationgenetics）发展而来。这门学问用数学为基础，致力阐明极微小优良的变异，可以很快地散布在一群生物之中。其中所谓“优良变异”只不过是学说中的假设（assumptions），并非在自然界观察所得的实据。可惜从此不少数学家很自然地以为这些假设就是“导致生物及其后代产生更多后代的因素”。这样的思想影响了动物学家和古生物学家，他们也觉得很习惯用定义的方法来想像具引导性的学说必定是真确的。只要外界的批评家（critics）不留意，最无稽的重复赘述也不怕被人识破了。
当波普尔的批判受大众注目后，情况才有转机。创造论者（creationists）和其他不友善的批评家开始引用他们的谬论，认为达尔文主义并非真正的科学理论。达尔文主义者才开始醒悟，原来他们的立场不稳已深受威胁，所以当后来再被质问有关无谓重复、赘述的理论时，他们只有硬着头皮坚指控方缺乏了解进化论的能力。在以后的数章之中我们还要说明：事实上，一直到现在，自然选择论仍然以无谓的重复和赘述的形式出现。
如果自然选择论只是一种无谓重复的赘述，我可以就此搁笔结束本章，因为一再重复的话不可能具有诱导进此的力量；不能驱使一个能自动复制的大分子（replicatingmacromolecule）变成现今的人类。不过自然选择论既然经常以赘述的形态出现，当然也可以用其他较难识破的形态出现。我们必须进一步审查其他的例子。
自然选择论只是推理的论据
凡参观过英国自然博物馆的人，都可能见过博物馆出版的一本进化论手册放在引人注目的地方出售，这手册是由著名古生物学家帕特森（colinpatterson）所写的。他论到达尔文主义的科学地位时说，自然选择可以用推理的论据来表达。例如：
1.所有生物必须繁殖（reproduce）；
2.所有生物都表现可遗传的变异（hereditaryvariation);
3.遗传变异对繁殖的影响也各有不同；
4.所以对繁殖有利的变异必定成功，对繁殖不利的变异必定失败，因此生物就产生改变。
帕德森指出这项命题（theorem）只能确定自然选择会发生，并不能解释普通的进化现象。事实上，这项命题连生物会改变也不能证明。遗传的变异范围可能很窄，所以能够生存下去的变异只不过是保持原状而已。当然这生物种也有可能改变很大，但其中变得不利的生物若繁殖成功，该种即将渐渐趋向减亡。其实要知道自然选择真正的功能很可能就是保持生物种不变，这个想法不但理论上有可能，也有事实的根据。我们从第四章可以看到化石的证据，显示生物种在历史中的常态不是改变，而是稳定（stasis）、保持不变的。现今还有很多所谓“活化石”（livingfossils）的生物，我们用各种不同的方法测试，也看不出它们跟几百万年前的祖先有什么分别。
帕特森并不是进化论学者中唯一认为自然选择论可以纯粹用逻辑推论证明的人。其他应用逻辑宣扬他们学说的人似乎比帕特森更崇拜自然选择。例如，研究生命来源的卡斯密（a.g.cairns-smith）运用二段论法（演绎法syllogistic），正如达尔文当年一样，解释复杂的生物怎样可以从简单的生物进化而来：
表面上生物好像是有目的的创造，但达尔文说服了我们，生物时常或说完全可以用自然选择的功劳来解释。如果（if）生物保持不断地繁殖；无论何来，如果在这些生物的后代中有偶然的变异；如果这些变异是可以遗传的；如果有一些变异可以为生物提供一点有利的条件；如果在繁殖中的生物之间彼此有竞争；——又如果子代数目过多，不是所有的生物都能繁殖下去——那么，那些能够繁殖下去的生物必定会进步。这样，自然界就像一个选择育种的人：生物种不能不改进……
但事实上有些种族常常很成功地抵抗改变，历千百万年也不改变。那么以上的逻辑一定有问题了。这例子中错失之处在于那个“有利”的观念。正如辛普森告诉我们，达尔文主义者说，“有利”的意思并非日常人以为趋向有利的进步。若单以成功地繁殖来衡量，蚂蚁和细菌都跟我们一样“有利”。其实，无论整个群体改变与否，甚至在趋向减种的途中，任何群体之中总有一部份生物个体能留下较多的后代。（译者按：可见所谓的“有利”只利于繁殖的话，也只利于繁殖和生存下去，与进化无关。）
自然选择是科学假设
至此为止，我们解决了一些比较简单的错误观点，使我们可以更清楚地讨论实质。面对最重要的部份，我们要郑重地研讨。我知道如今很多进化论的学者都会坚持：达尔文的自然选择论不单是一个理论，而且是一个经过周详的考验，有足够的证据支持，应该可以接受作为可靠的理论来解释复杂生物进化的过程。更准确地说，这个学说就是：自然选择论（再加上遗传突变）是一种有创造意识的力量，能够产生完全新的器官和生物。现在我们面对最重要的问题：有什么证据可以说明自然选择论的假设是正确无误的？
菲秋马是搜集自然选择证据的人中干得最出色的一位。以下是他提供的例子，企图证明自然选择有创造的功效：
1．细菌有自然抵抗人造抗生素的能力。昆虫能很快地对杀虫药产生抗力，因为它们的后代由于不断地变异，必具备一些抗性的优势。
2．1898年美国麻省遇到一场暴风，数以千计的小鸟不死则伤。有一位好心人，搜集了136只受伤的麻崔，送到一位叫邦普斯（pumpus）的科学家那里，大概是要请他照顾伤鸟。但是，邦普斯的心肠较硬，他将所有的伤鸟都杀了，为的是要测量这些鸟的骨骼。邦普斯发现在所有的雄性麻崔中，体格的差异并不很大，但是较大的雄鸟生还率要比小的为高。
3.1977年开始，加拉帕戈斯群岛遇上旱灾，岛上一种有小型种子的植物失收。而靠这些小种子维生的鸟儿被迫吞食平时不看一眼的大种子。经过一个世代以后，体型小、食小种子的鸟类因食大种子有困难，死亡率很高。但是存活下来的鸟儿，它们的体格，特别是嘴部都有显著的增大。菲秋马当时评论说：“如果环境复原的话，这些鸟儿也很可能恢复原状！”
我们在这个例子中也可以认定：“鸟儿被迫在干旱环境中生长的话，它们会变化，长期适应环境所提供较多的种子。这的确是自然选择的工作，但完全与机遇及偶然无关。”
4．在非洲人中，镰状细胞性贫血（sicklecellanemia）的基因，也有抗疟疾的特性。完全没有镰状细胞等位基因（allele）的人，因疟疾而死亡的可能性特高，而从父母双方各得到一个等位基因的人又常因贫血早亡。只有那些从父方或母方得到一个等位基因的人，生存率最高，因此这个基因也不会在非洲人中消失。菲秋马认为，这例子不但显示自然选择非常有效，而且又是“一种毫无爱心、机械化的过程”。
5．小鼠的群体之中多次见到有雄性不育的基因在短期内“泛滥”至整个群体，造成整个群体停止生育，结果只有全体灭亡。
6．最后，菲秋马综述了凯特尔沃尔（kettlewell）著名的观察：飞蛾工业黑化现象（industrialmelanism）。在工业化地区，煤烟使树皮变黑，黑色（或较深色）的蛾（metanicmoth）渐渐占多数，因为捕食蛾的敌人，较难在黑色的树皮上捕捉黑蛾。当空气污染减轻，树皮开始变回浅色的时候，浅色的蛾重占优势。凯特尔沃尔很详细地观察蛾的颜色如何随树皮的颜色改变。以后很多评论家说，这个例子显然说明了，在有限的范围之内，不但有周期的转变，同时也表现出有稳定的作用，因为在变动的环境中，这生物种仍然不断提供深浅不同颜色的蛾，这样才可以保证种的延长。如果浅色蛾在树皮变黑的年间完全消失，那么当树皮又回复浅色时、黑蛾将面临灭种之患。
在菲秋马的那章书中还引用了其他例证，但是我认为那些例于只能用来说明达尔文主义怎样解释一些不寻常的现象，就如自我牺牲的行为和孔雀的大尾扇，而不能用来证实自然选择能产生新的改变。如果我们拿以上六个例子作为支持自然选择论之最佳及可观察的证据的话，我们只可以作两个结论：
1．我们没有理由怀疑在特殊的情况之下，能抵抗药力的细菌较为有利；或者体型较大的鸟比小鸟强；或者黑蛾比白蛾更受优待。在这些情况之下，对药物敏感的细茵、较小的鸟，和浅色的蛾的确暂时减少了，直到环境有新的改变为止。
2．事实上没有任何的“证据”能提供足够的说服力，使人相信自然选择可以创造出新的生物种、新器官，或其他重大的改变。就算有小的改变也不过是暂时性的变化而已、镰状细胞贫血一例只说明在特殊情况之下、表面上似乎有害的基因在种群中不能自动消灭。体型大的鸟在大风和干旱的情况之下比小岛更占优势。这些鸟类进化最好的证据，完全没有任何迹象提示任何因素怎样驱使鸟类进化成鸟。其实，在其它的情况之下，小鸟很可能有它的优势，这不正说明了为甚么鸟类没有不断地变大吗？
格拉斯跟我一样，看了以上的证据之后，完全无动于衷。在他写的进化与自然选择一章的末段综合了他们的结论：
朱里安·赫胥黎（julianhuxley）所谓的“进化论在运作”（evolutioninaction）和其他生物学家的描述只不过是一些人口统计的资料，地区性基因型的差异，和地理分布的不同而已。这些生物种常常经历数百世纪也没有真正的改变！只因情况转变而产生轻微的波动，而整个生物的基因组没有改变的话，这点波动完全不能算是进化，我们有确凿的证据，就是那些长期不变的生物种（panchronicspecies）（如活化石，维持了数百万年也毫无改变。）
这个结论显然正确。但另一方面反而引起了新的问题。为什么那么多人、包括在才智和品格上都受我敬佩的专家们，竟然会相信：地区性的群体波动，可以证实自然选择的假设大有能力，可以创造出眼睛和翅膀这些工程上的奇迹呢？每一位研究进化论的人都知道，凯特尔沃尔描述的飞蛾实验是证明自然选择论最重要的经典。为什么达尔文学者要等上一百年才可以看到这么平凡、一点点的证据，来证明达尔文主义的精粹呢？而且凡真正研究过这些实验的人也知道：这些证据跟任何的物种起源完全没有关系，甚至跟新品种的来源也没有关系，因为黑蛾和白蛾在整个实验之中都同时共存。唯一的变化只是两者的比例而已。那么为何具有聪明才智的人这么容易受欺骗，以为凯特尔沃尔这样的实验可以对达尔文主义大言不惭的人有任何支持的力量呢？我们必须看下面第四种描述自然选择论的方法。
自然选择是必要的哲学
美国国家科学院（nationalacademyofsciences）在最高法院作证时说，科学最基本的特点是单单“依靠自然性的解释”（naturalisticexplanations）而不能靠“人类理性不能了解的超自然的能力（supernaturalmeans）”。这些现代科学家认为超自然、不能接受的范畴之中，不但包括了神，同时也包括了非物质，引导生物向复杂进化的生命力，和任何有意识和自觉性（consciousness）或其它所有非物质性的存在。如果科学能提供任何关于生物为何变向复杂的答案的话，就必须从余下的物质范畴中找寻。自然选择论当然是余下的选择，也许也是唯一的选择。
在这种情况之下、也有许多人会采取一个很简单的抉择——达尔文主义必定是真理。对这样的人来说，如果还要钻研下去，唯一的目标只有查问：自然选择到底怎样操作？并且他们很可能开始向一些不寻常的现象（不能解释的难题）着手。他们认为达尔文学说根本没有受考验的必要了，因为除此以外，根本没有任何值得考验的选择。如果有任何人说，进化论不可尽信，会被赫胥黎（thomash．huxley），当年“达尔文的恶狗”，向怀疑者提出的挑战所征服，他问的难题其实很简单：“你还有什么其它的选择呢？”
我认为多数的科学家不会不寻问丝毫的实验证据，就安心接受。达尔文主义只不过是一个哲学上的原则而已。但是从态度上来说，要在实验室中挑剔一个受怀疑的理论，或找证据支持唯一可信的真理，两者之间会有天壤之别。我们已经看过，杰出的科学家毫无异议地接受了混淆人工选种与自然选择之间的推论。他们又竟然对重复赘述和逻辑推论的空言毫不为意。这些不合逻辑的思想不单仍然存在，而且还在不断地繁生，正如一个无能的生物种，在完全没有竞争的生态环境中得以苟延残喘。
如果自然选择的创造潜力不需要从正面去证实的话，那么，消极方面的反对证据也不可能推翻这个学说了。达尔文主义者已经演变出整套的辅助论据，提供似乎有理的答案解释任何的问题。例如，为什么活化石千百万年都保持不变，而它们的表亲已进化到像人这样的高等生物呢？对达尔文主义者来说，这并非难题。它们没有进化是因为适当的变异尚未发生，或者因为在“发生过程中受牵制”(developmentalconstrains)。或者说，这些活化石已经对环境有足够的适应。总而言之：它们没有进化是因为没有进化！
既然进化论的能力在于繁殖自己的后代，为什么有些动物当捕食它们的敌人出现时，会冒着自己的生命危险，发出信号警告同类、保护同伴呢？自然选择怎样可以促进这种自我牺牲的特征向无私舍己进化呢？有些达尔文学者将功劳归给“群体的选择”（groupselection）。人类国家之中若有个人愿意在战场上为国牺牲，则整个国家受益。同理，动物群体中若有自愿牺牲者，当然要比全部都是自私的群体有利。
有其他的进化论者耻笑群体选择论，推崇“家属选择”（kinshipselection）为牺牲精神（altrusium）的基础。既然牺牲自己可以保护下代或近亲，也就保证了个人的基因可以延续。自然选择可以在基因层面促进基因组合中有些个体产生牺牲行为，所以达尔文主义者可以避免自然选择论遇到的困难，将问题推到群体或基因的层面，解释一切。
达尔文主义者所拥有的武器中，最有解释威力的是“基因的多效性”（pleiotropy）：一个基因有很多种不同的功能。也就是说，任何影响一种功能的基因改变很可能也带有其它的作用。那么，真正的利或害就要看总的效果了。表面上看来有害的特征，很可能与其它有利的特征联合在一起。那么，自然选择的功效在乎选择整个组合了。
我认为要解释一切异常的事物与达尔文主义表面上的冲突，需求助于多效性，或家族选择，或发生的约制这些学说。这样的做法在基本上没有什么错误，只要我们假设达尔文基本上是正确的，就很有理由调整学说，迁就所观察的事实。问题是调整太多了，要综合起来找一个方法，审察一下达尔文主义是否正确时，才发现已经不可能了。显然不适合的特征可以归咎于多效性。或者说，我们不知道有利的地方何在。当所有的理由部说不通时，就索性推罪于“机遇”（chance）了。达尔文自己说：“如果能证明任何生物种内有任何的结构是为了其它种的利益而产生，我的学说就马上化为乌有，因为这些情况是不可能从自然选择而来。”但是达尔文又巧辩，坚持他从来没有说过自然选择是进化唯一的机制（mechanism）。
有一项附属的学说——性的选择（sexualselection）——是表现达尔文主义手法高明的例子。他们居然可以将顽梗不利的证据转化为他们学说的支柱。性的选择在今天只算得是达尔文主义之中的一小部份。但达尔文当年认为它几乎与自然选择论一样重要。（达尔文第二本名著《人的来由》（thedescentofman）的主要内容集中讨论性的选择。）孔雀艳丽的尾巴是性选择中最著名的例子。虽然它是雄孔雀逃避敌人时的累赘，但雌性喜爱它。所以，有庞大的尾巴会减短雄性孔雀的寿命，但同时又增加了生殖的机会。
这样的说法好像也有道理，甚至很有趣。但我感到不解的是达尔文主义者为何不以雌孔雀古怪的性趣味为怪。为什么自然选择会在所有低等的鸟类中，推出这样的一种，让雌性狂爱那些具有杀身之患的异性？这些雌鸟应该对异性尖锐的爪子和强壮的翅膀发生偏爱才对！或许对孔雀屏的爱好与其他极重要的特点，如坚硬的蛋壳有关连。那么为什么自然会选择如此古怪的遗传关连呢？但无论如何，菲秋马居然宣告：孔雀不是进化论者的问题，而是创造主义者应该应付的问题：
科学创造论者真的认为他们的创造主会造出这样一只没有六尺之庞大的尾巴就不能生育、而同时又容易被豹吃掉的鸟吗？
我不知道科学创造论者会怎样说，但我认为无论公、母孔雀都很可能是一位具备丰富想像力的神所爱好的。孔雀是“毫无情感、机械式的过程”如自然选择所不能容许的。
我们从菲秋马对孔雀的评论中可以看出，他的反问是辩论中常用的技巧之一；攻击是最好的防守。但同时，我们也看见，接受了某些哲学上的大前题，居然会使一位聪明的达尔文主义者面对着相反的例证时却视而不见。
朱里安·赫胥黎曾写下：“我们可以预料自然选择所得到的必定是可能性极微的产品；我们面对一个充满矛盾的颠倒现象（paradox），就是一个几乎不可能造成的产品，同时也可以用它来证明自然选择的功效是何等伟大。”如此建立起来的理论不必畏惧任何反证的力量。
自然选择是达尔文主义中最著名的要素，其实并不一定是最重要的一环。自然选择的真正功能只是保存或淘汰一些已有的东西。突变必须提供有利的创意，让自然选择促进引导。从此我要转到一个新的题目，所以需要开始新的一章了。
－审判达尔文第三章大小突变－
“进化论”一词涵义极广，除了霎时创造论（instantaneouscreation）之外，其它各家各说都可包容其中，难怪自古就有不少人思考进化这问题。达尔文最突出的贡献在于提供一个比较可能理解的机制（plausiblemechanism），藉此可以解释生物必须经过的变化，不必依靠神明的引导，或隐秘的生命力（vitalforces），或其它现时物质世界之中捉摸不到的力量。达尔文非常谨慎尽量避免“跳跃性”、突然大步跃进的“庞变”（saltations），例如一代之间即能产生新种的想法。庞变如今常称全身大突变（systemicmacromutations），对很多科学家来说，他们也有很充份的理由觉得这是不可能解择的现象，因为生物的整体是由极度复杂又互相关连的部分（parts）组成的。其中一个小部份已够复杂了。所有的部份靠机遇，可以同时同步突变成为有用的器官，是不可思议绝无可能的事。
用达尔文的话来说，大突变等于一个神迹。再极端一点来说，大突变几乎与特创论（specialcreation）没有什么分别。如果一只蛇蛋可以孵化出一只老鼠，我们可以称为即时进化，同样也可以称为特创论。即使一个复杂的器官如眼睛或翅膀突然出现的话，那就是神迹。达尔文断然拒绝这一类的进化论。他给查理·赖尔（charleslyell）的信中说：
如果我的自然选择论必项借重这种突然进化的过程才能说得通，我将弃之如粪土……如果在任何一个步骤中，需要加上神奇的进步，那自然选择论就不值分文了。
达尔文希望在生物学上创立一个广泛的理论，像赖尔在地质上的贡献一样：用自然及均变的（uniformitarian）原理解释最大的改变。就是说，用日常可见自然的渐变方法，和经过漫长的时期来解释生物现象。他知道他的学说最突出的地方就是比较科学化，他拒绝科学不能掌握的神秘主义，或超自然主义；坚持在哲学上彻底的唯物主义（materialism）。达尔文必须用无数微小的改变累积起来解释复杂或较大的改变，才能保持他唯物的立场。以下是他自己雄辩之词：
自然选择的工作必须靠极度微小并对生物有利的遗传改变，长期不断的累积而成；正如现代地质学几乎已经推翻了一次大洪水可以掏空整个大山谷的学说，自然选择论也可有相似的大贡献。如果这学说正确，我就可以否定神不断创造新生物种的信仰和生物界有突然大突变的意念。
托马斯·赫胥黎（thomash．huxley）从起初就反对教条式武断的（dogmatic）渐进主义。他在一封著名的信中警告达尔文说：“你这样毫无保留地接受自然界绝无大跃进（naturanonfacitsaltum）的观点，使你陷入不必要的困难之中。”其实要想达到他的目的，达尔文的确毫无必要冒这些危险，而且他真会有很大的困难。长远的历史显示，最大的问题是化石的记录。化石中没有足够的中间型（transitionalforms）作为达尔文学说的支住。达尔文的答辩很清楚，他说开始掘化石的人太少，所得的化石不多。这藉口在当年尚有相当的可信性，故进化论一时未有倒台之危。下一章我们再继续讨论化石的证据。
更重要的问题还是理论上的困难。不少器官必须有很多精密的基本组织彼此配合才可以发挥功能。眼睛及翅膀是最常引用的例子。但读者不要误以为这两个是特殊的例证，其实动物及人体中充满了同样神奇的例子。问题是到底“极度微小（infinitesimallysmall）个别都对生物有利的遗传变异，怎样可以累积”成大突变呢？无论在发展视力或飞翔如此复杂的功能的过程中，第一小步的改变开始时，若非配合其它各部份同时部署妥当，不可能对生物有什么好处。举例来说，试想如果古代一位炼金术家碰巧制造了一块微电子板，但因缺乏其它电子工业的配合，就算是再神奇的发明也毫无用处，必被弃置了。
斯蒂芬·古尔德（stephenjaygould）曾自问“一个极好的问题：即使有了百分之五的眼睛，到底有什么好处？”他继续猜测，当眼睛的第一小部份开始出现时，它可能另有用途，与视力无关。道金斯（richarddawkins）回应说：
一个古生物具有百分之五的服睛很可能要用这部份组织作其他用途，但我认为也很可能就用它来作百分之五的视力。其实我认为这个问题并不是一个好问题。如果在没有视力的动物身上得到了你我视力的一小部份，已经根有用了。因此，有百份之一约视力总比完全没有好。百份之六比五好，百份之七比六好，余此类推，不断可以渐渐上进了。
这种论调的基本误失在于“百份之五的眼睛”并不等于“百分之五的视力”。一只动物要有任何实用的视力，必须有很多重要的基本组织配合工作才能实现。即使有了一个完整的眼睛，如果没有适当的神经系统和智力去分析使用这视力的信息，对生存和繁殖都没有任何作用。我们试想一下，单凭机遇，所有的复杂组织都需要同时出现，并且马上发挥足够的功能，对生物繁殖下一代有利，这样的可能性到底有多少？
道金斯继绩复述达尔文对眼睛这个双关的谜（conundrum）的答案。他说在动物当中有可以算是一系列、不同设计的眼。事实上，单细胞动物中的确有些能感光的“眼点”，其中合有感光色素。在多细胞动物中，相似的眼点长在小杯状的组织中，还可以帮助增加方向感。古代的鹦鹉螺（nautilus）只有用小孔成像（pinhole）的眼，并没有晶体（lens）。而墨鱼（软体类）的眼中又加上了晶体，余此类推，似成系列。但可惜，这系列的眼睛并非不同复杂程度的眼进化的过程。因为事实上，这些眼代表不同的组织，而非一个组织渐渐复杂进化。
所以动物不同的眼如果真是进化来的话，它是经过不同途径进化而来。迈尔（ernstmayr）的论文中说，眼睛在不同动物中必定分别出现了四十次之多，所以他认为：“既然一个复杂的器官可以因为有利的缘故，重复地趋同地（convergently）出现，那么进化真是很有可能的事。”但是为什么这么多不同程度的眼不断地出现、而其中竟没有一个进化成更复杂的型态呢？道金斯承认他受鹦鹉螺眼睛千万年来毫无进化的迹象所迷惑，特别是因它已有了网膜，只等着一个晶体；而这个简单的改变，至今仍未发生。
翅膀在昆虫、鸟类及蝙幅身上以截然不同的形态出现，是另外一个常常提到的不解之谜。当那极微小遗传的改变开始逐渐累积的时候，有什么条件对繁殖有利呢？在道金斯的想像中认为可能，他说即使在手指之间出现了一小块的薄皮，也可以帮助动物跳得更远，或者保护它跌倒时不受伤。后来，当翅膀的雏型出现时，动物就可能开始滑翔了。再经过很多的进度渐渐累积之后，或者就可以开始飞翔了。可惜以上的假想故事中忽略了些严重的问题。当前肢渐渐改变趋向翅膀的时候，有一段漫长的时间，它不再利于爬树或掌握物件，使这假想的过渡期动物遭遇严重的不利。
登顿（denton）所著《进化论：处于危机中的理论》（evolution：atheoryincrisis）第九章有一段很精采的讨论，用鸟类翅膀来源的问题质疑进化论。登顿详细描写用以飞翔的羽毛构造精妙，毛与毛之间有连锁的小钩，与保暖的绒毛完全不同。
如果进化论是正确的话，羽毛必定是从爬虫的鳞片进化来的。谁能想像鳞片和羽毛之间的中间型是怎样的东西？鸟类的肺在结构上与任何假想的祖先更不相同，是进化论更大的问题。登顿却认为：
到底一个完全不同的呼吸系统，怎样逐渐从脊椎动物的常态，可以进化而来，是一个极难正视的问题。特别要记住，在整个进化过程中任何一段时列，呼吸的功能必须维持。只要稍有差错，几分钟之内必定死亡。就如羽毛没有小钩和小倒刺，并且同步进化到完全吻合之前，鸟不可能飞。同理，鸟肺不可能发挥它的功能。
渐进论描述的故事，是否真能进化出复杂的系统牵涉主观的判断。但是客观事实证明，以上的故事只是人的猜想。鸟类和蝙蝠的翅膀在化石中出现的时候，已经是发展完全的翅膀。从来没有任何人用实验证明，翅膀和眼睛可逐渐进化而来。所以既缺乏历史上的证据，又无实验证明，真可能像古尔德说的，“这些自然进化史中、‘就是这样’就进化出来的故事，不能说明任何问题。”你疑问我们现在讨论的，是科学呢，还是吉普林所写的寓言故事呢？
达尔文说：“如果有人能证明，任何现有的复杂器官，不可能是从无数连续的、微小的突变而来，我的学说就必完全瓦解了。”二十世纪中叶，美国著名的德裔科学家暨遗传学家、执教加州大学柏克莱分校的查理·戈尔德施米特（richardgoldschmidt）的确也下过同样的结论：进化论已完全瓦解了。戈尔德施米特向新达尔文主义者公开发出一个著名的挑战。他列出一连串的复杂结构，从哺乳动物的毛发到血红素（hemoglobin），他认为都不可能由小突变渐渐累积而来。正如格拉斯（pierregrasse）一样，戈尔德施米特总结，达尔文的进化论所可能解释变异的范围不可以超出生物种之外。但跟格拉斯不一样的地方，他认为生物种以上的进化必定由大跃进式的大突变而来。虽然他承认，绝大多数大规模的变异会产生不能够适应、无希望的怪物。但他又认为在极罕有的情况之下，或许其中有一个幸运的意外机会，产生了一个“有希望的怪物”（hopefulmonster）。它成了新种的一员，可以生存并繁殖下去。（问题是它的配偶又何在？）
达尔文主义者向这异想天开的建议，施尽讥讽的能事。正如戈尔德施米特自己说，“他们现在不但认为我是疯子，还当我作严重的罪犯看待。”古尔德引用乔治·奥威尔（geeorwell）的小说《1984》里面描写的，每天“用两分钟去‘反人民的敌人——艾曼努埃尔·戈尔施泰因（emmanuelgoldstein）”的情形来比对达尔文主义者如何对付戈尔德施米特。充满毒恨的表现，说明达尔文主义者对他们拥抱的学说有深厚的情感。他们讥笑戈尔德施米特却有科学的理由。如果戈尔德施米特真的以为所有复杂、关连的组织可以从一个世代的全身大突变而来，他等于鼓吹神迹一样，毫无遗传学或实验的证据。突变公认是从复制脱氧核糖核酸里面遗传讯息时偶然的错误所引起。承认这样靠偶然机遇能产生一个像肝脏或肾脏那么复杂的器官，有如提议改良手表的方法可以将一只旧手表扔向石墙一样。达尔文主义者说，适应性的大突变是不可能的——更不能重复发生。因此，所有的复杂器官必定是经过漫长岁月、逐渐累积微小突变而来。
现在我们必须处理另一项极端重要的错谬（fallacy）。大突变不可能产生进化，并不证明小突变就一定能够，或者有机会能够解释进化。如果我们将所有必须考虑的条件综合起来，用统计学计算，达尔丈主义者所拥护进化论的可能性，大概与戈尔德施米特大跃进式的大突变一样不可能。新达尔文主义遗传学家建议的小突变，对生物的利益微乎其微；而且时常小到不能测度的地步。这个前题（premise）非常重要。正如道金斯说，“几乎所有实验室中研究的突变者已经相当大了，否则遗传学家不可能认辨出来，而这些突变对生物都有害。”但是，如果所需的突变是非常小，小到看不见，而又如果有很多（数百万次？）适合的突变不断地产生，那么经过长久的时间，当有需要时，就可以产生复杂的系统了。
所以，达尔文主义进化论能创造出复杂器官及新种的可能性有多大，要看几项主要条件。一是要看有利小突变的总数需要多少，还要看这些小突变在适合的时、地出现的频率，加上自然选择的功效到底能保留多少有利的小变化，并且能持之以恒，让这些变化累积起来！最后，要看在化石记录容许的时间以内是否能完成一切工作。非考虑以上所有的条件，并一一计算其可能性，我们没有办法知道小突变的累积是否真比大突变进化的机会更大或更小。
有些数学家的确作过这些计算。结果他们与达尔文主义的领袖发生了非常激烈的争论。1967年美国费城威斯塔研究所（wistarinstitute）会议的报告非常引人入胜。我认为最值得深思的不但是数学计算的挑战，而且包括达尔文主义者回应所用的逻辑。数学家乌兰（d．s．ulam）认为眼睛的进化不可能由累积小突变而来，因为需要小突变的数目太大，而时限又太短。彼得·梅达沃爵士（sirpetermedawar）和沃丁顿（c．h．waddington）回应居然指责乌兰治学的方法本末倒置。他们说，事实上眼睛已经进化出来了，所以数学上的困难只是表面的问题。恩斯特·迈尔（ernstmayr）分析乌兰的计算、认为他基本的假设可能错误，总结说，“只要适当调整一下数字，我们就安然无事了。我们最大的的安慰是进化论已经实现了。”
达尔文主义者好像已经尽力保持通情达理的态度，但是乌兰提出的那些数学方程式好像证明地心吸力太弱，我们都要漂浮到太空去一样，不能接受。对他们来说，达尔文主义不是可以公开让让外人批判的理论，而是一项事实，只需要数学提供一些可以接受的注释而已。法国数学家舒曾贝尔格（schutzenberger）发言之后，争论达到白热化，因为他总结说：“新达尔文进化论尚有很大的缺口，我们认为这缺口之大，是现今生物学概念所不能缝合的。”沃丁顿以为他知道这种论调引致必然的结论，故反唇相讥：“你要证明的结论很简单，生命必定由特别创造来的。”舒曾贝尔格（和听众中无名氏的声音同时）大声说“不！”可惜，数学家也没有提供任何其它的选择。
小突变与大突变之间差异太大。我们可以预期必定有人企图将双方的距离拉近一些，或者可以避免两个极端的短处。古尔德1980年发表的一篇科学论文，提出“新的广义学说”和一篇大众化的文章“有希望怪物的复苏”（thereturnofhopefulmonster）曾作融合极端的尝试。古尔德希望“驯化”那怪物，并且为戈尔德施米特翻身。并说，戈尔德施米特的原意并非真正说：“新物种可以因幸运的大突变，完完整整地突然出现。”古尔德解释，戈尔德施米特的原意是可以与“达尔文主义的精粹调和”。
试想，微小的遗传改变使不连续的变异在一个成长的生物身上出现，如果这生物与同类保持和谐关系，从此这较大有利的变化，可以在群体中藉达尔文的方式传播。试想，这项大改变并未一下就产生完全的形体。但可以成为新的适应过程中的一条钥匙。既有了这关键性的适应，自然选择的压力也可能有深远的改变。当然要继续进化到成功的地步，尚需一大系列在结构和行为方面相辅相成的改变；不过余下的改变可以循传统、缓慢的途径渐次完成。
据古尔德的说法，我们要作这么多试想和假设来理解进化。因为除此以外，想在古代生物及其后代之间，“发明”一系列合理棗又必须是活生生、有完善机能的中间型生物，太困难了，所以始终我们还需接受“许许多多间断大突变的例证”。古尔德说的（他说也是戈尔德施米特说的）突变是指胚胎发育过程中具有调节性的因子。他们想“在胚胎学上早期的改变，可以在生长过程中累积影响力，在成体中产生更深远的差异”。这些变异必须如此运作，因为除此以外，古尔德不能想象还有什么方法可以使主要的进化改变实现。
古尔德在《古生物学》（paleobiology）科学杂志上发表了一篇重要的论文，其中宣言对戈尔德施米特的支持更加明确，并且他还宣布新达尔文主义的合成论简直死了（effectivedeathofneo-darwiniansynthesis）！在死了的正统理论之上，古尔德高举一个“崭新的对生物种形成观念的基础和典范”。他引用戈尔德施米特所坚持的话：“新达尔文进化论……是导致生物种范围内多样化的过程。……但进化最重要的关键，迈向大突变的第一步，就是从一个生物种变为另一种，不是单单累积小突变可成功，必须有一个新的进化方法。”至于复杂器官的进化，古尔德否定信赖“跳跃性的大突变可以产生新的设计”。他提议“最关键性适应的主要特征可能有大突变的渊源”。换言之，古尔德努力调和达尔文主义和戈尔德施米特学说之间的分别。
这样，“有希望的怪物”暂时复苏了，可惜它带来的希望不久又烟消云散了，因为现今最有权威的达尔文主义者迈尔，在其著作中指责古尔德故意忽略戈尔德施米特鼓吹那不可能实现、一代之内迅速完成的全身大突变，使得完全误解戈尔德施米特的学说。迈尔写道，“其实戈尔德施米特重复强调大突变这重点。例如他赞同并又引用奥托·欣德沃尔夫（ottoschindewolf）的建议，居然说第一只鸟是从爬虫的蛋中孵化出来……。”迈尔本人相信某些较大幅度的突变或许也有可能，但他找不到任何证据支持大突变曾多次显现。其实他认为达尔文主义足以解释一切新的进化，所以根本不需要依靠大突变这种方法。
道金斯在《盲目的钟表匠》一书中指责戈尔德施米特，并且批评古尔德努力为他翻身。道金斯说，“戈尔德施米特的难题……其实根本不是一个问题”，因为用渐进方法完全可以解释复杂器官的来源。他如此夸口意思好像说，复杂适应系统，一步一步进化，只不过是理念上的可能性，并没有任何方法可以证明事实上真的发生了。他引用蝙蝠奇妙的声纳（sonar）一样的回声定位（echolocation）系统来比喻现代高科技社会的产品，可以用来作自然选择能够解释复杂系统的发展，否则反成为证明创造者（造表者）的证据。道金斯说得很对，如果达尔文进化论可以制造出一只蝙蝠，它当然也可以制造出任何其它生物了。可惜，他忽略了证明进化论的确有这样的创造能力。我们可以想像，蝙幅的声纳可能一步一步地进化来，而且拥有回声定位的能力会有很大的利益等等。但是我们何以知道，这故事是历史上的事实，或者是真有可能会发生的呢？
一般来说，道金斯严守达尔文主义的渐进论，但他也发现有时不得不附和比较温和的大突变论。就是说，“有些突变虽然有极大的影响力，但本身并不一定很复杂。”他用蛇为例，有些现代蛇脊椎骨的数目比它们假想的祖先更多。脊骨多少的改变必须是整数。并且“完成这项工程，不是随便加一块骨头即可”，因为每块脊骨都必须有一套特别的神经、血管和肌肉的配合。这一整套复杂的组职，必须同时一齐出现，才有任何生物上的意义。但“我们很容易相信，一条比父母多几块脊椎的蛇，很可能是经一次突变就造成了。”道金斯说：“这样的事很容易引人置信。因为这种改变只增加了已有的结构，使成长的蛇看来好像有很大的大突变。但在胚胎里面，这些改变很可能只是微小的突变而已。”意思是说，当胚胎发育时的号令有轻微的改变，很可能就导致成长的个体上有很大的变化。
古尔德可以随意去假设，而道金斯也可以任意轻信他定意要相信的空言，但无论是假设或相信，都不足为科学的解释。事实上有无任何方法可以证实，控制胚胎发育的基因，经过突变就可以提供进化论所需要的一切支援呢？很多生物成长以后形态各异，但在胚胎时期却比较相似。所以在控制发育程序上有了一些简单、但又是基本的突变，可以导致胚胎转向发展，这样的想法好像有相当大的可能性。原则上这正是我们期待人类遗传工程将来能达到的地步。从这门学问近年的发展来看，不久将来真可能有这样的成就。
试想如果经过大规模的研究工作，科学家果能将鱼类胚胎的遗传程序改变，使鱼类发育为两栖动物，这样遗传工程上假想的凯旋，是否能证明古代两栖动物的确是从鱼类，或者说，可能是从鱼类用同样的方法进化来呢？
不，不可能。因为古尔德等人假设的大突变，指明是偶然、随机遇、无目的突变，不是用人类智慧（或神）精细计划达成的改变，如果在我这文字处理的软件中，胡乱作一个毫无计划的改变，很可能使我写的这篇文章变成毫无意义的胡言，但绝不可能将文章翻译成外文，也不能使这篇文章变成有条有理、描写其它东西的字句。鼓吹发育期大突变的人，必须证明胚胎发育程序不单可以受遗传改变，而且更要证明进化过程中主要的变化都是由无定向、胡乱的突变所造成。
如今凌驾进化科学最基要的大前题，好像是说：只要猜想进化怎样可以成功，不必实验证明就足够了。这些学者最基本的想法就如伟定顿、梅达沃，和迈尔等人受到数学家挑战时求助的原则一样；自然界必定提供了进化所需的一切条件，否则进化不会成为事实。换一句话说，如果进化需要大突变，那大突变一定可能；或者如果达突变是不可能发生的话，那进化论必定不需要它了。进化论本身就可以具备一切必须的证据。
如果达尔文主义者面对这一切的问题而感到有任何不安（其实大多数都不会不安），反对达尔文主义学者的处境也好不了多少。伟大的遗传学家戈尔德施米特也要降低标准去拥护遗传学上明知不可能的学说。伟大的动物学家格拉斯也提不出更好的学说，只能说：“生物进化时不知怎样就获得了一套崭新的遗传信息，可能由于一些不明的‘内在因素’（internalfactors），而这些现象在现有的生物中已不能观察（可能是根本不复存在了，或者因为我们看不见）”。格拉斯深知这种论调会“引起很多生物学家的猜疑……因为，它会召回当年生机论（vitalism）的鬼魂，或者其它引导生物命运的神秘力量……。”他多次否认他完全没有生机论这种想法。但疑心既起，即使变魔术也变不掉了。否认又有什么作用呢？
这些例证让我们明了为什么新达尔文主义面临这么多难题，甚至在即将败亡的风雨中，仍站正统地位。如果新达尔文渐进论（gradualism）一旦因不能解释大突变大跃进，和复杂器官的来源而被抛弃，大多数生物学家仍然会信仰进化（戈尔德施米特和格拉斯从来没有怀疑过进化论已成事实）。但他们将失掉进化的“理论”。唯物主义的科学家蔑视创造论者，因为他们诉诸不可见的创造者，而且创造者超自然的力量是现今世代中观察不到的。如果进化科学也要依赖神秘的力量引导，或遗传学上不可能的转变，像达尔文这样在哲学上持唯物主义立场的人，必定认为是胡说八道。
到此为止，我一直着重讨论流行的新达尔文合成论在理论及实验方面的困难，暂时避免了谈论化石的证据。但进化现象基本上是一个历史的问题；只有历史才可以告诉我们过去的事迹。所以下一章我们要讨论最直接的证据，就是化石的记录。
－审判达尔文第四章化石难题－
至今一般都以为既然地层中埋藏着大量已经绝了种的生物所遗留下的化石，那么这化石必定是进化论最好的佐证了，绝大多数人都不知道达尔文主义最大的敌人并非神职人员，而是化石专家。19世纪初叶，最流行的地质学理论是大灭绝论或灾变论(catastrophism)。法国科学家、古生物学之父居维叶曾极力提倡灾变论。他相信地层的记录显示的模式分明可见古代的环境曾发生多次突然的剧变(大天灾)，大量不同的生物种都因此灭绝了。随之而来的是一段创造的时期；很多新的生物种就突然出现，而这些新的物种却没有留下任何痕迹显示它们是怎样进化来的。
到了达尔文的时代，居维叶的灾变论渐渐失势，被查理·赖尔棗达尔文的一位年长的朋友棗所倡导的均变论所取代。赖尔认为，自然界巨大的改变是由极长期、每日渐变的力量积累之后才产生大变，故解释自然界的剧变为果而非因。我们现在回顾达尔文所提出的进化论是必须依循赖尔这种逻辑，但是赖尔本人却不能接受生物进化的思想。当时也有不少熟悉化石证据的人同样不能接受进化论。
早就有人指出，生物分类学上属于各种大类的生物(如不同界、门、纲、目)各有其不同的基本结构，各大类之间极少有中间型(intermediatetypes)。那么这些间断的种类之间的环节到底在那里呢？忠心支持达尔文的赫胥黎也为缺乏连接的中间型而烦恼。他多次私下警告达尔文，如果要让他的理论符合证据，他必须容许大步伐、跃进式的进化。
达尔文自己也问过同样的问题：
如果一种生物演化成另一种的过程是借着难以了解的微小的步伐，那为什么我们不能到处找到大量的中间型呢？为什么我们在自然界找到的生物都是种类分明，而不是相似难分的呢？
他用灭种的理论来解释。灭种是“适者生存”推理的另外一面，当经过改进的新种出现的时候，它的父母可以说是已经不够适应了。这样，“如果我们看每一种生物都是从另一种不知名的生物传下来的话，那么它的父母及其他过渡期的中间型应该被这新的、更完美的新种消灭了。制造新种的过程就同时消灭了旧种。”达尔文用这个因过时不适而灭种的理论来解释为什么他的进化论好像与事实不符，因为研究现今的生物界，我们观察到的物种(和各大类)都是分立和稳定的，而且各类中间只有极少数的中间型。他说各类分立的生物之间原本是有中间型的，只因不再适应环境所以消失了。
但是，这些必须有的中间型不但从现今的生物界消失了，而且在化石中也找不到的话又怎样说呢？达尔文自己承认，根据他的理论推断，“在现存的生物种及已经绝种的生物种之间必须有极大数目的过渡环节和中间型。”因此我们可以想象地质学家应该可以不断发现中间环节的化石证据了。可惜事实却恰恰相反。地质学家所发现的新种或一组的新种都是突然出现，而不是经过一系列的演化而形成。达尔文承认化石的证据是“最明显、反对我的进化论的理由”。这就是“所有著名的古生物学家……和伟大的地质学家……都一致(甚至有时极力)主张物种是绝对不变”的理由。
达尔文还振振有辞地辩说，化石的难题虽然是非常严重的问题，却不能算是进化论的致命伤。他主要的理由是化石所保留的证据极不完整。化石是要在很特殊的情况之下才得保存下来，因此世界各地所有的化石床也不能反映一套完整不断的记录，所以化石所显示的只是很多短暂年代的写照，各年代之间又有很长年代的空白。还有，他认为即使有这样的证据，我们未必能从化石中认出祖先和后代之间的关系，除非我们可以找到一套完整的化石链条。将两个种的关系显示出
来，否则我们可能认为这两个是完全无关的种。有时达尔文在字里行间暗示缺少中间环节就是化石不完全的证明。这样的态度就好像他预知他的理论就是绝对的真理，可以反过来批判证据的不足。他说：
我不愿意假装不知道物种突变的记录是何等的贫乏，在保存得最好的地层中也找不到大量的过渡生物来连接每一地层前后所出现的生物。这是我的理论最大的困难。
虽然事实太不争气，达尔文在化石这个难题上已经尽了全力，但是在某些问题上他也只能坦白地说：“我不能提供满意的答案。”当他写下面这类的话时，他好像有一点绝望的表现：“自然界好像故意隐藏证据，不让我们多发现过渡性的中间型。”但是达尔文却没有失去信心，他唯一的问题是怎样解释为什么化石给人错误的印象。
在此我请读者停一停，跟我一起想一想，一个客观毫无偏见的人生活在达尔文的时代，当《物种起源》一书出版之后会怎样看这一场关于进化的争论。一方面反对达尔文的理由并非基于宗教的偏见，因为怀疑派人士包括当代著名的古生物学及地质学的领袖。但另一方面，达尔文为化石证据不足的辩护也不能说是完全没有理由。不过要点是，他只能作消极的辩护。客观来说，化石所能保存的资料很可能真是漫长的地质年代中的一些片段而已。而各地层之间也可能有足够的时空让一些生物进化的过程实现。不过，承认理论上有空缺是一回事，绝不等于有权力将理论所需要的证据随意填进那空缺就算了事，所以达尔文的辩护顶多不过说明缺乏化石的证据不能算是进化论的致命伤。然而缺乏证据绝非任何理论的优点！
如果达尔文和他的信徒诚心要找一个方法来测验他们的信仰，他们的确是可以用化石来考验。达尔文坚决肯定过渡性中间环节的数目必定非常庞大，他甚至说大到不可想象(inconceivable)。但当年并没有找到很多中间型，因为在1859年全世界还有很多化石床还没有仔细地搜查过。当时的探察者可能也不知道到底要找什么。一旦古生物学家接受了达尔文的学说作为可以暂用的假使，搜查更多新的化石床，协助证实达尔文主义，你想达尔文学说的困境必会好转，假以时日化石的记录必会改观，越来越像达尔文所预料的一样。是吗？
可是对一个怀疑者来说，只许成功不许失败的考验并非真正公平的考验。请想一想，如果科学界所有的人都热爱了达尔文这学说，达尔文主义很快就成了正统思想，变为不可抗拒的浪潮，其威力之大连当时最有声望的科学家，如哈佛大学的路易·阿加西斯也不能抵挡。他因不肯随着潮流改变，附和进化论而突然被人嫌弃。试想古生物学家疯狂地投入这个新学说，甚至在研究化石时单单发表支持进化的发现，而不支持进化的证据就被搁置隐藏起来，这种歪曲真理的情况何等可怕。以下我们要详细地看一看，上述的情况并非幻想，而是史实。表面上达尔文主义似乎通过了化石的考验，但事实上是多年来科学界的人不肯让它垮台而已。
达尔文的理论不仅推测化石演变一定会被发现，而且还暗示真正完整的化石记录一定会显示演变的存在，我们关于物种恒定的想法会在持续变化的过程中被证明是一种专断的观点。达尔文主义者还有一个关于物种灭绝的重要论断，物种灭绝是生存竞争的必然结果，达尔文认识到他的理论需要一个比进化更加和缓的灭绝模式：
以往较旧的想法，以为地球上的生物在不同年代被大天灾毁灭的看法，已经被人遗弃。那些地质学家……他们基本的看法自然会引导他们作这样的……结论，所以，我有理由相信在一群生物之中，一个种灭亡的速度一定比它出现的速度慢。如果在图表中用一条直立的直线来代表某一种生物在地层化石中出现的年代，而线的粗细代表个体数目的大小，那么这条线的上端逐渐变细(意味着灭绝的速度)一定比下端渐渐变细(意味着物种出现速度)更缓慢。不过，偶然有些生物如菊石类(ammonites)在第二纪却突然神秘地消失了。
物种渐渐不断地消失是生物逐渐被更适应环境的后代所淘汰的必然现象。但是，如果大多数古生物的灭亡只限于几次地球上的大灾难(例如地球温度突然变化，或者地球受外太空流星撞击)，在这些大灾难的情况之下，生物能否生存可能与平时适应与否无关，残存的生物不死最大的原因很可能是够幸运而已。这样，只要搜查新的化石床，找中间环节，并且研究生物灭亡的模式和大天灾的关系，就可真正考验进化论是否正确。
虽然达尔文反对大步伐的进化引起以后科学界持久的争论，但是在达尔文有生之年，进化论大大胜利。在始祖鸟(archaeopteryx)棗一种有几项类似爬虫特征的化石鸟棗被发现之后，很多人以为全套进化论所需要的一切化石证据已经找到了。从此以后，找化石成功的故事不断传出。先是说找到了人类的始祖，然后有像哺乳动物的爬虫和一套似乎完整无缺马的进化记录等等。乔治·盖洛德·辛普森将古生物学纳入新达尔文主义合成论中。他宣告化石已经证明达尔文是对的。这项宣言历代以来被当作事实传授给学生物学的学生。1980年哈佛的古尔德说，“美国最新、最有分量的生物学导论的课本”也基于化石证据支持合成进化的理论。他说：
广进化论(macroevolution)，就是进化上较大幅度的改变，是否能够用微小的改变(microevolution)来解释呢？鸟类的来源是否真的本于爬虫，渐渐积累像鸟的基因，如紫红眼睛等基因而改变成鸟类呢？
答案当然是可能的！而且没有人可以提出更好的解释……化石的记录说明广进化的速度的确很缓慢。慢步的进化必须如前例所说的，积累取代几百到几千个基因而形成。
可惜，上面引述最后的一句话是假的！古生物学家早就知道是假的。
在70年代，古尔德、尼尔斯·埃尔德里奇及斯蒂芬·斯坦利已经撰文重新评估化石的证据。古尔德和埃尔德里奇提出一项新的学说，他们称之为“间断平衡”(punctuatedequilibrium)(蔑视的人称它punkeek，废物之意)，目的就是希望解决化石的困惑：为什么对世界各地地层长远而又广泛的探索所发现的今天所有的化石整体来说，仍然不能解释1859年不能说明的问题？古尔德说：
绝大多数生物化石的历史都包涵两个与渐进式的进化论有冲突的特点：
1.稳定：过去绝大多数的生物活在地上的时候都没有显出任何进化或退化的现象。多数物种在地层中出现时与它们消灭时的外形几乎是完全一样的。即使有外形的改变也都十分有限，并且没有显示进化的一定方向。
2.突然出现：世界各地调查的结果证实，任何物种并非由始祖逐渐改变而来；相反的，各种生物出现时都已经“全部完成”了。
总之，如果进化的要意是解释一种生物可以渐渐改变成为另一种生物，那么化石证据最大的贡献就是说明进化论没有任何根据。当然进化论者也可以强辩说，因为中间环节没有被地层保存下来，所以生物种“好像”突然消失。但是，稳定的现象棗所有生物化石所显示的完全没有基本的方向性的改变棗是一种积极有力的证据，证明没有进化。我说的不是偶然有这样的例子；而是说，所有化石显示的趋向都是如此。
根据斯蒂芬·斯坦利所著的《进化新时间表》一书，在美国怀俄明州的大角羊盆地(bighornbasin)埋藏了500万年连续不断的化石记录，而这段时间又正好是哺乳动物在地球上出现并开始征服全球的时期。由于这些记录非常完整，很多古生物学家确信生活在这盆地的生物群体中必定有些化石，可以串连起来，为连续不断的进化过程作证。但事实却恰恰相反，很多被认为是祖先的物种，竟然跟其“后代”同时存在。并且，“整个化石记录中竟没有一处清楚显示任何生物从一种转变为另一种”。而且，物种在从化石记录中消失之前平均约100多万年的时间里基本上没有任何改变。斯坦利以蝙蝠和鲸鱼的来源为例，证实达尔文渐进主义不可能克服的难题，就是面对化石稳定不变的证据怎样解释在1000万年(或稍多一点点)的时间之内，从同一种的哺乳动物可以渐进演化出蝙蝠和鲸鱼这两种完全不同的动物来！
假设我们想用已有物种逐渐演变的办法生成一只蝙蝠或鲸鱼，又如果每一个“长期种”(chronospecies)的平均寿命都有100万年(或更多一点)，而事实上，我们只可能在1000万年的时间之内完成这项任务，那么，我们用最紧凑的方法也只可能将10到15个“长期种”连接起来，串连出一个连续的系列，就要将一只低等的哺乳动物祖先演化成为蝙蝠和鲸鱼，这简直是荒唐而不可思议的事。“长期种”本身的定义就是逐渐改变而经长期的进化才产生一个新种。每种的变化不会太大。那么一连串10到15个这些种，或者可以使一只像小鼠一样的动物改变成稍有不同的动物；它或者可以算是一个新属(genus)的动物。但绝对不可能成为一只蝙蝠或鲸鱼！
显然，斯坦利需要有更快速方法来解释哺乳动物的演变。他只有依赖完全没有经过考验的学说：随机的突变可以更改“调节基因”(regulatorygenes)，从而变更胚胎发育的过程，因此在一代之间就可以产生完全不同的生物。到底这算不算是广进化呢？我们来看看古尔德及埃尔德里奇在进化论方面提供最重要的一个概念“间断平衡”怎样解释新种的形成。他们说，新种(speciation)很快可以形成，只要在一始祖分布地域的边缘有一小组的个体与主流之间产生了分隔，就可以完
成。自然选择的压力可能在某一生物种分布边缘地区向侥幸生存的群体发出最大的效力，并且幸免死亡而存留的异种很快就可以在这数目很小被分隔的群体中散布。这样，一个全新的生物种就可能在大群体的边缘产生，并且不留下任何化石的痕迹，因为化石主要是从大群体中的动物遗留下来的。这样新种就好像在化石记录中突然出现，然后渐渐分布到整个始祖种群占领的地区。
间断平衡说解释，既然化石记录已平衡不变为主，那么，新种的出现必须从大步的广进化而来。埃尔德里奇及古尔德认为，广进化与新种的产生是不能分离的，因为在一个大群体中，“基因的流动”(geneflow)由大量的杂交趋向中庸反而成了进化变异的障碍。这样也可解释为什么化石记录中的种都不改变，因为整个群体并不改变。重要的进化变异是在边缘、被分隔的小群体中进行，然后新种出现之后在重新突然回到始祖的群体中。
可惜大多数的进化论学者并不接受埃尔德里奇和古尔德的学说，他们反对进化的改变与新种的产生有密切的关系，因为在一个动物种之中就可以有很多不同变异(正如几百种不同的狗一样)。相反地，不同的生物种常常在外表形态上几乎无法分辨，所以，新种与同种内的变异似乎是两个不同的现象。至于“基因的稀释”或“基因的流动”在一个大群体中是否真正阻止改变，仍然是理论上未解决的争论，而子代形成之后才重新加入亲代种的学说又没有证据支持。菲秋马说，若有的话，“也只有极少”的例证可以显示始祖型与改变后的子代在同一地区共存。
因此，再加上其他的理由，正统的新达尔文主义者喜欢用传统常用的论调，以化石记录不全来解释为什么新种会突然出现。而衡态不变和稳定的现象，正好反映了他们偏爱的“镶嵌进化”(mosaicevolution)和“稳定选择”(stabilizingselection)。“镶嵌进化”是指动物柔软的部分可能在“无形”中进化，而可以变为化石(硬)的部分看来还是一样。“稳定选择”则认为，自然选择可以消除所有的变异而防止改变。这就是有时虽然经过数百万年的时间环境的改变，仍未能看出新的适应改变的原因。在此，自然选择又以同义反复的姿态出现。不论变或不变，都可以用它来解释。这样，自然选择岂非万能？
如果达尔文主义享有“先验的(apriori)真理”的地位，那么化石证据的难题只不过是进化的过程没有记录而已。但是如果从另一方面来看，达尔文主义只不过是一项科学的假说，用化石就能加以证实或证伪，那么间断平衡所引起的争论，真正重要的意义不在乎古尔德、埃尔德里奇和斯坦利所提出的解答，而在于他们引起争论的原因。我认为没有必要怀疑间断平衡可以作为解释进化论的一个模式。有些情况之下，如夏威夷的果蝇繁衍出不同的种，就显示出一个生物种迁移到新环境之后很快就能多样化，所以重点不是物种分布的边缘地区是否很快能产生新种，最重要的是察看这种机制能否解释超过种以上的进化。相对来说，种的变化还是非常狭窄的范围，而且这种过程是否真如达尔文主义者所说，并不产生身体特征上主要的改变？
试想斯坦利所提出的，以鲸鱼和蝙蝠为例的难题，就是同一纲(class)中的动物的改变。没有人主张一个原始的啮齿动物可以在一次改变之后就变成鲸鱼或蝙蝠。有没有“调节基因”的突变帮助也不是主要问题。重要的是进化过程中必须留下许多个中间型的生物。其中也有一些必定有相当的数目，并且在地上生存一段较长的时间。但为什么这一切“必定有的情况”，居然完全没有在古化石中留下记录呢？当然有一些中间型可能不太适应环境而活不长久，特别是要将脚改变成鳍或翅膀的中间型难以生存。无论如何，提出这些问题对达尔文主义者的故事毫无助益。
当然总有一些进化的过程没有在化石中留下丝毫可考的痕迹。但无论如何，我们不能完全靠聪明的借口来填满一切空缺。在各大类的生物如门、纲、目之间的空缺不但普遍存在，而且它们之间的鸿沟简直太多了。请问，除了不可见的边缘分隔的解释之外，还有任何其他的想法吗？
在化石记录问题中，使达尔文主义者最头疼的是寒武纪大爆炸(cambrianexplosion)。大约6亿年前，几乎所有动物的“门”(phylum)同时在地层中出现，完全没有达尔文主义者所必需的祖先痕迹。正如道金斯所说，“这些动物化石就好像有人故意放进去一样，完全没有进化的历史可以追寻”。达尔文在世时还没有证据显示寒武纪之前有任何生物存在。他在《物种起源》中承认“这现象目前仍未能解释，而且的确是可以用来作为有力的证据打击我现在要讨论的观点”。达尔文又说，“如果我的学说是确凿的，寒武纪之前的世界一定充满各种的活物。”
近年，在地球最古老的岩层中找到了不同的细菌及蓝绿菌的化石，而且一般都认为这些单细胞的生命可能在40亿年前就出现了。细菌及蓝绿菌是属于“原核细胞”(prokaryotes)，它们没有细胞核，也没有其他的细胞器。比较复杂的“真核细胞”(eukaryotecells)较后才出现。接着有数十组独立的多细胞动物相继出现，但它们彼此之间没有任何可见的进化过程。达尔文学说要求在单细胞与昆虫、海虫及蛤蚌等各类之间有悠久的时间和多种的中间型。可惜这一切必须的证据都找不到，连借口也难寻。
寒武纪大爆炸的问题渐渐为现代读者熟悉，最大的功劳要归于古尔德的那本描述伯基斯页岩中寒武纪化石重新分类的佳作《奇妙的生命》(wonderfullife)。古尔德认为，首先发现伯基斯页岩化石、并首先作分类工作的查理·沃尔科特，故意将这些新化石“塞进”以往分类学上固有的框框中。他这样做的动机出于他对于前寒武纪化石的解释偏向“假象学说”(artifacttheory)。古尔德说：
100多年来，关于寒武纪缺乏始祖的原因，有两种对立的解释。一方面是假象学说(认为前寒武纪已有生物始祖，但它们并没有遗下化石)；另一方面是“迅速转变学说”(fasttransitiontheory)(认为前寒武纪根本没有始祖物，至少没有可以辨为复杂无脊椎动物的始祖。那么，进化过程必须在短期之内产生现代所有各类型动物身体的结构。这样惊人的快速跃进，威胁着我们一般认为进化改变应遵循庄严稳重步伐前进的思想)。
最近研究显示，伯基斯页岩化石中有15-20种与已经成立的种类全无关联。那么，每一种应该归入不同的新动物“门”。另外有同样数量的种或可归入现存的动物门中，但这些化石的体型结构仍然与众不同。所以，现有一般动物的始源概观，首先是各类体型动物突然同时出现，后来又有大量的灭绝。此后，地上再也没有出现新的动物门。现今生存的动物在最早期(前寒武纪)的化石中并未存在。而既有的动物由始至今仍属同样分类的系统。这样看来，或者可以说动物有一些进化，但一切的改变都限于已有的类型之内。而所有各类型是怎样来的？全无记录。所以古尔德宣称，重新将伯基斯页岩的化石分类，等于为“假象学说”敲了丧钟，因为：
如果进化可以在前寒武纪突然造出十个动物门，马上又将它们消灭，那么寒武纪之后存留的种类又如何呢？为什么它们又需在前寒武纪留下漫长可敬的家谱呢？为何它们不能像伯基斯页岩的动物一样，如快速转变学说所建议，突然在寒武纪就出现了呢？为何不用最直截了当的办法解释化石的记载呢？
传统的达尔文主义者会说，从单细胞直接突变出25-50个复杂的动物门，而不经过漫长中间型不断演替的过程，至少在遗传学上是不可能的。像古尔德这样描写的“进化过程”是与达尔文及其继承者所想象的完全不同，应该用不同的词来代表，达尔文的进化模式，古尔德称为“不断多样化的圆锥”(coneofincreasingdiversity)。就是说，多细胞动物的历史是应该由最少数、最简单的钟逐步演化而来。因此，在寒武纪出现的十多种动物的基本体型结构的化石也必须经过漫长逐渐的过程，由简单的形式变化而来。而且，这个圆锥的扩展不应该在寒武纪之后突然又停下来。如果恰恰相反的事实尚未暴露，达尔文主义者必然仍怀信心、期待着这几十亿年以来进化过程可以产生很多新的动物门呢！
相反，我们所见到的是所有的体型构造首先同时都出现了，其中有很多跟着灭绝了，余下的继续繁衍，但没有一样不在原有的规范之内发展。这些寒武纪原有的类型本身的来历，没有任何可知的历史，因此，提供进化历史的假象学说既然失败，就必须抛弃。或许在极少数的类型之间可能有少数的中间型，但其中也没有任何一项能被证实。此外，在单细胞与复杂动物之间所有的关联只不过是像迅速转变之类的空言而已。如果把这种非达尔文主义的脚本称为“进化”，只不过使它更加神秘莫测而已。
生物化石记录中突然出现、跟着是长期稳定平衡的情况，正与达尔文主义学说所预期的情况相反。生物灭绝的经过也同样使人失望。地球历史上有几次物种大量灭绝的事实，原因何在仍在争论，有两次的大灾难特别引人注目。大约2.45亿年前的二叠纪大灾难(permianextinction)灭绝了海洋中半数无脊椎动物的“科”(family)，包括了超过90%的动物种一同灭绝。另外一次使著名的“k-t”灭亡，那大约是6500万年前白垩纪的末叶，除了恐龙，不少其他动植物都灭绝了，包括达尔文承认“突然奇妙地”消失的菊石类动物。
据古尔德说，古生物学家早就知道这些“大死亡”，但是他们尽量低估其重要性，因为“我们强烈地趋向连续渐进的偏见，使我们视大量死亡为反常，并且富有威胁性。”现在用大灾难的学说来解释古生物灭绝的现象又重新开始流行了。而且很多学者现在报告宣称大量灭绝的现象比以前公认的次数更多，更突然，而且影响力更大。
灾变论在地质学家及古生物学家中是一个有争议的题目。很多科学论文坚持恐龙和菊石类动物在陨石撞击地球之前百万年已经开始死亡。陨石又很可能是造成k-t大灭亡的主要原因。这些表面上看来是深奥虚渺的争论，其实背后有很深远的牵连，因为达尔文主义的学说必须要求旧种(指遗失的祖先及众多的中间型)被更适应的新种取代时必须渐渐消亡。如果动物灭亡的历史主要是受全球性的大灾难所影响，那么生存或灭亡的分别很可能是机遇的问题。这样，突然灭亡的现象再加上新种突然出现，跟着又是一段长期的稳定，这几方面的事实同样使达尔文主义者的期望落空。
关于化石的新争论很快将会出现，很可能今天记载的一切文献几年内就会变为陈旧。需要记得的重点是化石的问题与达尔文主义的关系越来越糟。科学创造论者指出了这些困难，一些信奉达尔文主义的古生物学家非常恼怒，其实他们的困境在他们自己的著作中早已一览无遗了。古尔德常常是最有趣的评述家。
参加了一个有关大灭亡的地质学会议之后，古尔德写了一篇非常出色的文章，反映了证据对达尔文主义何等的不利。他告诉读者他对无脊椎动物(他最熟悉的课题)渐进的学说缺乏证据而懊恼。“我们可以报道某些动物有些进步，但老实说，我们必须承认，复杂生物的历史不过是同一设计范围内的一些变化而已。绝非什么积累优点的故事。”所以古尔德认为，“化石记录带来最困惑的事实，就是为什么我们不能在生命的历史中找到一条明确的‘进步方向’。”
这个谜的答案，古尔德认为，在于一方面进化是循间断平衡的方法进行，而另一方面不时又有不能预测的大天灾造成大量的死亡。这样不断的交替，进化不再是逐渐适应上进的故事，这样“进化的成功必须在生物种之中来衡量，而不象传统的达尔文主义者在挣扎求存的群体的层面寻求。”古尔德毫不犹豫地采用了重复叙述的策略，将自然选择运用在种的层面，并且说：“物种成功的原因很多棗例如快速地产生新种和对灭绝强烈的抗拒棗常常避免了传统观念中对身体结构改进的期望。”
过去60年内，几乎每一位上过大学生物学课的人都被诱导相信化石的记录是捍卫达尔文经典学说最强大的堡垒，而非进化论的弱点，需要自圆其说。如果没有上过生物学课程，会看电影《风的遗产》，或者会随着大众讥笑布赖恩在法庭上被达罗像猴子一样的玩弄。我怀疑当年布赖恩若能找到一位杰出的古生物学家在他“诚实的时刻”作证，布赖恩就不会那么好笑了。只要请这位突如其来的证人告诉陪审团寄剧场的观众：化石记录告诉我们过去一再重复的现象是，生物突然出现，然后有一段长期的稳定，生物的变化只是环绕着一个基本的设计，并非积累优点而上进。而且灭种的现象是随着大灾难，而非逐渐受淘汰。还有，正统对化石的解释主要是受达尔文主义者先入为主的假设影响，而非本于证据。试想布赖恩要求特权，只将他愿意接受的证据记录在案来填补这些著名的空缺，会引起多大的轰动。既然达尔文能这样做，为何布赖恩却不可以呢？
古生物学家似乎自认他们有责任保护我们大众，不让我们知道真正的证据何在，以免我们作出错误的结论。古尔德指出，“在化石记录中，中间型是极稀有的现象”，是“古生物学界的秘密”。斯坦利解释，古生物学家早就怀疑渐进进化论，不过受到“压制”而已。他说事情早从赫胥黎就开始了。赫胥黎已经闭口不言“他对渐进改变的自然选择那种消极的态度”，很可能是因为“作为一个相信进化的人，没有必要帮助那些企图将渐进自然选择盆中的污水与进化那婴儿一同倒掉的人”。但是，为什么赫胥黎也会有这样的戒心呢？是否那婴儿同污水已经分不开了呢？
尼尔斯·埃尔德里奇的话更明显：“我们古生物学家一直不断地说：‘生物的历史支持逐渐适应改变的故事’，但同时我们知道事实并非如此。”怎么这样大的骗局居然可以在整个受人尊敬的科学领域中流传至今呢？这批人不都是追求真理的吗？埃尔德里奇的解释是学术界每一位人士都很熟悉，也感到完全可信的：
每一代，好象都出现一些年轻的古生物学家。他们渴望能找到一些化石来支持进化的改变。而他们一直寻找的改变当然是渐进的那一类。但可惜，他们的努力常常是白费的，得不到任何的报酬。他们的化石非但没有表现预期的变化，反而好象长期持续不变……化石呈现如此保守不变的现象，对古生物学家来说，就好象根本没有进化这回事一样。因此，描述描述保守性长期不变而非渐进的文章，被认定为失败的观察。所以这类的文章是不会被刊登的。几乎所有的古生物学家都深知有长期平衡，这些稳定不变的情况，但是，牵涉到进化论本身的问题，古生物学家一般都视稳定为“无结果”而非与逐步渐进的想法互相冲突的证据。至今，化石记录残缺不全，仍然是渐进学说还没有找到足够例证最好的借口。
古尔德也写过与上文一脉相承的话：“当埃尔德里奇与我提出进化过程中应有间断平衡的学说后，我们将种族发育谱系中稳定的情形提到‘值得报道’的地位棗因为过去虽然所有的古生物学家都知道，稳定平衡出现的频率非常高，但这现象一直被认为是不能应用在进化论中的‘非证据’（non-evidence）。”古尔德与埃尔德里奇必须避而不谈的正是埃尔德里奇所说过的：“过去也有些古生物学家因为看见化石记录的改变模式与现代进化论的说法不同而受排挤，甚至被放逐，贬为极端分子。他们受到的待遇还被认为并非不合理。”总之，他们必须避免被视为拥护大突变主义。
在前面一章里，我提到古生物学家奥托·欣德沃尔夫。他所持的跳跃性的观点使他提出最极端的建议：第一只飞鸟必定是从一只爬虫的卵中孵化出来的。辛普森看了欣德沃尔夫的书之后不以为然，写了一篇反对的书评。不过辛普森也必须承认，欣德沃尔夫的谬论还是从深入化石证据的知识总结出来的。欣德沃尔夫主要的短处是他没有好好地用遗传学家可以接受的方法解释化石的证据。或许他太依赖一位遗传学家戈尔德施米特的认可，不愿与他产生冲突，所以欣德沃尔夫一鼓作气，直接将化石显示给他的信息发表了，而化石说：“大突变”。
一些古生物学家受到新达尔文主义的影响，不能自由地随着化石的指引作出忠实的结论。埃尔德里奇就他们所处的困难，坦白地说：“你或者附和正统的理论，故意忽略化石与理论的冲突；或者集中注意实验的证据，并且说明大步进化似乎更为合理。如果真要这样做，你必须面对一套半信半疑的生物学理论了。”看来，古生物学这行业似乎有时要低头俯就一些“真实的实验证据”了。但另一方面，科学家也不可以虚造一些证据支持达尔文的进化论。埃尔德里奇在两难之间想建立一番成功的事业，作出以下动人的描述：
要获取一个古生物学博士学位，比一般学科的博士更为复杂。因为完成一项博士研究项目，就好像做学徒一样。博士论文是一本详尽的报告，要表达候选人的组织能力、奋力完成一次前所未有的科学研究。听来尚合理，但是要取得成果、积极的成果，其压力何等大！
在这些阻挠困惑下，古生物学家必须找一种学说支持他们，容许他们将实际研究的结果作为“成功”的报告，但是他们深感新达尔文主义合成论的限制。他们需要一个学说既容许大突变，使古生物学家可以发表文章，同时又好像是渐进的，以讨好达尔文主义者。间断平衡的外交手腕正好达到两面具圆的效果，并且将进化过程描写成不可见的现象。这样人可以想象先祖群体分布的边缘被分隔后产生改变，而且变化的速度、大小可以随意选择，因为谁也不会见到。
古尔德和埃尔德里奇始终以间断平衡是达尔文主义的理论，而不是反达尔文的大突变过程。但从另一方面看来，虽然他们并未明显标榜大突变式的进化，但很多人却清楚感受该理论背后暗示的跃进。1977年，古尔德和埃尔德里奇发表的一篇文章前段引了赫胥黎的两段话，他们埋怨达尔文主义不容许一点点的“跨步”。同时，古尔德独自认可了较为软化的“大突变主义”，并且预测戈尔德施米特将来必能得到公正的评价。
细察之下，大突变主义最大的问题，在于它本身只不过是进化论和特创论之间毫无意义的中间路线。正如查理·道金斯说的，你可以把圣经说人是用泥土造成的看作是大突变。从化石的证据来看，大突变就是说新种不知如何从无变有。以科学理论来评价，“大突变式的进化”就是当年达尔文首先指称的：垃圾！古尔德和埃尔德里奇都很明白着一点，所以（特别是古尔德）虽然暗示有大突变，但他们仍然保留着后路，随时可以撤回达尔文正统的渐进论中。
由此便产生一个最基本的问题。既然达尔文主义有这么多问题，进化论又缺乏更理想的思想构架来取代，为什么我们不重估整个构架？科学家有什么理由绝对确信所有的生物真是从唯一的简单生物开始呢？
1981年美国路易斯安那州（louisiana）立法院通过一项法律，规定公立学校在教授“科学进化论”（evolution-science）时必须以公允的态度讲授所谓“科学创造论”（creation-science）。这项法律是向现代科学界的主流、正统的科学理论作正面的挑战。一般科学家认为,所有现存的生物都是由一个自然的、逐渐改变的过程进化来的—从无生命的物质进化到简单的微生物，最后进化到人类。进化论在公立学校和大众传媒，如报章杂志、电台电视等，已经不再认为是一种科学的理论，而经常以“进化乃事实”（factofevolution）出现。当然美国还有不少反对这种看法的人，包括一些受过高深科学教育、获得高等学位的人士，他们认为进化论并非事实。他们坚持所有的生物都由一位具高超智慧的创造者，遵照一定的目的造成的。
这些冲突需要好好的解释，因为问题所涉及的很多名词常常有混淆不清的毛病。其实“创造”（creation）这观念本身并不一定与进化论冲突，如果“进化”一词的含意限于生物经过某些过程逐步改变，最后成为今天不同的种类，这样的看法很多创造论者也可以接受。因为创造者可能使用一种逐渐创造的过程造出新的品种。“进化”与”创造”唯一冲突的情况是坚持解释进化为“完全自然的演进”（fullynaturalisticevolution）。意思是说生物进化是没有任何意义的过程，也没有任何智慧者的推动（纯粹唯物的观点）。
反过来说，“创造”的观念与“进化”也不一定会冲突，除非将创造看为所有的生物都“突然同时出现的创造”（suddencreation）而不是逐步进展的过程。举例来说，“科学创造论”一词在路易斯安那州的法律上被认为是一些极端保守的基要派（fundamentalists）基督徒根据极端字面解释（extremelyliteralinterpretation）《圣经》所产生的理论。科学创造论不但认为生命是被造的（wascreated），而且坚持创造的过程在一万年前的六天之内全部完成。所有的生物自从被造之后基本上没有改变，如果有任何“进化”的话也只是极微小的变化而已。自从“科学创造论”引起了大众传媒的注意之后，引起了极大的争论，使很多人误会以为凡支持“创造”人的都主张“地球年轻论”（youngearth），并且相信所有的化石是挪亚时代的大洪水一次造成的，我写这本书的目的就是希望澄清这些误会。
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路易斯安那州及其他州所制定的这些法律，乃是一群基督徒中极端的基要主义份子多年努力的结果。他们反对达尔文主义，要重申《圣经》里述说神创造的科学价值。在这场“圣经与科学”的大战中，最著名的一仗是1920年代的“猴于案”（monkeytrial）又称斯科普斯案（scopescase）。大多数美国人对这个故事的认识是从以传奇性的手法所描绘的舞台剧和电影“风的遗产”（inheritthewind）来的。剧情描写一群狂热的宗教份子侵入学校的课室迫害一位驯良可爱的科学老师，和一位辩护律师的英雄事迹。这位律师给人推崇为理性的代表，不断地与迷信斗争。
其实，这件事跟很多传说、野史一样，在正史上的记载要比戏剧的描绘更复杂。原来当时田纳西州（tennessee）的立法院通过了一项法例，禁止学校讲授进化论。州长形式上也签署承认这条法律，但同时声明政府不会执行此法。反对这项法例的人，包括一些只想提高田纳西州代顿市（dayton）知名度的人，制造了一件试验性的诉讼事件。一位名斯科普斯的代课老师自愿担起被告的角色。而斯科普斯当年在学校是否真的教了进化论，至今还未能证实。
因为双方的律师都是当时的风云人物，新闻界就大肆渲染这件案子，简直成了一台马戏。领头起诉的律师原来是曾经三次获选为民主党总统候选人的布赖恩（williamjenningsbryan），他在威尔逊（woodrowwilson）总统任期内担任过外交部长。布赖恩本人笃信圣经，但又较为开通不拘泥创世记字面的解释，他认为创世记中的“日”字不是指廿四小时的一天，而是历史上一段很长的时期。另外，每“日”又未必代表相等的时间。他所以反对达尔文主义，主要的原因是认为达尔文的理论会引起社会道德的衰败，例如鼓励当年德国残忍无情军国主义的竞争和资本主义富豪剥削平民的恶果。
为斯科普斯辩护的律师团的领袖是著名的刑事法专家克拉伦斯·达罗（clarencedarrow），他是支持不可知论的（agnostic）演说家。达罗巧妙地操纵了布赖恩，将他引上证人台，让他以圣经权威的身份作证，然后在盘问时大大地羞辱了布赖恩。但当达罗达到了他真正的目的后，他竟很爽快地承认他的委托人，被告斯科普斯的确是违反了州法，并且邀请陪审团定他的罪。所以，这宗案表面看来进化论败诉了，被轻判罚款100元。后来上诉到田纳西州的最高法院，那100元的罚款也因“法律上技术的细节”（technicality）被取消。不过不准教授进化论的法律肯定仍合乎美国联邦宪法。在法律界的立场看来，这宗诉讼并没有明显的结论。但是这事件经过极尽讥讽能事的记者门肯（h．c.mencken）的渲染，再加上以后美国舞台和电影界所描绘的“猴子案”，使一般人都认为进化论大胜了一仗。
不过，当时科学界并未因此引以为荣。1920年代进化论的发言人,美国自然历史博物馆馆长奥斯太(henryfairfieldosbom)，并没有上法庭作供，因为他鼓吹的进化论乃依靠已经声名狼藉、被证明为假冒的“贝尔当人”(piltdownman)的化石。原来奥斯本曾兴高采列地“证实”古生物学家库克(haroldcooke)所“发现”人类始祖的一只牙齿的化石。正巧库克和布赖恩都是尼布拉斯加州人，奥斯本从这一颗牙齿居然声称有“尼布拉斯加人”(nebraskaman），科学命名为西方古猿（hesperopithecusharoldcookii），并又以反基要派主义的姿态在报纸电台上大肆宣传：直到后来这只牙齿被证实为一种野猪（ary）的遗物才罢手。如果当年奥斯本受精明如达罗的律师盘问，又有像门肯那样的记者无情的讥讽，他的形象也会被搞得像布赖恩一样的愚拙可笑。
1920年代所制定反进化论的法律一直没有执行。出版学校课本的人为了避免争执，一向也少提进化的问题。到了1968年，美国最高法院宣布这项地方法律不合联邦宪法而被取消。但是当时基要派却改变了战略和目标。那时一些特创论研究所（creationresearchinstitutes）已经成立，并且出版了专书攻击进化论惯用的科学证据，力辩地质学和化石的记录与圣经的记载并没有冲突。这些文献并没有受科学界主流人士或大众传媒的重视。不过科学特创论者渐渐有了信心,认为在科学的战场上可以重振旗鼓、卷土重来。
他们开始看出国家宪法（constitutionallaw）的精神比较松宽，可以利用来支持他们的立场，保证他们有权在学校教室中有相等的机会与进化论作平等的辩论。他们的目标从制止教授进化论而改变为要求公平的机会发表他们的论点。因为任何一项科学的理论都可能有两种不同的看法，为什么公立学校的学生只能听一面之词？科学创造论者强调，他们现在的要求只是在学校讨论科学的论证，并非要求教授圣经的教训。
当然科学界主流的人士不会同意在进化这问题上可以有两种不同的看法。他们看科学创造论为假冒的科学。达尔文主义者认为在上生物课时谈科学创造论，就好像要求用相等时间，传授人类婴儿的来源是由鹳鸟（stork）从天上直接送到人家里一样无稽。然而科学家所同意的看法并没有铭刻在国家的宪法里，所以除非法庭有明文规定，文法机关仍然能够依照不同的假设（assumptions）自行订立不同的法例。
路易斯安那州（廿年代）的法例从来没有生效，因为联邦法官很快判为不合宪法。理由是协助“建立宗教”。1987年美国联邦最高法院以七对二多数票通过议案，坚持以上的决定。代表多数法官意见的威廉·布伦南（williambrennan）说，路易斯安那州的法律不合国家宪法，因为它的目的“明显是要宣传、推广宗教的看法，就是说一位超自然的神创造人类”。持异议的法官安东尼·斯凯利亚（antoninscalia）却说：“完全不是这样的一回事”。他认为“路易斯安那州的人民，包括那些基督教的基要派人士应该有权利站在非宗教的立场，向学校提出他们反对进化论的科学证据，正如当年斯科普斯有权提出有利进化论的证据一样。”
其实我认为布伦南和斯凯利亚两位法官都各有道理。美国宪法（主张政教分离）的确是禁止在公立学校的教室宣传宗教。所以，要说超自然的神创造人类当然等于推崇宗教的立场。但在另一方面，路易斯安那州立法者所考虑的是另一个大前题，就是要防止反对进化论者所坚持的、合法的、科学的理论被进化论者压制。或许有人认为反进化论的科学理由并不存在，但是关键在美国最高法院没有权力否定地方法院对科学争议的裁判，特别是在判决前完全没有给机会让州政府考证该项法律执行之后会有什么不良的效果。还有，科学创造论者力辩，教授进化论本身就有宗教性的目的，要污毁神创造人类的信念。综合权衡各方面的理由，斯凯利亚法官认为：美国宪法应准许地方立法院授权反对用填鸭式的方法,给讲授进化论教条的人一个公平的机会答辩。
站在一个法律学家的立场，我注意到一个问题。原来“科学”和“宗教”这些名词在最高法院的辩论中也用得很含糊。无论法官或教育家都不愿清楚下定义，但却使用这些名词作推论和判决。如果我们说完全靠自然过程发展的进化论是“科学”，而超自然的创造是“宗教”；实际上等于说前者是真理，后者是幻想。如果科学的教条可以当作真理讲授，那末不准讲授的一定不是真理了！这样，扣上不同的帽子，不必公开讨论，就可以抹杀一切反对纯自然的、无神进化论的抗议。
代表全国最有声望的科学家、极具影响力的国家科学院（nationalacademyofsciences）所发表的所谓“法庭之友”（friendofthecourt）的论调，证实我不能信任他们的原因。国家科学院辩称科学创造论不能算为科学，因为：
它没有具备科学理论最基本的特点，就是必须使用纯自然的过程来解释一切的现象。故“科学创造论”主张：宇宙、地球、生物及人类都是用超自然的方法创造而来，并非人类理性可以了解，故不科学。
因为基本理论的定义限制创造论者，不能进行科学实验，证明超自然创造的真确性。科学院指责他们一切的努力，主要的目的在于污毁进化的理论。
他们认为“创造科学”明显是一种计谋，旨在削弱进化论的说服力。还有，使用上述两面性的分析和反面的辩论违背了科学治学的方法。
科学院除了用这样的方法给“科学”下定义，拦阻主张超自然创造的人为自己辩护，更不准他们反驳科学界当权派的主张。科学院的做法也许是争取胜利之道，但却不能使人心悦诚服。很多人认为神的确可能与人的来源有关。或许科学家打着“进化论的旗子”所提的主张中也有假冒的证据呢？
我不是一位科学家，处理创造与进化的争论是从一位法律教授的立场着手。我的长处之一是清楚明辨双方在辩论中使用文辞的技巧。引起我注意的第一个问题就是进化论学者所规定的辩论的法则。他们使人不可能质疑进化论的说法是否真实。举例来说，科学院订下的规则不准提出反证。这样一来，科学家至今尚未找到复杂生物来源的大问题就被一笔勾销了。这种手法可保证现有的进化论，无论有多少错漏也不会被推翻，直到有更好的答案来取代它。以上的情形就如不讲理的法庭，规定被告人必须自己去找出真正的罪犯才能为自己辩护，否则罪名就归被告头上，即使被告根本与案件无关也要担罪。
引起我注意的第二点是那些极力主张科学与宗教要分开的人，也就是那些喜爱利用他们的科学作宗教性的宣言的人。达尔文主义的论文中充满了反对神的结论，例如说这宇宙没有设计者，也没有任何意义。我们人类只不过是一个盲目自然过程巧合的产品，大自然更不会关怀人类。更糟的是提出这种论调的人并不承认他的立场只是个人的意见；相反地，竟然当作合乎逻辑推理的进化科学公诸于世。
还有一个使我觉得进化科学很像一种宗教的理由是达尔文主义者企图征服全世界那种的狂热。他们极力主张不从事科学的人也有道德上的义务，要信他们说的是真理。道金斯（richarddawkins）是牛津大学的动物学家，公认为进化科学的权威之一，竟不隐藏很大胆地承认达尔文主义合有宗教性的一面。他1966年所写《盲目的钟表匠》（theblindwatchmaker）一书表面上谈生物学，但实质上是不嫌其烦地为无神论辩护。道金斯自己说：“达尔文可以使人成为一个在理智上自慰的无神论者。”
道金斯每逢想到那些大逆不道、不肯相信进化论的人，就怒气冲天，几乎不能控制自己。“我可以绝对肯定地说，如果你遇到自称不信进化的人，那人必定是无知、愚蠢、或者是个疯子。（也可能是个邪恶的人，不过我不愿多想它。）”还有，道金斯继续解释，他最恨创造论者的地方是他们不能容忍别人。
由此看来，我们必须相信进化论，否则都要进疯人院了。可是，我们必须相信的内容是什么呢？“进化”一词的含意可以包括相信一个毫无疑问的事实，如细菌可以“演变”，对某些抗生素产生抵抗力。或者扩大到形而上的主张，认为宇宙和人类部是完全由毫无意义的、机械的力量“进化”而来。“进化”这词具有极大的弹性，很容易使我们误以为在狭小范围内有可信之处，就等于在最广义上的宣言也同样可信。
上面我所提的重点正是1981年科林·帕特森（colinpatterson）在美国自然博物馆演讲中提出的一个非常特别的问题。帕特森是英国自然博物馆的资深古生物学家。该博物馆出版的进化论简介就是他的手笔。在那次演讲中，帕特森将创造论（并非科学创造论）与进化论作了详细的比较。他认为两者在科学上都是空洞的观念，主要是靠信心才能接受。演讲内容提及很多细节的问题。但其中有两点对本章特别重要。帕特森首先向在座的专家问了一个问题，这问题反映了他个人怀疑很多进化论所认为肯定的知识。他说：
你们能告诉我进化论里面存那一条、任何一条……是你确实知道、完全无误的真理呢？我曾问过自然博物馆地质部的人员，我所得到唯一的答案是完全的静默。我又问芝加哥大学进化形态学讲座的听众，内中有一群很著名的进化论学者。等了很久还是一片沉寂。
最后有一个人说；“我确知的只有一件——就是在高中课程内不应该教进化论。”
帕特森指出，进化论和创造论都好像是包含了很多知识的理论，可惜名不符实，都是伪知识（pseudo-knowledge）。两者对比中，有一项最引人注目。在达尔文之前的时代，反对创造论主要理由是没有人能解释神怎样创造万物。创造论者只能说创造是一件显然的“事实”，却要承认对创造的方法无知。帕特森说，但现今达尔文的自然选择受到攻击，科学家也开始怀疑广义进化论的可靠性。在这种情况之下，进化论的高调愈来愈像当年的创造论。他们只能指出进化是“事实”，而不能解释清楚进化的过程到底怎样。
当时帕特森是故意挑逗引人反省，我并不是说他怀疑的态度代表一般科学界的看法。相反地，有人将帕特森当天演讲非正式的记录公开了，使他受到达尔文主义者猛烈的攻击。后来帕特森被迫全盘否认一切的疑问。不论帕特森当年的演讲是否有意让公众谈判进化论，但他的确提出了一个要点。比如我们指着一件神秘的事情，叫它作“进化论”。进化只是一顶“帽子”。问题不在科学界是否同意这帽子叫什么。而在科学家到底是否确知，像他们这样复杂的生物（人）到底是怎样来的。
有一位著名的社会理论学家，名叫欧文·克里斯托尔（irvingkristol）。他的特长是辨认意识形态的混淆。他使用这专门的学问分析达尔文主义，并在《纽约时报》上发表了一篇文章。克里斯托尔指出达尔文的理论只不过是项假设（hypothesis）而不是事实。因为达尔文学说解释复杂的生物由细微的遗传变异和“适者生存”演变而来的观念，只能应用在生物种（species）范围之内的改变。（译者按，就如现在世界上有几百种狗，都是由一种狗选配出来的，而这些狗之间仍有生殖能力，故仍属同一生物种。）达尔文靠逐渐改变的进化论不能证实一类生物可以进化成另一类的生物（所以只能作为假设）。克里斯托尔又指出科学界对生命来源的问题就有许多矛盾的解说。而且，不少的科学家已经怀疑“进化论”一词到底有多大的意义。克里斯托尔在另一方面也承认科学创造论是一种信仰，并非科学知识。不应在学校里面传授。不过他又认为维护科学创造论的人也有一些道理。所以结论说：
我有足够的理由认为，如果在教授进化论的时候，小心声明它只不过是综合各家不同学说、建立在不同假设上的理论，而非不可质疑、完全可靠的事实的话，很多不必要的争论就可以避免了。以目前的情况来说，基要派人土相当正确地指责一般学校讲授的进化论，都暗藏着不必要的、反宗教的利刃。
我以为哈佛大学著名的斯蒂芬·古尔德（stephenjaygould）应该同意克里斯托尔的看法。因为1980年古尔德在一篇科学论文中预测一种新广进化论即将出现，代替新达尔文派的合成论（neo-darwiniansynthesis）。古尔德承认1960年代他还当研究生的时候，曾受达尔文主义合成论的迷惑。但近年来，因为愈来愈多的证据使他不得不断言，合成论“虽然在学校正统的教科书上仍然存在，但以一套广义的综合理论的立场来说，已经死了”。克里斯托尔反对传授的正是这些老课本中的已死的道理。
但没想到古尔德对克里斯托尔的回应叫我这门外汉一时更摸不著头脑！古尔德竟然否认教科书中对进化论的偏见比对其他科学更严重，又否认进化科学反对宗教。他并且坚持“达尔文的自然选择论等……在狭义范围内仍旧是进化论的重点”。他着意指出克里斯托尔忽略了“已被认定的事实与讨论学说时应有的争辩两者间重要的分别”。古尔德又说，生物学家在教进化理论时已经当它为各家不同学说（conglomerateidea），包含矛盾假设所综合的理论。不过，进化也是自然界的“事实”，就如地球环绕太阳公转一样的事实。
从旁观者的立场看进化论的文献和其中自相矛盾的地方，不但使我感到十分有趣，我渐渐看惯了这些逃避批评的伎俩。当外行人询问，进化论是否真如专家们所说的那么真实可靠呢？我们得到的是严厉的警告，不准问这样的问题！而专家们彼此争论的问题，如准确的时间表和进化的机制到底怎样改进等问题却被称为小节而已，这些争论只是同业之间应有的积极的讨论，并非表示进化论有危机。无论如何，“进化乃事实”绝对不容任何人怀疑。
再次考虑帕特森所指出的问题，进化的事实如没有理论的支持，只不过是个泡影而已。如果不能解释生物到底怎样可以从一种转变成另一种，只空口说：“人类是从鱼类进化来的”，并没有什么了不起。这种难以置信“鱼的故事”（fishstory），必须要有科学家研究出来，到底怎样可以不借用神迹，将鱼变为人，然后这学说才有价值，才能令人信服。
达尔文指出，应该尝试指出，从自然界微小的变异渐渐累积，让时间、机遇和不同的生存率联合工作，就可以造成巨大的改变。这是达尔文所创立代替神迹的科学理论。但是如果达尔文这套渐进式的故事证明是假的，那么“进化论”只是一顶空“帽子”，用它来描写人与鱼的关系的话，只能说明人与鱼都具有一些相同的特征，例如脊椎动物之间共有的特征而已。
所以，专家们在进化的机制（mechanism）方面所持的分歧对我们这些门外汉来说是最重要的问题，因为我们想确知科学家所知道的到底是否如他们宣称知道的那么多。当无数的达尔文主义者坚持，进化论显示我们的生存是毫无意义的，只不过是唯物机制的运作。那么我们必须询问进化的过程到底是怎样发生的，并非要得到一个合理的解释不可。这些科学家所说的“进化”是指一个机械的（唯物的）过程。那么当进化这个“事实”的过程被推翻以后，所剩余下来的“事实”还有什么意义呢？这真是难懂了。
在以下的几章里，我要检验所有的证据，看看是否真有机制能够解释，进化论应该可以解释，大幅度的改变。例如单细胞的细菌怎样可以改变成复杂的动植物，鱼类怎样进化到哺乳动物，和人猿怎样可以进化成人。如果新达尔文主义不能胜任，如果没有更好的理论，而只有古尔德和克里斯托尔两位都赞同的所谓“综合各家不同假设上建立的理论”。那么，我们可以断言科学家其实也不知道大幅度的广进化是怎么来的。然后我们必须考虑“进化乃事实”与达尔文的理论是否应该分开。我们要继续查询新的分子生物学的证据，现今生命来源的研究，和科学研究的常规（rulesofscientificinquiry）。
在开始进一步讨论之前，我要声明我的资历和目的。我不是一位科学家，乃是一位研究学术的律师（教授），专长于分析辩论中所用的逻辑并且认辨辩论背后的假设。这样的背景在处理进化论的问题上可能比你想像的更贴切。因为人信不信进化论和达尔文主义主要是看他的基本假设是什么，然后他使用什么逻辑去推论。
讨论进化论时科学家未必占上风，因为进化论是一个极广泛的题目，跨越很多不同的科学领域，并且涉及哲学。现代职业性的科学家都必须深入钻研较窄的课题，在他专长以外他也只不过是个平凡人（layman）。
要我找有关的科学资料并不困难，达尔文和赫胥黎（thomash．huxley）为普及大众写了不少书。现代新达尔文合成论大师如多布赞斯基（theodosiusdobzhansky）、乔治·辛普森（geegaylordsimpson）和朱里安·赫胥黎（julianhuxley）等，也有大量大众化的著作。现今显赫的科学家中如古尔德、道金斯、道格拉斯·菲秋马（douglasfutuyma）等，还有很多专家的普及文章，我都收集在每章书后所附的研究摘记中。
大多数专业的文章在最著名的《自然》（nature）周刊和《科学》（science）杂志中刊登。这两份刊物是英、美科学界的喉舌。较大众化一点的有英国出版的《新科学家》（newscientist）和《科学的美国人》（scientificamerican），其中也有很多资料。此外，哲学家和历史学者也写了不少很有见地的书。总之，现有的文献非常丰富，而领先的科学界巨子一直都以为，一般读者可以明白主要的证据（essentialevidence）。可惜证据是哑巴，不能自动解释什么；它的含义只有靠推理阐明，用推理决定某证据是否成立、某证据是否可以接受。我特意要察验的，就是这些推理的规范（rulesofreasoning）。
还有一件需要交代清楚的是我个人的宗教观，因为读者一定会问，而且最基本的法则告诉我们，凡人都有偏见（bias），我也不例外。各人的出发点必须公开，并且接受检验。我在哲学上是个有神论者，也是一位基督徒。我相信神的存在，如果神要的话，衪可以从“无”造成“有”；但同时神也可以使用一个自然的进化过程。我并非要为科学创造论辩护，事实上我这本书并无意讨论圣经的记载与科学之间的冲突。
我的目的是考验科学本身的证据，并且谨慎明辨证据本身的意义和宗教或哲学方面的偏见。偏见会歪曲我们对证据的解释。我认为科学创造论者的偏差是因为他们首先投入了（precommitment）圣经原教至主义（biblicalfundamentalism）。我不愿为他们的立场多说。我要明察的问题是达尔文思想是否基于公正客观的科学证据；达尔文主义；是否另一种变相的原教旨主义（fundamentalism）。
我们真知道有什么自然的过程（naturalprocess）可以使原始的微生物进化成其他的生物和人吗？生物又可以从无生命的物质进化而来吗？国家科学院告诉我们，科学最基本的特质是必须依靠自然无神的解释，那么科学家是否已经确实证明创造者（神）完全没有参与创造这个世界和其中一切的生物？在科学范畴之外有没有真理？难道非科学(non-science)就等于无稽、无意义（nonsense）吗？科学界集团如此坚决地支持自然进化论，外面的人胆敢怀疑他们官方建立的信条（doctrine）可能错谬吗？让我们一起来仔细看看吧！
－审判达尔文第二章自然选择论－
达尔文的事迹和他的学说多次多方被人传讲是理所当然的事。他与研究地质学的律师查理·赖尔（charleslyell）之间有不寻常的友谊；他在猎狗号船上漫长的旅途中，碰上脾气暴躁的船长菲兹莱fitzroy）；他在南美洲加拉帕戈斯群岛（galapagosislands）上作了重要的观察；他经年累月不断地编写《物种起源》（theoriginofspecies）稿件之际，突然因为塞尔·华莱士（russwallace）即将发表相似的理论，而在匆忙之间付印；接着轰动一时，引起极大的风潮；最后高奏凯旋等等。这一切都是最精采、最戏剧化的题材，当然值得再三复述。不过，我要写的不是历史故事，而是现今关于进化的争论中所应用的逻辑。因此，我的兴趣不在达尔文本人，乃在达尔文主义。达尔文当年所提出的学说与现今流行的新达尔文主义之间的差别，对我来说也不重要。虽然新达尔文主义者得到现代科学，特别是遗传学知识的助益，比达尔文当年更占优势。我的宗旨是要曝露现今进化论真正的想法、进化论所描绘的自然界对我们影响之重大，并要说明如今在进化论方面争辩的真正要点。
达尔文的名著《物种起源》有三项重要的主张。首先，“生物种并非永久不变”。他的意思是说，在地球漫长的历史中，的确有新的生物种出现，而且这些生物是由一种自然的方法，他称为“后代渐变”（descentwithmodification）。第二项主张认为，利用这进化过程的学说可以推广解释地球上所有不同生物（或几乎所有生物）的来源。因为所有的生物都是从极少数、甚至由一种微生物类的祖先而来。第三项主张是达尔文主义最突出的一点，他认为这庞大的进化过程是由一种自然界的选择或者叫“适者生存”（survivalofthefittest）的动力所引导。而这动力在生物界的功效神奇、威力之大，是以前人类认为只有创造者亲手引导才能完成的。本章论述的就是这第三项主张。
其实问题的症结不在自然界是否有选择优良品种这回事。自然选择当然存在，自然界不断选择生物群体（population）中适应力最强的遗传因子。举例来说，人类的婴儿如有遗传的缺憾，非有昂贵的医药护理不可能成长。生物中不能生殖的也不可能遗留后代，这些是无可置疑的现象。但达尔文主义者坚持自然界选择的能力远超过上述的例子，天择不但能使生物在遗传方面保持优势，他们声言这种自然力量居然有无比的建造功能，在亿万年间竟然可以将一个细菌类的细胞建造成花、木、鸟、兽，甚至人类的奇观。我们从何知道这样的进化真是正确无误呢？
达尔文的进化论提倡两项要素。第一项是达尔文所谓的“变异”（variation），如今的科学家称为“突变”（mutation）。
突变是遗传上盲目的改变。在生物中如果突变者产生可观察的改变的话，其后果几乎都是有害的。但是有什么突变可以产生对生存和繁殖的条件有微小的改进呢？根据进化论的解释，一般生物都要生下大量的子代，而其中能够成长的只占极少数。子代之中繁殖力较强的，当然可以生产更多的下一代。繁殖力较弱的只能生下较少的子代。这样不同的繁殖力就能渐渐将有利的因子分配集中到生存的个体之中。这些较进步的生物又成为下一步进化的基础。如果有足够的时间，又有足够好的突变的话，这样一小步一小步地渐渐累积不同的改变就能制造出极度复杂的器官（ans）和适应环境的行为（adaptivebehavior）。因此也不需要任何已经存在的智慧者来协助了。
上述的学说真的可能实现吗？达尔文不能指出有力的例证支持自然选择过程真正可信，因此他必须借用一些牵强的例子。引用菲秋马（douglasfutuyma）的话来说明：
当达尔文写《物种起源》一书时，他不能提供任何自然选择进化的好例子。因为当时还没有人去寻找观察，所以他只有借用一些人工选择的例子，如人工改进牲畜及稼穑，不断选种培育毛最长的羊，生蛋多的鸡等等……育种的人成就可观，可以改变动物和植物各种特征，甚至使现有的品种与最初的野生品种（wildancestors）之间产生很大的区别。
这些区别之大可以达到一个程度，超过了某些生物种与相似种之间的差异。
这样使用人工选种为例证其实是引入歧途的一种骗局。改良动、植物的人必须运用他的智慧和专门的知识去选择育种，并且要保护它们不受自然界的灾害。达尔文学说的精义是说明自然界毫无目的（purposeless）偶然发生的过程可以代替智慧的设计（intelligentdesign）。而他居然使用人工智慧设计者的成就来解释这要点，证明那些愿意接受达尔文学说的听众实在毫无批判的眼光。
人工选种与自然选择基本上不但没有相似之处，实际上是完全不同的两回事。育种的人可以在羊或鸡或鸽子中造成很多自然界没有的变种。他们这样做也存着自然界所没有的目的，包括要满足自己的好奇心，看看到底生物种研究可以有多少变化，其极限何在。如果育种之目的只希望动物在野外自然环境下生存的话，极端的变异是不可能发生的。因为所有的家畜回到大自然后，复杂的变种很快就消失了，生还者都回复到原本的野种（wildtype）。由此可见天择过程其实是一种保守性的力量，只能防止极端变异的产生，而人工育种却在鼓励变异。
人工育种真正的结论显示最高明的育种家也不能超越自然界的极限。生物种的变异有固定的不能跨越的鸿沟，在所有人工培养的动物中并没有产生任何新种。所谓新种，一般公认的定义是指一个新的生物群体与原来的群体产生了生殖的分野，不能再交配生出有继续生殖能力的后代。以狗为例，所有的狗都属同一个生物种，因为在生理上来说各种狗都可以杂交生育。虽然有些因体型大小悬殊，不方便交配而不能生育的例外。法国著名动物学家比埃尔·格拉斯（pierregrasse）的结论认为，人工育种的例子是反对达尔文学说的有力证据：
虽然经过千年选种的压力，任何不合育种目标的个体都被消灭了，但是始终都没有新种出现。化验比较各种狗的血清、血红素、血蛋白、和受精的可能性都显示，所有不同品种的狗，其实仍然属于同一个生物种。这项结论是客观测试的结果，不是主观分类学上的意见。事实上，人工选种的结果只不过使狗的基因组（genome）的不同组合显示出来，不能算作创新的进化过程。
换句话说，狗不能够变成象那么大的真正原因，并不是因为人没有足够的时间去努力选择培养，而是因为狗的基因有它的极限，狗增大到一定的程度就不能再大。同理，狗也不可能变成象。
达尔文主义者不同意上述的判决，他们也有一些理由。他们很自豪地指出，在实验里面用果蝇做的一些实验，虽然至今果蝇仍是果蝇，但是他们也产生了很多变化。植物杂交的结果产生了新的品种，包括真正符合新种定义的植物。它们彼此之间可以产生后代，而且不能与原来的品种配合。达尔文主义者不能在动物之中产生新种，辩称没有足够的时间。人类培育狗类共有数千年的历史，但是自然界却有数百万年，甚至数亿年的时间自由地运作，在某些特殊情况之下，相当有力的旁证显示，自然界似乎也曾产生了新的物种，在夏威夷出现的几百种果蝇和加拉帕戈斯群岛上著名的达尔文雀鸟（darwin'sfinches）都是比较熟悉的例子。
时间有限当然是衡量人工育种必须考虑的问题，但同时因为人工育种应用了人类的智慧，并设立了选择的目标，所以也很可能抵消了大自然拥有漫长岁月的优势。格拉斯对著名的果蝇实验又作了以下的评论：“果蝇（drosophilamelanogaster）是遗传学家最喜爱的宠物，它的地理分布、在乡村及城市的基因型（genotype），都为大家彻底认识。但这果蝇从亘古至如今竟然毫无改变”。大自然有足够的时间，却没有耍科学家想耍的把戏。
如果没有其他的限制，缺乏时间仍是相当合理、值得考虑的因素。但事实上，生物种的变异是受基因库（genepool，所有基因合称）的制约。所以自然选择的对象相当有限。基因经过若干世代的排列组合之后，不能再产生新的变异了。当然理论上突变可以补充新的基因，可惜事实上突变在自然界出现的频率和贡献到底有多少也不清楚。
自然选择是否真的能制造新的生物种（spciation）呢？我认为这也不是最重要的一点。生物种只是一个可以生育的群体，将来即使能将一种果蝇分化开成为二个或更多的生殖群体，也不能真正成为支持细菌可以进化为果蝇的证据。如果将来有一天人类真的能够培育出与其它的狗不能生育的新生物种，他们的成就只不过是达尔文主义重大宣言中必须证实的一小步而已。
话说回来，识破了人工育种例证的漏洞也不等于已证明了达尔文主义本身的错谬。我们必须再找更直接的证据，看看自然选择是否真的有创造的功能。不过在我们讨论支持达尔文主义的人的任何提议之前，我们要先问证据是否必要！说来奇怪，在达尔文主义者的文章中居然有大量的声明，宣言进化论的真确性只要用逻辑就可以说明。
自然选择是同义反复无谓之重复语
很多支持新达尔文主义的学者在他们的著作中常常提到进化论只不过是同义无谓之重复语或称赘述（tautology），意思是说用两句不同的话重复述说同一件事而已。进化论预料，最能适应环境的生物将会生产最多的后代。但是何谓适应呢？进化论定义，遗下最多后代的生物最能适应。这一点是我必须详细讨论、记载的要点，因为很多进化论者误以为这赘述的意念（观点）是创造论者和其他不懂科学的挑战者恶意引进文献之中。以下是几个由麦柏（normanmacbeth）所搜集的例子：
霍尔丹（j.b.s.haldane）1935年说：“……适者生存一词是一种赘述，正如许多数学的定理，用两种不同方法叙述真理，并无害处。”
恩斯特·迈尔（ernstmayr）1963年说:“……那些留下最多后代的个体，照定义就是最能适应的生物。”
乔治·辛普森（geegaylordsimpson）1964年说：“只有将适者定义为生育众多的品种，才可以说自然选择促进新种。事实上遗传学家的确是这样下定义，其它人或许感觉费解。对一位遗传学家来说，适应与否跟健康、气力、美貌或任何其他条件部无关，唯一的要素就是生育效率高。”
辛普森以上的解释说明为什么自然选择的学说一定要用重复赘述的形式才能表达。我举一个更清楚的例子，如果一只野马跑得特别快，很明显会占优势，但是根据达尔文的学说，这种优势必须能传给更多的后代才有真正的意义。相反的，如果马跑得太快，常常跌倒，或者一只雌马跑得太快，雄马迫不上，而失去繁殖的机会，那它的优点岂不成为缺点了吗？
这样看来，任何一种特征都可以是优点或缺点，因为必须考虑它的环境如何才能确定。若有飞翔的能力，不是显然的优势吗？达尔文学说却假设自然选择驱使非洲马德拉岛（madeira）上的甲虫失去飞翔的能力：岛上的风特别猛烈，会飞的昆虫反而容易披风吹到大海里去。另外，人类有较大的脑，但也需要一个大脑壳来保护它，因此使母亲在生产的时候受到更大的痛苦，甚至连性命也会遭遇更大的危险。
我们常以为脑子越大必定越占优势，因为人类文明独霸全球，但是要思考这样的优势怎样进化而来，就显出有利条件也有弊了。如今尚存的猿类之中，脑子最大的并不能逃避减种之虞，奇怪吗？
以上的例子让我们知道，我们常以为具有某些特征的生物必占优势，但事实上，不看生殖的后果是不可能猜想某些因素列底是利或弊，故此辛普森坚持说：“优点本身并没有什么意义，唯有看繁殖是否成功才能确定，所以我们只能说，生产后代最多的生物必定具有生产最多的因素了。”
以研究科学哲学著名的卡尔·波普尔（karlpopper）曾说，达尔文学说并非真正的科学理论，因为自然选择是一种全能的巧辩，可以解释一切事物，所以就等于没有解释任何事物。朴伯后来因为达尔文主义者愤怒的抗议而撤离了这个立场。不过他确实是相当有理。为自己申辩时，他引用了费舍（fisher）、霍尔丹、辛普森等很多作品为例总结说：“当今最权威的进化论者为他们学说的解释不周，故等于说生产最多后代的生物产生最多的后代（这样的赘述）”。他引用专家的著作中包括沃丁顿（c.h.waddington）的解释。他的名言值得后人保存参考：
达尔文最大的贡献当然是他的学说：进化的过程可以用自然选择及偶然变异来解释。起初，自然选择被认为只是一种学说，将要用实验和观察来证明。但是细察之下，原来它是一种赘述，是必然性的宣言，只因前人没有发现两者之间的关系而已。进化论说，在一个群体之中，最能适应的个体(用遗下最多子孙为定义)，必定留下最多的子孙。这样的赘述绝对没有减少达尔文伟大的成就；只有当学说清楚地公式化列出以后，生物学家才认识到这个原理具有的解释能力何等厉害。
以上不是信口开河的话，而是深思熟虑的判语，是1959年在芝加哥大学举行的庆祝《物种起源》一书出版一百年纪念大会上发表的一篇主要文章里面的话。显然在座所有著名的权威、专家之中没有一位告诉沃丁顿重复的赘述并不能解释任何事物。当我想要明白鱼类到底怎样可以变成人类时，单单告诉我生育后代最多的生物必定留下最多的后代，并不能说明问题。
其实，为什么达尔文主义的领袖会将自然选择论变成赘述并不难理解，因为现今流行的新达尔文主义是从群体遗传学（populationgenetics）发展而来。这门学问用数学为基础，致力阐明极微小优良的变异，可以很快地散布在一群生物之中。其中所谓“优良变异”只不过是学说中的假设（assumptions），并非在自然界观察所得的实据。可惜从此不少数学家很自然地以为这些假设就是“导致生物及其后代产生更多后代的因素”。这样的思想影响了动物学家和古生物学家，他们也觉得很习惯用定义的方法来想像具引导性的学说必定是真确的。只要外界的批评家（critics）不留意，最无稽的重复赘述也不怕被人识破了。
当波普尔的批判受大众注目后，情况才有转机。创造论者（creationists）和其他不友善的批评家开始引用他们的谬论，认为达尔文主义并非真正的科学理论。达尔文主义者才开始醒悟，原来他们的立场不稳已深受威胁，所以当后来再被质问有关无谓重复、赘述的理论时，他们只有硬着头皮坚指控方缺乏了解进化论的能力。在以后的数章之中我们还要说明：事实上，一直到现在，自然选择论仍然以无谓的重复和赘述的形式出现。
如果自然选择论只是一种无谓重复的赘述，我可以就此搁笔结束本章，因为一再重复的话不可能具有诱导进此的力量；不能驱使一个能自动复制的大分子（replicatingmacromolecule）变成现今的人类。不过自然选择论既然经常以赘述的形态出现，当然也可以用其他较难识破的形态出现。我们必须进一步审查其他的例子。
自然选择论只是推理的论据
凡参观过英国自然博物馆的人，都可能见过博物馆出版的一本进化论手册放在引人注目的地方出售，这手册是由著名古生物学家帕特森（colinpatterson）所写的。他论到达尔文主义的科学地位时说，自然选择可以用推理的论据来表达。例如：
1.所有生物必须繁殖（reproduce）；
2.所有生物都表现可遗传的变异（hereditaryvariation);
3.遗传变异对繁殖的影响也各有不同；
4.所以对繁殖有利的变异必定成功，对繁殖不利的变异必定失败，因此生物就产生改变。
帕德森指出这项命题（theorem）只能确定自然选择会发生，并不能解释普通的进化现象。事实上，这项命题连生物会改变也不能证明。遗传的变异范围可能很窄，所以能够生存下去的变异只不过是保持原状而已。当然这生物种也有可能改变很大，但其中变得不利的生物若繁殖成功，该种即将渐渐趋向减亡。其实要知道自然选择真正的功能很可能就是保持生物种不变，这个想法不但理论上有可能，也有事实的根据。我们从第四章可以看到化石的证据，显示生物种在历史中的常态不是改变，而是稳定（stasis）、保持不变的。现今还有很多所谓“活化石”（livingfossils）的生物，我们用各种不同的方法测试，也看不出它们跟几百万年前的祖先有什么分别。
帕特森并不是进化论学者中唯一认为自然选择论可以纯粹用逻辑推论证明的人。其他应用逻辑宣扬他们学说的人似乎比帕特森更崇拜自然选择。例如，研究生命来源的卡斯密（a.g.cairns-smith）运用二段论法（演绎法syllogistic），正如达尔文当年一样，解释复杂的生物怎样可以从简单的生物进化而来：
表面上生物好像是有目的的创造，但达尔文说服了我们，生物时常或说完全可以用自然选择的功劳来解释。如果（if）生物保持不断地繁殖；无论何来，如果在这些生物的后代中有偶然的变异；如果这些变异是可以遗传的；如果有一些变异可以为生物提供一点有利的条件；如果在繁殖中的生物之间彼此有竞争；——又如果子代数目过多，不是所有的生物都能繁殖下去——那么，那些能够繁殖下去的生物必定会进步。这样，自然界就像一个选择育种的人：生物种不能不改进……
但事实上有些种族常常很成功地抵抗改变，历千百万年也不改变。那么以上的逻辑一定有问题了。这例子中错失之处在于那个“有利”的观念。正如辛普森告诉我们，达尔文主义者说，“有利”的意思并非日常人以为趋向有利的进步。若单以成功地繁殖来衡量，蚂蚁和细菌都跟我们一样“有利”。其实，无论整个群体改变与否，甚至在趋向减种的途中，任何群体之中总有一部份生物个体能留下较多的后代。（译者按：可见所谓的“有利”只利于繁殖的话，也只利于繁殖和生存下去，与进化无关。）
自然选择是科学假设
至此为止，我们解决了一些比较简单的错误观点，使我们可以更清楚地讨论实质。面对最重要的部份，我们要郑重地研讨。我知道如今很多进化论的学者都会坚持：达尔文的自然选择论不单是一个理论，而且是一个经过周详的考验，有足够的证据支持，应该可以接受作为可靠的理论来解释复杂生物进化的过程。更准确地说，这个学说就是：自然选择论（再加上遗传突变）是一种有创造意识的力量，能够产生完全新的器官和生物。现在我们面对最重要的问题：有什么证据可以说明自然选择论的假设是正确无误的？
菲秋马是搜集自然选择证据的人中干得最出色的一位。以下是他提供的例子，企图证明自然选择有创造的功效：
1．细菌有自然抵抗人造抗生素的能力。昆虫能很快地对杀虫药产生抗力，因为它们的后代由于不断地变异，必具备一些抗性的优势。
2．1898年美国麻省遇到一场暴风，数以千计的小鸟不死则伤。有一位好心人，搜集了136只受伤的麻崔，送到一位叫邦普斯（pumpus）的科学家那里，大概是要请他照顾伤鸟。但是，邦普斯的心肠较硬，他将所有的伤鸟都杀了，为的是要测量这些鸟的骨骼。邦普斯发现在所有的雄性麻崔中，体格的差异并不很大，但是较大的雄鸟生还率要比小的为高。
3.1977年开始，加拉帕戈斯群岛遇上旱灾，岛上一种有小型种子的植物失收。而靠这些小种子维生的鸟儿被迫吞食平时不看一眼的大种子。经过一个世代以后，体型小、食小种子的鸟类因食大种子有困难，死亡率很高。但是存活下来的鸟儿，它们的体格，特别是嘴部都有显著的增大。菲秋马当时评论说：“如果环境复原的话，这些鸟儿也很可能恢复原状！”
我们在这个例子中也可以认定：“鸟儿被迫在干旱环境中生长的话，它们会变化，长期适应环境所提供较多的种子。这的确是自然选择的工作，但完全与机遇及偶然无关。”
4．在非洲人中，镰状细胞性贫血（sicklecellanemia）的基因，也有抗疟疾的特性。完全没有镰状细胞等位基因（allele）的人，因疟疾而死亡的可能性特高，而从父母双方各得到一个等位基因的人又常因贫血早亡。只有那些从父方或母方得到一个等位基因的人，生存率最高，因此这个基因也不会在非洲人中消失。菲秋马认为，这例子不但显示自然选择非常有效，而且又是“一种毫无爱心、机械化的过程”。
5．小鼠的群体之中多次见到有雄性不育的基因在短期内“泛滥”至整个群体，造成整个群体停止生育，结果只有全体灭亡。
6．最后，菲秋马综述了凯特尔沃尔（kettlewell）著名的观察：飞蛾工业黑化现象（industrialmelanism）。在工业化地区，煤烟使树皮变黑，黑色（或较深色）的蛾（metanicmoth）渐渐占多数，因为捕食蛾的敌人，较难在黑色的树皮上捕捉黑蛾。当空气污染减轻，树皮开始变回浅色的时候，浅色的蛾重占优势。凯特尔沃尔很详细地观察蛾的颜色如何随树皮的颜色改变。以后很多评论家说，这个例子显然说明了，在有限的范围之内，不但有周期的转变，同时也表现出有稳定的作用，因为在变动的环境中，这生物种仍然不断提供深浅不同颜色的蛾，这样才可以保证种的延长。如果浅色蛾在树皮变黑的年间完全消失，那么当树皮又回复浅色时、黑蛾将面临灭种之患。
在菲秋马的那章书中还引用了其他例证，但是我认为那些例于只能用来说明达尔文主义怎样解释一些不寻常的现象，就如自我牺牲的行为和孔雀的大尾扇，而不能用来证实自然选择能产生新的改变。如果我们拿以上六个例子作为支持自然选择论之最佳及可观察的证据的话，我们只可以作两个结论：
1．我们没有理由怀疑在特殊的情况之下，能抵抗药力的细菌较为有利；或者体型较大的鸟比小鸟强；或者黑蛾比白蛾更受优待。在这些情况之下，对药物敏感的细茵、较小的鸟，和浅色的蛾的确暂时减少了，直到环境有新的改变为止。
2．事实上没有任何的“证据”能提供足够的说服力，使人相信自然选择可以创造出新的生物种、新器官，或其他重大的改变。就算有小的改变也不过是暂时性的变化而已、镰状细胞贫血一例只说明在特殊情况之下、表面上似乎有害的基因在种群中不能自动消灭。体型大的鸟在大风和干旱的情况之下比小岛更占优势。这些鸟类进化最好的证据，完全没有任何迹象提示任何因素怎样驱使鸟类进化成鸟。其实，在其它的情况之下，小鸟很可能有它的优势，这不正说明了为甚么鸟类没有不断地变大吗？
格拉斯跟我一样，看了以上的证据之后，完全无动于衷。在他写的进化与自然选择一章的末段综合了他们的结论：
朱里安·赫胥黎（julianhuxley）所谓的“进化论在运作”（evolutioninaction）和其他生物学家的描述只不过是一些人口统计的资料，地区性基因型的差异，和地理分布的不同而已。这些生物种常常经历数百世纪也没有真正的改变！只因情况转变而产生轻微的波动，而整个生物的基因组没有改变的话，这点波动完全不能算是进化，我们有确凿的证据，就是那些长期不变的生物种（panchronicspecies）（如活化石，维持了数百万年也毫无改变。）
这个结论显然正确。但另一方面反而引起了新的问题。为什么那么多人、包括在才智和品格上都受我敬佩的专家们，竟然会相信：地区性的群体波动，可以证实自然选择的假设大有能力，可以创造出眼睛和翅膀这些工程上的奇迹呢？每一位研究进化论的人都知道，凯特尔沃尔描述的飞蛾实验是证明自然选择论最重要的经典。为什么达尔文学者要等上一百年才可以看到这么平凡、一点点的证据，来证明达尔文主义的精粹呢？而且凡真正研究过这些实验的人也知道：这些证据跟任何的物种起源完全没有关系，甚至跟新品种的来源也没有关系，因为黑蛾和白蛾在整个实验之中都同时共存。唯一的变化只是两者的比例而已。那么为何具有聪明才智的人这么容易受欺骗，以为凯特尔沃尔这样的实验可以对达尔文主义大言不惭的人有任何支持的力量呢？我们必须看下面第四种描述自然选择论的方法。
自然选择是必要的哲学
美国国家科学院（nationalacademyofsciences）在最高法院作证时说，科学最基本的特点是单单“依靠自然性的解释”（naturalisticexplanations）而不能靠“人类理性不能了解的超自然的能力（supernaturalmeans）”。这些现代科学家认为超自然、不能接受的范畴之中，不但包括了神，同时也包括了非物质，引导生物向复杂进化的生命力，和任何有意识和自觉性（consciousness）或其它所有非物质性的存在。如果科学能提供任何关于生物为何变向复杂的答案的话，就必须从余下的物质范畴中找寻。自然选择论当然是余下的选择，也许也是唯一的选择。
在这种情况之下、也有许多人会采取一个很简单的抉择——达尔文主义必定是真理。对这样的人来说，如果还要钻研下去，唯一的目标只有查问：自然选择到底怎样操作？并且他们很可能开始向一些不寻常的现象（不能解释的难题）着手。他们认为达尔文学说根本没有受考验的必要了，因为除此以外，根本没有任何值得考验的选择。如果有任何人说，进化论不可尽信，会被赫胥黎（thomash．huxley），当年“达尔文的恶狗”，向怀疑者提出的挑战所征服，他问的难题其实很简单：“你还有什么其它的选择呢？”
我认为多数的科学家不会不寻问丝毫的实验证据，就安心接受。达尔文主义只不过是一个哲学上的原则而已。但是从态度上来说，要在实验室中挑剔一个受怀疑的理论，或找证据支持唯一可信的真理，两者之间会有天壤之别。我们已经看过，杰出的科学家毫无异议地接受了混淆人工选种与自然选择之间的推论。他们又竟然对重复赘述和逻辑推论的空言毫不为意。这些不合逻辑的思想不单仍然存在，而且还在不断地繁生，正如一个无能的生物种，在完全没有竞争的生态环境中得以苟延残喘。
如果自然选择的创造潜力不需要从正面去证实的话，那么，消极方面的反对证据也不可能推翻这个学说了。达尔文主义者已经演变出整套的辅助论据，提供似乎有理的答案解释任何的问题。例如，为什么活化石千百万年都保持不变，而它们的表亲已进化到像人这样的高等生物呢？对达尔文主义者来说，这并非难题。它们没有进化是因为适当的变异尚未发生，或者因为在“发生过程中受牵制”(developmentalconstrains)。或者说，这些活化石已经对环境有足够的适应。总而言之：它们没有进化是因为没有进化！
既然进化论的能力在于繁殖自己的后代，为什么有些动物当捕食它们的敌人出现时，会冒着自己的生命危险，发出信号警告同类、保护同伴呢？自然选择怎样可以促进这种自我牺牲的特征向无私舍己进化呢？有些达尔文学者将功劳归给“群体的选择”（groupselection）。人类国家之中若有个人愿意在战场上为国牺牲，则整个国家受益。同理，动物群体中若有自愿牺牲者，当然要比全部都是自私的群体有利。
有其他的进化论者耻笑群体选择论，推崇“家属选择”（kinshipselection）为牺牲精神（altrusium）的基础。既然牺牲自己可以保护下代或近亲，也就保证了个人的基因可以延续。自然选择可以在基因层面促进基因组合中有些个体产生牺牲行为，所以达尔文主义者可以避免自然选择论遇到的困难，将问题推到群体或基因的层面，解释一切。
达尔文主义者所拥有的武器中，最有解释威力的是“基因的多效性”（pleiotropy）：一个基因有很多种不同的功能。也就是说，任何影响一种功能的基因改变很可能也带有其它的作用。那么，真正的利或害就要看总的效果了。表面上看来有害的特征，很可能与其它有利的特征联合在一起。那么，自然选择的功效在乎选择整个组合了。
我认为要解释一切异常的事物与达尔文主义表面上的冲突，需求助于多效性，或家族选择，或发生的约制这些学说。这样的做法在基本上没有什么错误，只要我们假设达尔文基本上是正确的，就很有理由调整学说，迁就所观察的事实。问题是调整太多了，要综合起来找一个方法，审察一下达尔文主义是否正确时，才发现已经不可能了。显然不适合的特征可以归咎于多效性。或者说，我们不知道有利的地方何在。当所有的理由部说不通时，就索性推罪于“机遇”（chance）了。达尔文自己说：“如果能证明任何生物种内有任何的结构是为了其它种的利益而产生，我的学说就马上化为乌有，因为这些情况是不可能从自然选择而来。”但是达尔文又巧辩，坚持他从来没有说过自然选择是进化唯一的机制（mechanism）。
有一项附属的学说——性的选择（sexualselection）——是表现达尔文主义手法高明的例子。他们居然可以将顽梗不利的证据转化为他们学说的支柱。性的选择在今天只算得是达尔文主义之中的一小部份。但达尔文当年认为它几乎与自然选择论一样重要。（达尔文第二本名著《人的来由》（thedescentofman）的主要内容集中讨论性的选择。）孔雀艳丽的尾巴是性选择中最著名的例子。虽然它是雄孔雀逃避敌人时的累赘，但雌性喜爱它。所以，有庞大的尾巴会减短雄性孔雀的寿命，但同时又增加了生殖的机会。
这样的说法好像也有道理，甚至很有趣。但我感到不解的是达尔文主义者为何不以雌孔雀古怪的性趣味为怪。为什么自然选择会在所有低等的鸟类中，推出这样的一种，让雌性狂爱那些具有杀身之患的异性？这些雌鸟应该对异性尖锐的爪子和强壮的翅膀发生偏爱才对！或许对孔雀屏的爱好与其他极重要的特点，如坚硬的蛋壳有关连。那么为什么自然会选择如此古怪的遗传关连呢？但无论如何，菲秋马居然宣告：孔雀不是进化论者的问题，而是创造主义者应该应付的问题：
科学创造论者真的认为他们的创造主会造出这样一只没有六尺之庞大的尾巴就不能生育、而同时又容易被豹吃掉的鸟吗？
我不知道科学创造论者会怎样说，但我认为无论公、母孔雀都很可能是一位具备丰富想像力的神所爱好的。孔雀是“毫无情感、机械式的过程”如自然选择所不能容许的。
我们从菲秋马对孔雀的评论中可以看出，他的反问是辩论中常用的技巧之一；攻击是最好的防守。但同时，我们也看见，接受了某些哲学上的大前题，居然会使一位聪明的达尔文主义者面对着相反的例证时却视而不见。
朱里安·赫胥黎曾写下：“我们可以预料自然选择所得到的必定是可能性极微的产品；我们面对一个充满矛盾的颠倒现象（paradox），就是一个几乎不可能造成的产品，同时也可以用它来证明自然选择的功效是何等伟大。”如此建立起来的理论不必畏惧任何反证的力量。
自然选择是达尔文主义中最著名的要素，其实并不一定是最重要的一环。自然选择的真正功能只是保存或淘汰一些已有的东西。突变必须提供有利的创意，让自然选择促进引导。从此我要转到一个新的题目，所以需要开始新的一章了。
－审判达尔文第三章大小突变－
“进化论”一词涵义极广，除了霎时创造论（instantaneouscreation）之外，其它各家各说都可包容其中，难怪自古就有不少人思考进化这问题。达尔文最突出的贡献在于提供一个比较可能理解的机制（plausiblemechanism），藉此可以解释生物必须经过的变化，不必依靠神明的引导，或隐秘的生命力（vitalforces），或其它现时物质世界之中捉摸不到的力量。达尔文非常谨慎尽量避免“跳跃性”、突然大步跃进的“庞变”（saltations），例如一代之间即能产生新种的想法。庞变如今常称全身大突变（systemicmacromutations），对很多科学家来说，他们也有很充份的理由觉得这是不可能解择的现象，因为生物的整体是由极度复杂又互相关连的部分（parts）组成的。其中一个小部份已够复杂了。所有的部份靠机遇，可以同时同步突变成为有用的器官，是不可思议绝无可能的事。
用达尔文的话来说，大突变等于一个神迹。再极端一点来说，大突变几乎与特创论（specialcreation）没有什么分别。如果一只蛇蛋可以孵化出一只老鼠，我们可以称为即时进化，同样也可以称为特创论。即使一个复杂的器官如眼睛或翅膀突然出现的话，那就是神迹。达尔文断然拒绝这一类的进化论。他给查理·赖尔（charleslyell）的信中说：
如果我的自然选择论必项借重这种突然进化的过程才能说得通，我将弃之如粪土……如果在任何一个步骤中，需要加上神奇的进步，那自然选择论就不值分文了。
达尔文希望在生物学上创立一个广泛的理论，像赖尔在地质上的贡献一样：用自然及均变的（uniformitarian）原理解释最大的改变。就是说，用日常可见自然的渐变方法，和经过漫长的时期来解释生物现象。他知道他的学说最突出的地方就是比较科学化，他拒绝科学不能掌握的神秘主义，或超自然主义；坚持在哲学上彻底的唯物主义（materialism）。达尔文必须用无数微小的改变累积起来解释复杂或较大的改变，才能保持他唯物的立场。以下是他自己雄辩之词：
自然选择的工作必须靠极度微小并对生物有利的遗传改变，长期不断的累积而成；正如现代地质学几乎已经推翻了一次大洪水可以掏空整个大山谷的学说，自然选择论也可有相似的大贡献。如果这学说正确，我就可以否定神不断创造新生物种的信仰和生物界有突然大突变的意念。
托马斯·赫胥黎（thomash．huxley）从起初就反对教条式武断的（dogmatic）渐进主义。他在一封著名的信中警告达尔文说：“你这样毫无保留地接受自然界绝无大跃进（naturanonfacitsaltum）的观点，使你陷入不必要的困难之中。”其实要想达到他的目的，达尔文的确毫无必要冒这些危险，而且他真会有很大的困难。长远的历史显示，最大的问题是化石的记录。化石中没有足够的中间型（transitionalforms）作为达尔文学说的支住。达尔文的答辩很清楚，他说开始掘化石的人太少，所得的化石不多。这藉口在当年尚有相当的可信性，故进化论一时未有倒台之危。下一章我们再继续讨论化石的证据。
更重要的问题还是理论上的困难。不少器官必须有很多精密的基本组织彼此配合才可以发挥功能。眼睛及翅膀是最常引用的例子。但读者不要误以为这两个是特殊的例证，其实动物及人体中充满了同样神奇的例子。问题是到底“极度微小（infinitesimallysmall）个别都对生物有利的遗传变异，怎样可以累积”成大突变呢？无论在发展视力或飞翔如此复杂的功能的过程中，第一小步的改变开始时，若非配合其它各部份同时部署妥当，不可能对生物有什么好处。举例来说，试想如果古代一位炼金术家碰巧制造了一块微电子板，但因缺乏其它电子工业的配合，就算是再神奇的发明也毫无用处，必被弃置了。
斯蒂芬·古尔德（stephenjaygould）曾自问“一个极好的问题：即使有了百分之五的眼睛，到底有什么好处？”他继续猜测，当眼睛的第一小部份开始出现时，它可能另有用途，与视力无关。道金斯（richarddawkins）回应说：
一个古生物具有百分之五的服睛很可能要用这部份组织作其他用途，但我认为也很可能就用它来作百分之五的视力。其实我认为这个问题并不是一个好问题。如果在没有视力的动物身上得到了你我视力的一小部份，已经根有用了。因此，有百份之一约视力总比完全没有好。百份之六比五好，百份之七比六好，余此类推，不断可以渐渐上进了。
这种论调的基本误失在于“百份之五的眼睛”并不等于“百分之五的视力”。一只动物要有任何实用的视力，必须有很多重要的基本组织配合工作才能实现。即使有了一个完整的眼睛，如果没有适当的神经系统和智力去分析使用这视力的信息，对生存和繁殖都没有任何作用。我们试想一下，单凭机遇，所有的复杂组织都需要同时出现，并且马上发挥足够的功能，对生物繁殖下一代有利，这样的可能性到底有多少？
道金斯继绩复述达尔文对眼睛这个双关的谜（conundrum）的答案。他说在动物当中有可以算是一系列、不同设计的眼。事实上，单细胞动物中的确有些能感光的“眼点”，其中合有感光色素。在多细胞动物中，相似的眼点长在小杯状的组织中，还可以帮助增加方向感。古代的鹦鹉螺（nautilus）只有用小孔成像（pinhole）的眼，并没有晶体（lens）。而墨鱼（软体类）的眼中又加上了晶体，余此类推，似成系列。但可惜，这系列的眼睛并非不同复杂程度的眼进化的过程。因为事实上，这些眼代表不同的组织，而非一个组织渐渐复杂进化。
所以动物不同的眼如果真是进化来的话，它是经过不同途径进化而来。迈尔（ernstmayr）的论文中说，眼睛在不同动物中必定分别出现了四十次之多，所以他认为：“既然一个复杂的器官可以因为有利的缘故，重复地趋同地（convergently）出现，那么进化真是很有可能的事。”但是为什么这么多不同程度的眼不断地出现、而其中竟没有一个进化成更复杂的型态呢？道金斯承认他受鹦鹉螺眼睛千万年来毫无进化的迹象所迷惑，特别是因它已有了网膜，只等着一个晶体；而这个简单的改变，至今仍未发生。
翅膀在昆虫、鸟类及蝙幅身上以截然不同的形态出现，是另外一个常常提到的不解之谜。当那极微小遗传的改变开始逐渐累积的时候，有什么条件对繁殖有利呢？在道金斯的想像中认为可能，他说即使在手指之间出现了一小块的薄皮，也可以帮助动物跳得更远，或者保护它跌倒时不受伤。后来，当翅膀的雏型出现时，动物就可能开始滑翔了。再经过很多的进度渐渐累积之后，或者就可以开始飞翔了。可惜以上的假想故事中忽略了些严重的问题。当前肢渐渐改变趋向翅膀的时候，有一段漫长的时间，它不再利于爬树或掌握物件，使这假想的过渡期动物遭遇严重的不利。
登顿（denton）所著《进化论：处于危机中的理论》（evolution：atheoryincrisis）第九章有一段很精采的讨论，用鸟类翅膀来源的问题质疑进化论。登顿详细描写用以飞翔的羽毛构造精妙，毛与毛之间有连锁的小钩，与保暖的绒毛完全不同。
如果进化论是正确的话，羽毛必定是从爬虫的鳞片进化来的。谁能想像鳞片和羽毛之间的中间型是怎样的东西？鸟类的肺在结构上与任何假想的祖先更不相同，是进化论更大的问题。登顿却认为：
到底一个完全不同的呼吸系统，怎样逐渐从脊椎动物的常态，可以进化而来，是一个极难正视的问题。特别要记住，在整个进化过程中任何一段时列，呼吸的功能必须维持。只要稍有差错，几分钟之内必定死亡。就如羽毛没有小钩和小倒刺，并且同步进化到完全吻合之前，鸟不可能飞。同理，鸟肺不可能发挥它的功能。
渐进论描述的故事，是否真能进化出复杂的系统牵涉主观的判断。但是客观事实证明，以上的故事只是人的猜想。鸟类和蝙蝠的翅膀在化石中出现的时候，已经是发展完全的翅膀。从来没有任何人用实验证明，翅膀和眼睛可逐渐进化而来。所以既缺乏历史上的证据，又无实验证明，真可能像古尔德说的，“这些自然进化史中、‘就是这样’就进化出来的故事，不能说明任何问题。”你疑问我们现在讨论的，是科学呢，还是吉普林所写的寓言故事呢？
达尔文说：“如果有人能证明，任何现有的复杂器官，不可能是从无数连续的、微小的突变而来，我的学说就必完全瓦解了。”二十世纪中叶，美国著名的德裔科学家暨遗传学家、执教加州大学柏克莱分校的查理·戈尔德施米特（richardgoldschmidt）的确也下过同样的结论：进化论已完全瓦解了。戈尔德施米特向新达尔文主义者公开发出一个著名的挑战。他列出一连串的复杂结构，从哺乳动物的毛发到血红素（hemoglobin），他认为都不可能由小突变渐渐累积而来。正如格拉斯（pierregrasse）一样，戈尔德施米特总结，达尔文的进化论所可能解释变异的范围不可以超出生物种之外。但跟格拉斯不一样的地方，他认为生物种以上的进化必定由大跃进式的大突变而来。虽然他承认，绝大多数大规模的变异会产生不能够适应、无希望的怪物。但他又认为在极罕有的情况之下，或许其中有一个幸运的意外机会，产生了一个“有希望的怪物”（hopefulmonster）。它成了新种的一员，可以生存并繁殖下去。（问题是它的配偶又何在？）
达尔文主义者向这异想天开的建议，施尽讥讽的能事。正如戈尔德施米特自己说，“他们现在不但认为我是疯子，还当我作严重的罪犯看待。”古尔德引用乔治·奥威尔（geeorwell）的小说《1984》里面描写的，每天“用两分钟去‘反人民的敌人——艾曼努埃尔·戈尔施泰因（emmanuelgoldstein）”的情形来比对达尔文主义者如何对付戈尔德施米特。充满毒恨的表现，说明达尔文主义者对他们拥抱的学说有深厚的情感。他们讥笑戈尔德施米特却有科学的理由。如果戈尔德施米特真的以为所有复杂、关连的组织可以从一个世代的全身大突变而来，他等于鼓吹神迹一样，毫无遗传学或实验的证据。突变公认是从复制脱氧核糖核酸里面遗传讯息时偶然的错误所引起。承认这样靠偶然机遇能产生一个像肝脏或肾脏那么复杂的器官，有如提议改良手表的方法可以将一只旧手表扔向石墙一样。达尔文主义者说，适应性的大突变是不可能的——更不能重复发生。因此，所有的复杂器官必定是经过漫长岁月、逐渐累积微小突变而来。
现在我们必须处理另一项极端重要的错谬（fallacy）。大突变不可能产生进化，并不证明小突变就一定能够，或者有机会能够解释进化。如果我们将所有必须考虑的条件综合起来，用统计学计算，达尔丈主义者所拥护进化论的可能性，大概与戈尔德施米特大跃进式的大突变一样不可能。新达尔文主义遗传学家建议的小突变，对生物的利益微乎其微；而且时常小到不能测度的地步。这个前题（premise）非常重要。正如道金斯说，“几乎所有实验室中研究的突变者已经相当大了，否则遗传学家不可能认辨出来，而这些突变对生物都有害。”但是，如果所需的突变是非常小，小到看不见，而又如果有很多（数百万次？）适合的突变不断地产生，那么经过长久的时间，当有需要时，就可以产生复杂的系统了。
所以，达尔文主义进化论能创造出复杂器官及新种的可能性有多大，要看几项主要条件。一是要看有利小突变的总数需要多少，还要看这些小突变在适合的时、地出现的频率，加上自然选择的功效到底能保留多少有利的小变化，并且能持之以恒，让这些变化累积起来！最后，要看在化石记录容许的时间以内是否能完成一切工作。非考虑以上所有的条件，并一一计算其可能性，我们没有办法知道小突变的累积是否真比大突变进化的机会更大或更小。
有些数学家的确作过这些计算。结果他们与达尔文主义的领袖发生了非常激烈的争论。1967年美国费城威斯塔研究所（wistarinstitute）会议的报告非常引人入胜。我认为最值得深思的不但是数学计算的挑战，而且包括达尔文主义者回应所用的逻辑。数学家乌兰（d．s．ulam）认为眼睛的进化不可能由累积小突变而来，因为需要小突变的数目太大，而时限又太短。彼得·梅达沃爵士（sirpetermedawar）和沃丁顿（c．h．waddington）回应居然指责乌兰治学的方法本末倒置。他们说，事实上眼睛已经进化出来了，所以数学上的困难只是表面的问题。恩斯特·迈尔（ernstmayr）分析乌兰的计算、认为他基本的假设可能错误，总结说，“只要适当调整一下数字，我们就安然无事了。我们最大的的安慰是进化论已经实现了。”
达尔文主义者好像已经尽力保持通情达理的态度，但是乌兰提出的那些数学方程式好像证明地心吸力太弱，我们都要漂浮到太空去一样，不能接受。对他们来说，达尔文主义不是可以公开让让外人批判的理论，而是一项事实，只需要数学提供一些可以接受的注释而已。法国数学家舒曾贝尔格（schutzenberger）发言之后，争论达到白热化，因为他总结说：“新达尔文进化论尚有很大的缺口，我们认为这缺口之大，是现今生物学概念所不能缝合的。”沃丁顿以为他知道这种论调引致必然的结论，故反唇相讥：“你要证明的结论很简单，生命必定由特别创造来的。”舒曾贝尔格（和听众中无名氏的声音同时）大声说“不！”可惜，数学家也没有提供任何其它的选择。
小突变与大突变之间差异太大。我们可以预期必定有人企图将双方的距离拉近一些，或者可以避免两个极端的短处。古尔德1980年发表的一篇科学论文，提出“新的广义学说”和一篇大众化的文章“有希望怪物的复苏”（thereturnofhopefulmonster）曾作融合极端的尝试。古尔德希望“驯化”那怪物，并且为戈尔德施米特翻身。并说，戈尔德施米特的原意并非真正说：“新物种可以因幸运的大突变，完完整整地突然出现。”古尔德解释，戈尔德施米特的原意是可以与“达尔文主义的精粹调和”。
试想，微小的遗传改变使不连续的变异在一个成长的生物身上出现，如果这生物与同类保持和谐关系，从此这较大有利的变化，可以在群体中藉达尔文的方式传播。试想，这项大改变并未一下就产生完全的形体。但可以成为新的适应过程中的一条钥匙。既有了这关键性的适应，自然选择的压力也可能有深远的改变。当然要继续进化到成功的地步，尚需一大系列在结构和行为方面相辅相成的改变；不过余下的改变可以循传统、缓慢的途径渐次完成。
据古尔德的说法，我们要作这么多试想和假设来理解进化。因为除此以外，想在古代生物及其后代之间，“发明”一系列合理棗又必须是活生生、有完善机能的中间型生物，太困难了，所以始终我们还需接受“许许多多间断大突变的例证”。古尔德说的（他说也是戈尔德施米特说的）突变是指胚胎发育过程中具有调节性的因子。他们想“在胚胎学上早期的改变，可以在生长过程中累积影响力，在成体中产生更深远的差异”。这些变异必须如此运作，因为除此以外，古尔德不能想象还有什么方法可以使主要的进化改变实现。
古尔德在《古生物学》（paleobiology）科学杂志上发表了一篇重要的论文，其中宣言对戈尔德施米特的支持更加明确，并且他还宣布新达尔文主义的合成论简直死了（effectivedeathofneo-darwiniansynthesis）！在死了的正统理论之上，古尔德高举一个“崭新的对生物种形成观念的基础和典范”。他引用戈尔德施米特所坚持的话：“新达尔文进化论……是导致生物种范围内多样化的过程。……但进化最重要的关键，迈向大突变的第一步，就是从一个生物种变为另一种，不是单单累积小突变可成功，必须有一个新的进化方法。”至于复杂器官的进化，古尔德否定信赖“跳跃性的大突变可以产生新的设计”。他提议“最关键性适应的主要特征可能有大突变的渊源”。换言之，古尔德努力调和达尔文主义和戈尔德施米特学说之间的分别。
这样，“有希望的怪物”暂时复苏了，可惜它带来的希望不久又烟消云散了，因为现今最有权威的达尔文主义者迈尔，在其著作中指责古尔德故意忽略戈尔德施米特鼓吹那不可能实现、一代之内迅速完成的全身大突变，使得完全误解戈尔德施米特的学说。迈尔写道，“其实戈尔德施米特重复强调大突变这重点。例如他赞同并又引用奥托·欣德沃尔夫（ottoschindewolf）的建议，居然说第一只鸟是从爬虫的蛋中孵化出来……。”迈尔本人相信某些较大幅度的突变或许也有可能，但他找不到任何证据支持大突变曾多次显现。其实他认为达尔文主义足以解释一切新的进化，所以根本不需要依靠大突变这种方法。
道金斯在《盲目的钟表匠》一书中指责戈尔德施米特，并且批评古尔德努力为他翻身。道金斯说，“戈尔德施米特的难题……其实根本不是一个问题”，因为用渐进方法完全可以解释复杂器官的来源。他如此夸口意思好像说，复杂适应系统，一步一步进化，只不过是理念上的可能性，并没有任何方法可以证明事实上真的发生了。他引用蝙蝠奇妙的声纳（sonar）一样的回声定位（echolocation）系统来比喻现代高科技社会的产品，可以用来作自然选择能够解释复杂系统的发展，否则反成为证明创造者（造表者）的证据。道金斯说得很对，如果达尔文进化论可以制造出一只蝙蝠，它当然也可以制造出任何其它生物了。可惜，他忽略了证明进化论的确有这样的创造能力。我们可以想像，蝙幅的声纳可能一步一步地进化来，而且拥有回声定位的能力会有很大的利益等等。但是我们何以知道，这故事是历史上的事实，或者是真有可能会发生的呢？
一般来说，道金斯严守达尔文主义的渐进论，但他也发现有时不得不附和比较温和的大突变论。就是说，“有些突变虽然有极大的影响力，但本身并不一定很复杂。”他用蛇为例，有些现代蛇脊椎骨的数目比它们假想的祖先更多。脊骨多少的改变必须是整数。并且“完成这项工程，不是随便加一块骨头即可”，因为每块脊骨都必须有一套特别的神经、血管和肌肉的配合。这一整套复杂的组职，必须同时一齐出现，才有任何生物上的意义。但“我们很容易相信，一条比父母多几块脊椎的蛇，很可能是经一次突变就造成了。”道金斯说：“这样的事很容易引人置信。因为这种改变只增加了已有的结构，使成长的蛇看来好像有很大的大突变。但在胚胎里面，这些改变很可能只是微小的突变而已。”意思是说，当胚胎发育时的号令有轻微的改变，很可能就导致成长的个体上有很大的变化。
古尔德可以随意去假设，而道金斯也可以任意轻信他定意要相信的空言，但无论是假设或相信，都不足为科学的解释。事实上有无任何方法可以证实，控制胚胎发育的基因，经过突变就可以提供进化论所需要的一切支援呢？很多生物成长以后形态各异，但在胚胎时期却比较相似。所以在控制发育程序上有了一些简单、但又是基本的突变，可以导致胚胎转向发展，这样的想法好像有相当大的可能性。原则上这正是我们期待人类遗传工程将来能达到的地步。从这门学问近年的发展来看，不久将来真可能有这样的成就。
试想如果经过大规模的研究工作，科学家果能将鱼类胚胎的遗传程序改变，使鱼类发育为两栖动物，这样遗传工程上假想的凯旋，是否能证明古代两栖动物的确是从鱼类，或者说，可能是从鱼类用同样的方法进化来呢？
不，不可能。因为古尔德等人假设的大突变，指明是偶然、随机遇、无目的突变，不是用人类智慧（或神）精细计划达成的改变，如果在我这文字处理的软件中，胡乱作一个毫无计划的改变，很可能使我写的这篇文章变成毫无意义的胡言，但绝不可能将文章翻译成外文，也不能使这篇文章变成有条有理、描写其它东西的字句。鼓吹发育期大突变的人，必须证明胚胎发育程序不单可以受遗传改变，而且更要证明进化过程中主要的变化都是由无定向、胡乱的突变所造成。
如今凌驾进化科学最基要的大前题，好像是说：只要猜想进化怎样可以成功，不必实验证明就足够了。这些学者最基本的想法就如伟定顿、梅达沃，和迈尔等人受到数学家挑战时求助的原则一样；自然界必定提供了进化所需的一切条件，否则进化不会成为事实。换一句话说，如果进化需要大突变，那大突变一定可能；或者如果达突变是不可能发生的话，那进化论必定不需要它了。进化论本身就可以具备一切必须的证据。
如果达尔文主义者面对这一切的问题而感到有任何不安（其实大多数都不会不安），反对达尔文主义学者的处境也好不了多少。伟大的遗传学家戈尔德施米特也要降低标准去拥护遗传学上明知不可能的学说。伟大的动物学家格拉斯也提不出更好的学说，只能说：“生物进化时不知怎样就获得了一套崭新的遗传信息，可能由于一些不明的‘内在因素’（internalfactors），而这些现象在现有的生物中已不能观察（可能是根本不复存在了，或者因为我们看不见）”。格拉斯深知这种论调会“引起很多生物学家的猜疑……因为，它会召回当年生机论（vitalism）的鬼魂，或者其它引导生物命运的神秘力量……。”他多次否认他完全没有生机论这种想法。但疑心既起，即使变魔术也变不掉了。否认又有什么作用呢？
这些例证让我们明了为什么新达尔文主义面临这么多难题，甚至在即将败亡的风雨中，仍站正统地位。如果新达尔文渐进论（gradualism）一旦因不能解释大突变大跃进，和复杂器官的来源而被抛弃，大多数生物学家仍然会信仰进化（戈尔德施米特和格拉斯从来没有怀疑过进化论已成事实）。但他们将失掉进化的“理论”。唯物主义的科学家蔑视创造论者，因为他们诉诸不可见的创造者，而且创造者超自然的力量是现今世代中观察不到的。如果进化科学也要依赖神秘的力量引导，或遗传学上不可能的转变，像达尔文这样在哲学上持唯物主义立场的人，必定认为是胡说八道。
到此为止，我一直着重讨论流行的新达尔文合成论在理论及实验方面的困难，暂时避免了谈论化石的证据。但进化现象基本上是一个历史的问题；只有历史才可以告诉我们过去的事迹。所以下一章我们要讨论最直接的证据，就是化石的记录。
－审判达尔文第四章化石难题－
至今一般都以为既然地层中埋藏着大量已经绝了种的生物所遗留下的化石，那么这化石必定是进化论最好的佐证了，绝大多数人都不知道达尔文主义最大的敌人并非神职人员，而是化石专家。19世纪初叶，最流行的地质学理论是大灭绝论或灾变论(catastrophism)。法国科学家、古生物学之父居维叶曾极力提倡灾变论。他相信地层的记录显示的模式分明可见古代的环境曾发生多次突然的剧变(大天灾)，大量不同的生物种都因此灭绝了。随之而来的是一段创造的时期；很多新的生物种就突然出现，而这些新的物种却没有留下任何痕迹显示它们是怎样进化来的。
到了达尔文的时代，居维叶的灾变论渐渐失势，被查理·赖尔棗达尔文的一位年长的朋友棗所倡导的均变论所取代。赖尔认为，自然界巨大的改变是由极长期、每日渐变的力量积累之后才产生大变，故解释自然界的剧变为果而非因。我们现在回顾达尔文所提出的进化论是必须依循赖尔这种逻辑，但是赖尔本人却不能接受生物进化的思想。当时也有不少熟悉化石证据的人同样不能接受进化论。
早就有人指出，生物分类学上属于各种大类的生物(如不同界、门、纲、目)各有其不同的基本结构，各大类之间极少有中间型(intermediatetypes)。那么这些间断的种类之间的环节到底在那里呢？忠心支持达尔文的赫胥黎也为缺乏连接的中间型而烦恼。他多次私下警告达尔文，如果要让他的理论符合证据，他必须容许大步伐、跃进式的进化。
达尔文自己也问过同样的问题：
如果一种生物演化成另一种的过程是借着难以了解的微小的步伐，那为什么我们不能到处找到大量的中间型呢？为什么我们在自然界找到的生物都是种类分明，而不是相似难分的呢？
他用灭种的理论来解释。灭种是“适者生存”推理的另外一面，当经过改进的新种出现的时候，它的父母可以说是已经不够适应了。这样，“如果我们看每一种生物都是从另一种不知名的生物传下来的话，那么它的父母及其他过渡期的中间型应该被这新的、更完美的新种消灭了。制造新种的过程就同时消灭了旧种。”达尔文用这个因过时不适而灭种的理论来解释为什么他的进化论好像与事实不符，因为研究现今的生物界，我们观察到的物种(和各大类)都是分立和稳定的，而且各类中间只有极少数的中间型。他说各类分立的生物之间原本是有中间型的，只因不再适应环境所以消失了。
但是，这些必须有的中间型不但从现今的生物界消失了，而且在化石中也找不到的话又怎样说呢？达尔文自己承认，根据他的理论推断，“在现存的生物种及已经绝种的生物种之间必须有极大数目的过渡环节和中间型。”因此我们可以想象地质学家应该可以不断发现中间环节的化石证据了。可惜事实却恰恰相反。地质学家所发现的新种或一组的新种都是突然出现，而不是经过一系列的演化而形成。达尔文承认化石的证据是“最明显、反对我的进化论的理由”。这就是“所有著名的古生物学家……和伟大的地质学家……都一致(甚至有时极力)主张物种是绝对不变”的理由。
达尔文还振振有辞地辩说，化石的难题虽然是非常严重的问题，却不能算是进化论的致命伤。他主要的理由是化石所保留的证据极不完整。化石是要在很特殊的情况之下才得保存下来，因此世界各地所有的化石床也不能反映一套完整不断的记录，所以化石所显示的只是很多短暂年代的写照，各年代之间又有很长年代的空白。还有，他认为即使有这样的证据，我们未必能从化石中认出祖先和后代之间的关系，除非我们可以找到一套完整的化石链条。将两个种的关系显示出
来，否则我们可能认为这两个是完全无关的种。有时达尔文在字里行间暗示缺少中间环节就是化石不完全的证明。这样的态度就好像他预知他的理论就是绝对的真理，可以反过来批判证据的不足。他说：
我不愿意假装不知道物种突变的记录是何等的贫乏，在保存得最好的地层中也找不到大量的过渡生物来连接每一地层前后所出现的生物。这是我的理论最大的困难。
虽然事实太不争气，达尔文在化石这个难题上已经尽了全力，但是在某些问题上他也只能坦白地说：“我不能提供满意的答案。”当他写下面这类的话时，他好像有一点绝望的表现：“自然界好像故意隐藏证据，不让我们多发现过渡性的中间型。”但是达尔文却没有失去信心，他唯一的问题是怎样解释为什么化石给人错误的印象。
在此我请读者停一停，跟我一起想一想，一个客观毫无偏见的人生活在达尔文的时代，当《物种起源》一书出版之后会怎样看这一场关于进化的争论。一方面反对达尔文的理由并非基于宗教的偏见，因为怀疑派人士包括当代著名的古生物学及地质学的领袖。但另一方面，达尔文为化石证据不足的辩护也不能说是完全没有理由。不过要点是，他只能作消极的辩护。客观来说，化石所能保存的资料很可能真是漫长的地质年代中的一些片段而已。而各地层之间也可能有足够的时空让一些生物进化的过程实现。不过，承认理论上有空缺是一回事，绝不等于有权力将理论所需要的证据随意填进那空缺就算了事，所以达尔文的辩护顶多不过说明缺乏化石的证据不能算是进化论的致命伤。然而缺乏证据绝非任何理论的优点！
如果达尔文和他的信徒诚心要找一个方法来测验他们的信仰，他们的确是可以用化石来考验。达尔文坚决肯定过渡性中间环节的数目必定非常庞大，他甚至说大到不可想象(inconceivable)。但当年并没有找到很多中间型，因为在1859年全世界还有很多化石床还没有仔细地搜查过。当时的探察者可能也不知道到底要找什么。一旦古生物学家接受了达尔文的学说作为可以暂用的假使，搜查更多新的化石床，协助证实达尔文主义，你想达尔文学说的困境必会好转，假以时日化石的记录必会改观，越来越像达尔文所预料的一样。是吗？
可是对一个怀疑者来说，只许成功不许失败的考验并非真正公平的考验。请想一想，如果科学界所有的人都热爱了达尔文这学说，达尔文主义很快就成了正统思想，变为不可抗拒的浪潮，其威力之大连当时最有声望的科学家，如哈佛大学的路易·阿加西斯也不能抵挡。他因不肯随着潮流改变，附和进化论而突然被人嫌弃。试想古生物学家疯狂地投入这个新学说，甚至在研究化石时单单发表支持进化的发现，而不支持进化的证据就被搁置隐藏起来，这种歪曲真理的情况何等可怕。以下我们要详细地看一看，上述的情况并非幻想，而是史实。表面上达尔文主义似乎通过了化石的考验，但事实上是多年来科学界的人不肯让它垮台而已。
达尔文的理论不仅推测化石演变一定会被发现，而且还暗示真正完整的化石记录一定会显示演变的存在，我们关于物种恒定的想法会在持续变化的过程中被证明是一种专断的观点。达尔文主义者还有一个关于物种灭绝的重要论断，物种灭绝是生存竞争的必然结果，达尔文认识到他的理论需要一个比进化更加和缓的灭绝模式：
以往较旧的想法，以为地球上的生物在不同年代被大天灾毁灭的看法，已经被人遗弃。那些地质学家……他们基本的看法自然会引导他们作这样的……结论，所以，我有理由相信在一群生物之中，一个种灭亡的速度一定比它出现的速度慢。如果在图表中用一条直立的直线来代表某一种生物在地层化石中出现的年代，而线的粗细代表个体数目的大小，那么这条线的上端逐渐变细(意味着灭绝的速度)一定比下端渐渐变细(意味着物种出现速度)更缓慢。不过，偶然有些生物如菊石类(ammonites)在第二纪却突然神秘地消失了。
物种渐渐不断地消失是生物逐渐被更适应环境的后代所淘汰的必然现象。但是，如果大多数古生物的灭亡只限于几次地球上的大灾难(例如地球温度突然变化，或者地球受外太空流星撞击)，在这些大灾难的情况之下，生物能否生存可能与平时适应与否无关，残存的生物不死最大的原因很可能是够幸运而已。这样，只要搜查新的化石床，找中间环节，并且研究生物灭亡的模式和大天灾的关系，就可真正考验进化论是否正确。
虽然达尔文反对大步伐的进化引起以后科学界持久的争论，但是在达尔文有生之年，进化论大大胜利。在始祖鸟(archaeopteryx)棗一种有几项类似爬虫特征的化石鸟棗被发现之后，很多人以为全套进化论所需要的一切化石证据已经找到了。从此以后，找化石成功的故事不断传出。先是说找到了人类的始祖，然后有像哺乳动物的爬虫和一套似乎完整无缺马的进化记录等等。乔治·盖洛德·辛普森将古生物学纳入新达尔文主义合成论中。他宣告化石已经证明达尔文是对的。这项宣言历代以来被当作事实传授给学生物学的学生。1980年哈佛的古尔德说，“美国最新、最有分量的生物学导论的课本”也基于化石证据支持合成进化的理论。他说：
广进化论(macroevolution)，就是进化上较大幅度的改变，是否能够用微小的改变(microevolution)来解释呢？鸟类的来源是否真的本于爬虫，渐渐积累像鸟的基因，如紫红眼睛等基因而改变成鸟类呢？
答案当然是可能的！而且没有人可以提出更好的解释……化石的记录说明广进化的速度的确很缓慢。慢步的进化必须如前例所说的，积累取代几百到几千个基因而形成。
可惜，上面引述最后的一句话是假的！古生物学家早就知道是假的。
在70年代，古尔德、尼尔斯·埃尔德里奇及斯蒂芬·斯坦利已经撰文重新评估化石的证据。古尔德和埃尔德里奇提出一项新的学说，他们称之为“间断平衡”(punctuatedequilibrium)(蔑视的人称它punkeek，废物之意)，目的就是希望解决化石的困惑：为什么对世界各地地层长远而又广泛的探索所发现的今天所有的化石整体来说，仍然不能解释1859年不能说明的问题？古尔德说：
绝大多数生物化石的历史都包涵两个与渐进式的进化论有冲突的特点：
1.稳定：过去绝大多数的生物活在地上的时候都没有显出任何进化或退化的现象。多数物种在地层中出现时与它们消灭时的外形几乎是完全一样的。即使有外形的改变也都十分有限，并且没有显示进化的一定方向。
2.突然出现：世界各地调查的结果证实，任何物种并非由始祖逐渐改变而来；相反的，各种生物出现时都已经“全部完成”了。
总之，如果进化的要意是解释一种生物可以渐渐改变成为另一种生物，那么化石证据最大的贡献就是说明进化论没有任何根据。当然进化论者也可以强辩说，因为中间环节没有被地层保存下来，所以生物种“好像”突然消失。但是，稳定的现象棗所有生物化石所显示的完全没有基本的方向性的改变棗是一种积极有力的证据，证明没有进化。我说的不是偶然有这样的例子；而是说，所有化石显示的趋向都是如此。
根据斯蒂芬·斯坦利所著的《进化新时间表》一书，在美国怀俄明州的大角羊盆地(bighornbasin)埋藏了500万年连续不断的化石记录，而这段时间又正好是哺乳动物在地球上出现并开始征服全球的时期。由于这些记录非常完整，很多古生物学家确信生活在这盆地的生物群体中必定有些化石，可以串连起来，为连续不断的进化过程作证。但事实却恰恰相反，很多被认为是祖先的物种，竟然跟其“后代”同时存在。并且，“整个化石记录中竟没有一处清楚显示任何生物从一种转变为另一种”。而且，物种在从化石记录中消失之前平均约100多万年的时间里基本上没有任何改变。斯坦利以蝙蝠和鲸鱼的来源为例，证实达尔文渐进主义不可能克服的难题，就是面对化石稳定不变的证据怎样解释在1000万年(或稍多一点点)的时间之内，从同一种的哺乳动物可以渐进演化出蝙蝠和鲸鱼这两种完全不同的动物来！
假设我们想用已有物种逐渐演变的办法生成一只蝙蝠或鲸鱼，又如果每一个“长期种”(chronospecies)的平均寿命都有100万年(或更多一点)，而事实上，我们只可能在1000万年的时间之内完成这项任务，那么，我们用最紧凑的方法也只可能将10到15个“长期种”连接起来，串连出一个连续的系列，就要将一只低等的哺乳动物祖先演化成为蝙蝠和鲸鱼，这简直是荒唐而不可思议的事。“长期种”本身的定义就是逐渐改变而经长期的进化才产生一个新种。每种的变化不会太大。那么一连串10到15个这些种，或者可以使一只像小鼠一样的动物改变成稍有不同的动物；它或者可以算是一个新属(genus)的动物。但绝对不可能成为一只蝙蝠或鲸鱼！
显然，斯坦利需要有更快速方法来解释哺乳动物的演变。他只有依赖完全没有经过考验的学说：随机的突变可以更改“调节基因”(regulatorygenes)，从而变更胚胎发育的过程，因此在一代之间就可以产生完全不同的生物。到底这算不算是广进化呢？我们来看看古尔德及埃尔德里奇在进化论方面提供最重要的一个概念“间断平衡”怎样解释新种的形成。他们说，新种(speciation)很快可以形成，只要在一始祖分布地域的边缘有一小组的个体与主流之间产生了分隔，就可以完
成。自然选择的压力可能在某一生物种分布边缘地区向侥幸生存的群体发出最大的效力，并且幸免死亡而存留的异种很快就可以在这数目很小被分隔的群体中散布。这样，一个全新的生物种就可能在大群体的边缘产生，并且不留下任何化石的痕迹，因为化石主要是从大群体中的动物遗留下来的。这样新种就好像在化石记录中突然出现，然后渐渐分布到整个始祖种群占领的地区。
间断平衡说解释，既然化石记录已平衡不变为主，那么，新种的出现必须从大步的广进化而来。埃尔德里奇及古尔德认为，广进化与新种的产生是不能分离的，因为在一个大群体中，“基因的流动”(geneflow)由大量的杂交趋向中庸反而成了进化变异的障碍。这样也可解释为什么化石记录中的种都不改变，因为整个群体并不改变。重要的进化变异是在边缘、被分隔的小群体中进行，然后新种出现之后在重新突然回到始祖的群体中。
可惜大多数的进化论学者并不接受埃尔德里奇和古尔德的学说，他们反对进化的改变与新种的产生有密切的关系，因为在一个动物种之中就可以有很多不同变异(正如几百种不同的狗一样)。相反地，不同的生物种常常在外表形态上几乎无法分辨，所以，新种与同种内的变异似乎是两个不同的现象。至于“基因的稀释”或“基因的流动”在一个大群体中是否真正阻止改变，仍然是理论上未解决的争论，而子代形成之后才重新加入亲代种的学说又没有证据支持。菲秋马说，若有的话，“也只有极少”的例证可以显示始祖型与改变后的子代在同一地区共存。
因此，再加上其他的理由，正统的新达尔文主义者喜欢用传统常用的论调，以化石记录不全来解释为什么新种会突然出现。而衡态不变和稳定的现象，正好反映了他们偏爱的“镶嵌进化”(mosaicevolution)和“稳定选择”(stabilizingselection)。“镶嵌进化”是指动物柔软的部分可能在“无形”中进化，而可以变为化石(硬)的部分看来还是一样。“稳定选择”则认为，自然选择可以消除所有的变异而防止改变。这就是有时虽然经过数百万年的时间环境的改变，仍未能看出新的适应改变的原因。在此，自然选择又以同义反复的姿态出现。不论变或不变，都可以用它来解释。这样，自然选择岂非万能？
如果达尔文主义享有“先验的(apriori)真理”的地位，那么化石证据的难题只不过是进化的过程没有记录而已。但是如果从另一方面来看，达尔文主义只不过是一项科学的假说，用化石就能加以证实或证伪，那么间断平衡所引起的争论，真正重要的意义不在乎古尔德、埃尔德里奇和斯坦利所提出的解答，而在于他们引起争论的原因。我认为没有必要怀疑间断平衡可以作为解释进化论的一个模式。有些情况之下，如夏威夷的果蝇繁衍出不同的种，就显示出一个生物种迁移到新环境之后很快就能多样化，所以重点不是物种分布的边缘地区是否很快能产生新种，最重要的是察看这种机制能否解释超过种以上的进化。相对来说，种的变化还是非常狭窄的范围，而且这种过程是否真如达尔文主义者所说，并不产生身体特征上主要的改变？
试想斯坦利所提出的，以鲸鱼和蝙蝠为例的难题，就是同一纲(class)中的动物的改变。没有人主张一个原始的啮齿动物可以在一次改变之后就变成鲸鱼或蝙蝠。有没有“调节基因”的突变帮助也不是主要问题。重要的是进化过程中必须留下许多个中间型的生物。其中也有一些必定有相当的数目，并且在地上生存一段较长的时间。但为什么这一切“必定有的情况”，居然完全没有在古化石中留下记录呢？当然有一些中间型可能不太适应环境而活不长久，特别是要将脚改变成鳍或翅膀的中间型难以生存。无论如何，提出这些问题对达尔文主义者的故事毫无助益。
当然总有一些进化的过程没有在化石中留下丝毫可考的痕迹。但无论如何，我们不能完全靠聪明的借口来填满一切空缺。在各大类的生物如门、纲、目之间的空缺不但普遍存在，而且它们之间的鸿沟简直太多了。请问，除了不可见的边缘分隔的解释之外，还有任何其他的想法吗？
在化石记录问题中，使达尔文主义者最头疼的是寒武纪大爆炸(cambrianexplosion)。大约6亿年前，几乎所有动物的“门”(phylum)同时在地层中出现，完全没有达尔文主义者所必需的祖先痕迹。正如道金斯所说，“这些动物化石就好像有人故意放进去一样，完全没有进化的历史可以追寻”。达尔文在世时还没有证据显示寒武纪之前有任何生物存在。他在《物种起源》中承认“这现象目前仍未能解释，而且的确是可以用来作为有力的证据打击我现在要讨论的观点”。达尔文又说，“如果我的学说是确凿的，寒武纪之前的世界一定充满各种的活物。”
近年，在地球最古老的岩层中找到了不同的细菌及蓝绿菌的化石，而且一般都认为这些单细胞的生命可能在40亿年前就出现了。细菌及蓝绿菌是属于“原核细胞”(prokaryotes)，它们没有细胞核，也没有其他的细胞器。比较复杂的“真核细胞”(eukaryotecells)较后才出现。接着有数十组独立的多细胞动物相继出现，但它们彼此之间没有任何可见的进化过程。达尔文学说要求在单细胞与昆虫、海虫及蛤蚌等各类之间有悠久的时间和多种的中间型。可惜这一切必须的证据都找不到，连借口也难寻。
寒武纪大爆炸的问题渐渐为现代读者熟悉，最大的功劳要归于古尔德的那本描述伯基斯页岩中寒武纪化石重新分类的佳作《奇妙的生命》(wonderfullife)。古尔德认为，首先发现伯基斯页岩化石、并首先作分类工作的查理·沃尔科特，故意将这些新化石“塞进”以往分类学上固有的框框中。他这样做的动机出于他对于前寒武纪化石的解释偏向“假象学说”(artifacttheory)。古尔德说：
100多年来，关于寒武纪缺乏始祖的原因，有两种对立的解释。一方面是假象学说(认为前寒武纪已有生物始祖，但它们并没有遗下化石)；另一方面是“迅速转变学说”(fasttransitiontheory)(认为前寒武纪根本没有始祖物，至少没有可以辨为复杂无脊椎动物的始祖。那么，进化过程必须在短期之内产生现代所有各类型动物身体的结构。这样惊人的快速跃进，威胁着我们一般认为进化改变应遵循庄严稳重步伐前进的思想)。
最近研究显示，伯基斯页岩化石中有15-20种与已经成立的种类全无关联。那么，每一种应该归入不同的新动物“门”。另外有同样数量的种或可归入现存的动物门中，但这些化石的体型结构仍然与众不同。所以，现有一般动物的始源概观，首先是各类体型动物突然同时出现，后来又有大量的灭绝。此后，地上再也没有出现新的动物门。现今生存的动物在最早期(前寒武纪)的化石中并未存在。而既有的动物由始至今仍属同样分类的系统。这样看来，或者可以说动物有一些进化，但一切的改变都限于已有的类型之内。而所有各类型是怎样来的？全无记录。所以古尔德宣称，重新将伯基斯页岩的化石分类，等于为“假象学说”敲了丧钟，因为：
如果进化可以在前寒武纪突然造出十个动物门，马上又将它们消灭，那么寒武纪之后存留的种类又如何呢？为什么它们又需在前寒武纪留下漫长可敬的家谱呢？为何它们不能像伯基斯页岩的动物一样，如快速转变学说所建议，突然在寒武纪就出现了呢？为何不用最直截了当的办法解释化石的记载呢？
传统的达尔文主义者会说，从单细胞直接突变出25-50个复杂的动物门，而不经过漫长中间型不断演替的过程，至少在遗传学上是不可能的。像古尔德这样描写的“进化过程”是与达尔文及其继承者所想象的完全不同，应该用不同的词来代表，达尔文的进化模式，古尔德称为“不断多样化的圆锥”(coneofincreasingdiversity)。就是说，多细胞动物的历史是应该由最少数、最简单的钟逐步演化而来。因此，在寒武纪出现的十多种动物的基本体型结构的化石也必须经过漫长逐渐的过程，由简单的形式变化而来。而且，这个圆锥的扩展不应该在寒武纪之后突然又停下来。如果恰恰相反的事实尚未暴露，达尔文主义者必然仍怀信心、期待着这几十亿年以来进化过程可以产生很多新的动物门呢！
相反，我们所见到的是所有的体型构造首先同时都出现了，其中有很多跟着灭绝了，余下的继续繁衍，但没有一样不在原有的规范之内发展。这些寒武纪原有的类型本身的来历，没有任何可知的历史，因此，提供进化历史的假象学说既然失败，就必须抛弃。或许在极少数的类型之间可能有少数的中间型，但其中也没有任何一项能被证实。此外，在单细胞与复杂动物之间所有的关联只不过是像迅速转变之类的空言而已。如果把这种非达尔文主义的脚本称为“进化”，只不过使它更加神秘莫测而已。
生物化石记录中突然出现、跟着是长期稳定平衡的情况，正与达尔文主义学说所预期的情况相反。生物灭绝的经过也同样使人失望。地球历史上有几次物种大量灭绝的事实，原因何在仍在争论，有两次的大灾难特别引人注目。大约2.45亿年前的二叠纪大灾难(permianextinction)灭绝了海洋中半数无脊椎动物的“科”(family)，包括了超过90%的动物种一同灭绝。另外一次使著名的“k-t”灭亡，那大约是6500万年前白垩纪的末叶，除了恐龙，不少其他动植物都灭绝了，包括达尔文承认“突然奇妙地”消失的菊石类动物。
据古尔德说，古生物学家早就知道这些“大死亡”，但是他们尽量低估其重要性，因为“我们强烈地趋向连续渐进的偏见，使我们视大量死亡为反常，并且富有威胁性。”现在用大灾难的学说来解释古生物灭绝的现象又重新开始流行了。而且很多学者现在报告宣称大量灭绝的现象比以前公认的次数更多，更突然，而且影响力更大。
灾变论在地质学家及古生物学家中是一个有争议的题目。很多科学论文坚持恐龙和菊石类动物在陨石撞击地球之前百万年已经开始死亡。陨石又很可能是造成k-t大灭亡的主要原因。这些表面上看来是深奥虚渺的争论，其实背后有很深远的牵连，因为达尔文主义的学说必须要求旧种(指遗失的祖先及众多的中间型)被更适应的新种取代时必须渐渐消亡。如果动物灭亡的历史主要是受全球性的大灾难所影响，那么生存或灭亡的分别很可能是机遇的问题。这样，突然灭亡的现象再加上新种突然出现，跟着又是一段长期的稳定，这几方面的事实同样使达尔文主义者的期望落空。
关于化石的新争论很快将会出现，很可能今天记载的一切文献几年内就会变为陈旧。需要记得的重点是化石的问题与达尔文主义的关系越来越糟。科学创造论者指出了这些困难，一些信奉达尔文主义的古生物学家非常恼怒，其实他们的困境在他们自己的著作中早已一览无遗了。古尔德常常是最有趣的评述家。
参加了一个有关大灭亡的地质学会议之后，古尔德写了一篇非常出色的文章，反映了证据对达尔文主义何等的不利。他告诉读者他对无脊椎动物(他最熟悉的课题)渐进的学说缺乏证据而懊恼。“我们可以报道某些动物有些进步，但老实说，我们必须承认，复杂生物的历史不过是同一设计范围内的一些变化而已。绝非什么积累优点的故事。”所以古尔德认为，“化石记录带来最困惑的事实，就是为什么我们不能在生命的历史中找到一条明确的‘进步方向’。”
这个谜的答案，古尔德认为，在于一方面进化是循间断平衡的方法进行，而另一方面不时又有不能预测的大天灾造成大量的死亡。这样不断的交替，进化不再是逐渐适应上进的故事，这样“进化的成功必须在生物种之中来衡量，而不象传统的达尔文主义者在挣扎求存的群体的层面寻求。”古尔德毫不犹豫地采用了重复叙述的策略，将自然选择运用在种的层面，并且说：“物种成功的原因很多棗例如快速地产生新种和对灭绝强烈的抗拒棗常常避免了传统观念中对身体结构改进的期望。”
过去60年内，几乎每一位上过大学生物学课的人都被诱导相信化石的记录是捍卫达尔文经典学说最强大的堡垒，而非进化论的弱点，需要自圆其说。如果没有上过生物学课程，会看电影《风的遗产》，或者会随着大众讥笑布赖恩在法庭上被达罗像猴子一样的玩弄。我怀疑当年布赖恩若能找到一位杰出的古生物学家在他“诚实的时刻”作证，布赖恩就不会那么好笑了。只要请这位突如其来的证人告诉陪审团寄剧场的观众：化石记录告诉我们过去一再重复的现象是，生物突然出现，然后有一段长期的稳定，生物的变化只是环绕着一个基本的设计，并非积累优点而上进。而且灭种的现象是随着大灾难，而非逐渐受淘汰。还有，正统对化石的解释主要是受达尔文主义者先入为主的假设影响，而非本于证据。试想布赖恩要求特权，只将他愿意接受的证据记录在案来填补这些著名的空缺，会引起多大的轰动。既然达尔文能这样做，为何布赖恩却不可以呢？
古生物学家似乎自认他们有责任保护我们大众，不让我们知道真正的证据何在，以免我们作出错误的结论。古尔德指出，“在化石记录中，中间型是极稀有的现象”，是“古生物学界的秘密”。斯坦利解释，古生物学家早就怀疑渐进进化论，不过受到“压制”而已。他说事情早从赫胥黎就开始了。赫胥黎已经闭口不言“他对渐进改变的自然选择那种消极的态度”，很可能是因为“作为一个相信进化的人，没有必要帮助那些企图将渐进自然选择盆中的污水与进化那婴儿一同倒掉的人”。但是，为什么赫胥黎也会有这样的戒心呢？是否那婴儿同污水已经分不开了呢？
尼尔斯·埃尔德里奇的话更明显：“我们古生物学家一直不断地说：‘生物的历史支持逐渐适应改变的故事’，但同时我们知道事实并非如此。”怎么这样大的骗局居然可以在整个受人尊敬的科学领域中流传至今呢？这批人不都是追求真理的吗？埃尔德里奇的解释是学术界每一位人士都很熟悉，也感到完全可信的：
每一代，好象都出现一些年轻的古生物学家。他们渴望能找到一些化石来支持进化的改变。而他们一直寻找的改变当然是渐进的那一类。但可惜，他们的努力常常是白费的，得不到任何的报酬。他们的化石非但没有表现预期的变化，反而好象长期持续不变……化石呈现如此保守不变的现象，对古生物学家来说，就好象根本没有进化这回事一样。因此，描述描述保守性长期不变而非渐进的文章，被认定为失败的观察。所以这类的文章是不会被刊登的。几乎所有的古生物学家都深知有长期平衡，这些稳定不变的情况，但是，牵涉到进化论本身的问题，古生物学家一般都视稳定为“无结果”而非与逐步渐进的想法互相冲突的证据。至今，化石记录残缺不全，仍然是渐进学说还没有找到足够例证最好的借口。
古尔德也写过与上文一脉相承的话：“当埃尔德里奇与我提出进化过程中应有间断平衡的学说后，我们将种族发育谱系中稳定的情形提到‘值得报道’的地位棗因为过去虽然所有的古生物学家都知道，稳定平衡出现的频率非常高，但这现象一直被认为是不能应用在进化论中的‘非证据’（non-evidence）。”古尔德与埃尔德里奇必须避而不谈的正是埃尔德里奇所说过的：“过去也有些古生物学家因为看见化石记录的改变模式与现代进化论的说法不同而受排挤，甚至被放逐，贬为极端分子。他们受到的待遇还被认为并非不合理。”总之，他们必须避免被视为拥护大突变主义。
在前面一章里，我提到古生物学家奥托·欣德沃尔夫。他所持的跳跃性的观点使他提出最极端的建议：第一只飞鸟必定是从一只爬虫的卵中孵化出来的。辛普森看了欣德沃尔夫的书之后不以为然，写了一篇反对的书评。不过辛普森也必须承认，欣德沃尔夫的谬论还是从深入化石证据的知识总结出来的。欣德沃尔夫主要的短处是他没有好好地用遗传学家可以接受的方法解释化石的证据。或许他太依赖一位遗传学家戈尔德施米特的认可，不愿与他产生冲突，所以欣德沃尔夫一鼓作气，直接将化石显示给他的信息发表了，而化石说：“大突变”。
一些古生物学家受到新达尔文主义的影响，不能自由地随着化石的指引作出忠实的结论。埃尔德里奇就他们所处的困难，坦白地说：“你或者附和正统的理论，故意忽略化石与理论的冲突；或者集中注意实验的证据，并且说明大步进化似乎更为合理。如果真要这样做，你必须面对一套半信半疑的生物学理论了。”看来，古生物学这行业似乎有时要低头俯就一些“真实的实验证据”了。但另一方面，科学家也不可以虚造一些证据支持达尔文的进化论。埃尔德里奇在两难之间想建立一番成功的事业，作出以下动人的描述：
要获取一个古生物学博士学位，比一般学科的博士更为复杂。因为完成一项博士研究项目，就好像做学徒一样。博士论文是一本详尽的报告，要表达候选人的组织能力、奋力完成一次前所未有的科学研究。听来尚合理，但是要取得成果、积极的成果，其压力何等大！
在这些阻挠困惑下，古生物学家必须找一种学说支持他们，容许他们将实际研究的结果作为“成功”的报告，但是他们深感新达尔文主义合成论的限制。他们需要一个学说既容许大突变，使古生物学家可以发表文章，同时又好像是渐进的，以讨好达尔文主义者。间断平衡的外交手腕正好达到两面具圆的效果，并且将进化过程描写成不可见的现象。这样人可以想象先祖群体分布的边缘被分隔后产生改变，而且变化的速度、大小可以随意选择，因为谁也不会见到。
古尔德和埃尔德里奇始终以间断平衡是达尔文主义的理论，而不是反达尔文的大突变过程。但从另一方面看来，虽然他们并未明显标榜大突变式的进化，但很多人却清楚感受该理论背后暗示的跃进。1977年，古尔德和埃尔德里奇发表的一篇文章前段引了赫胥黎的两段话，他们埋怨达尔文主义不容许一点点的“跨步”。同时，古尔德独自认可了较为软化的“大突变主义”，并且预测戈尔德施米特将来必能得到公正的评价。
细察之下，大突变主义最大的问题，在于它本身只不过是进化论和特创论之间毫无意义的中间路线。正如查理·道金斯说的，你可以把圣经说人是用泥土造成的看作是大突变。从化石的证据来看，大突变就是说新种不知如何从无变有。以科学理论来评价，“大突变式的进化”就是当年达尔文首先指称的：垃圾！古尔德和埃尔德里奇都很明白着一点，所以（特别是古尔德）虽然暗示有大突变，但他们仍然保留着后路，随时可以撤回达尔文正统的渐进论中。
由此便产生一个最基本的问题。既然达尔文主义有这么多问题，进化论又缺乏更理想的思想构架来取代，为什么我们不重估整个构架？科学家有什么理由绝对确信所有的生物真是从唯一的简单生物开始呢？